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虽然桓温回到姑孰风流快活去了，但留在建康城内的司马昱却并不轻松。在海西公司马奕被废的前一个月，火星进入太微星座，一个月后海西公就被废黜，而到了咸安元年的十二月二十七日，火星再次逆行进入太微星座，一直到第二年的三月还没有退去。对此天文现象，司马昱在内心当中感到十分忧惧。
据《世说新语﹒言语》记载，当时，桓温的亲信郗超已经被提升为中书侍郎，正在中书省值班，简文帝将他召入，想从他那里打探一下桓温方面的消息，他对郗超说：“上天赋予的命运是长是短，当然不是我所能考虑的。只是还会不会发生近日的废立之事呢？”郗超安慰他说：“大司马正要对外巩固国防，对内安抚社稷，肯定没有废立的打算。臣愿意以我全家老小的身家性命为陛下作担保。”听了郗超的话后，司马昱似乎感到郗超这个他的前马仔是可以被感化的，于是，他随口吟咏着庾阐的两句诗：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”声音显得非常的悲怆苍凉。
不久，郗超请假回乡看望父亲郗愔，司马昱还特意对郗超嘱咐道：“请向令尊转达：国家的局面，竟然到了这步田地。全是因为我没有能以正道来匡扶，想方设法来防患于未然所致。我深深地惭愧叹息，难以用言语表达！”说完，眼泪沾满了衣衫。此时，身位镇军将军、会稽内史、都督浙江东五郡军事的郗愔，已经是东晋帝国境内不多的桓温色彩不浓的地方军政长官了，可是，即使是郗愔能够完全明白司马昱的心意，但如果桓温真有废立甚至自立的打算，这“醉心于黄老之术”的郗愔又能怎么样呢？
那么，在桓温的这一边，他到底有没有篡位的想法呢？如果说已经权倾天下的桓温就连一点篡位的想法都没有，那是任谁也不会相信的，毕竟他说过“作此寂寂，将为文、景所笑！”这样的话，可是，如果说他的篡位意图非常的强烈，那也与事实不符。作为一个赌博高手，桓温无时无刻都在盘算着自己在政治上的风险与收益比。在桓温的内心当中，要把自开国以来一直羸弱不堪的东晋皇室一把推翻其实并不困难，难的是不流血的改朝换代。现在的各大士族高门对于一个弱势的晋室的存在是感到满意的，因为这样一个体制的存在非常有利于保障他们的既得利益，他们都想把现存的体制一直地延续下去。如果桓温一意打破既有的政治平衡，他们桓家就会成为各大士族高门的公敌。别看现在桓温已然控制了荆、江、徐、豫等各个非常重要的地盘，但就是在这些地区里面，也随处可见各大豪门贵族的影响，一旦双方的矛盾激化，前秦的军事力量自然就会坐收渔人之利，这是桓温极其不愿意见到的局面。因此，在完成了废立的大事之后，桓温宁愿选择回到姑孰的军府去遥控政局，也不愿意呆在建康加深双方已经对立的矛盾。
就在此时，一件意味深长的事情发生了。据《建康实录》记载，殷浩的故吏、顾恺之的父亲顾悦之上书简文帝，请求给死去的殷浩恢复本官。虽然顾悦之曾为殷浩的下属，但他的儿子、大画家顾恺之却是桓温的大司马参军，“甚见亲昵”。桓温曾说他：“恺之身体内狡黠与憨痴各半，合在一起，正好持平。”因此，世人称其为三绝：才绝、画绝、痴绝。而在殷浩的儿子殷涓刚刚被诛灭，顾恺之的父亲顾悦之就提出了给殷浩恢复本官的动议，如果这件事情没有预先问过桓温的态度，顾悦之敢这样操作吗？结果是顾悦之不但上书了，而且还把这件事做成了，由此看来，桓温在这个时候是想安抚东晋各大士族的紧张情绪的。给已经死去多年的殷浩恢复官职，那完全是做给活人看的。
此时，桓温留在建康的代言人郗超因为桓温的缘故，也变得炙手可热起来，前去与他套近乎的人是络绎不绝。吏部尚书谢安和左卫将军王坦之曾经去拜见郗超，一直等到天色已晚，却仍然没有轮到被郗超接见，王坦之就想回家了，谢安却说道：“难道就不能为了性命，再多忍耐片刻吗！”尽管求见郗超的人很多，可是这王坦之和谢安是什么人呐，难道郗超一点也不在乎吗，他在这个时候突然耍起大牌，估计也是在试探这两人的一种手段。
咸安元年三月廿五日，简文帝派侍中王坦之征召桓温入朝为相，并增封邑万户，司马昱诏令说：“天地结合，生成万物；二人同心，便无需考虑各自的利益。古代圣王全仰仗忠臣辅佐，姬旦德布四方，周朝便因此兴隆；伊尹师法皇天，商朝便得到文明教化。大司马贤德圣明，光大深远，上合天意，才华横溢，肩负国家重任，忠心辅助我一人，功德超过霍光，道德永存后世。现在晋封你做丞相，保留原大司马一职，请你留在京都，镇守社稷。”
不过，桓温又一次推辞了，并上诏说，西府（豫州）经历了袁真的变故，军费不足。朝廷便给桓温的世子豫州刺史桓熙布三万匹，米六万斛，又任命桓熙的弟弟桓济为给事中。
回到姑孰后的桓温，得以在三年后与才三岁多的庶子桓玄重新相见。这桓玄是袁真送给桓温的妾侍马氏所生，据说在某一个月色明朗的夜里，马氏和桓温的其他小妾们坐着聊天，突然，一颗流星从天而降，坠落到她们面前装着水的铜盆之中，像一颗二寸大的小火珠那样在盆中跳跃闪烁，晶莹发亮。这群美女们惊呼着好漂亮啊！都争着上前用瓢舀起来看。马氏正好舀到了，她不自觉地放到嘴边喝下，一股暖流传遍全身，肚子里似乎一动。不久之后，她就怀孕了，生桓玄的时候，光芒耀亮了整个屋子。算命的人掐指一算，说：“此儿生有奇耀，宜目为天人。”并为其取了个小名“神灵宝”。桓温嫌他取的名字有三字，便自作主张减去了“神”字，从小唤他做“灵宝”。
话说桓温重新见到这小灵宝后，一股舔犊之情油然而生，偏偏这个桓灵宝生得是如此的乖巧可爱，桓温在姑孰大病一场之后，倍觉应珍惜自己有限的生命，恨不得今后天天含饴弄子，颐养天年。这时的桓温已经俯首甘为孺子牛，无论是流芳百世或者遗臭万年的雄心壮志都暂时抛于脑后了，更提不起兴趣到京城去坐班上朝了。
夏四月，朝廷迁徙海西公到吴县的西柴里，命令吴国内史刁彝防卫他，又派遣御史顾允负责监察。
七月底，晋简文帝身体突然感到不适，因为桓温是录尚书事，辅政大臣，就急忙召大司马桓温入朝商议自己的身后之事，诏令里说：“吾遂委笃，足下便入，冀得相见。便来，便来！（我将不久于人世，足下速来，希望能够相见。快来，快来！）”他怕桓温耽搁，在一日一夜里连发了四道诏书，但是桓温却没动身前去建康的打算，他正在斟酌一份上疏，疏上说：“听说圣体不和，已经好几天了。愚臣心里惶恐，又无所寄托情思。身体的盛衰是常事，过分防备也没有害处。所以汉高祖重病时，吕后问他谁该为相。汉武帝身体不适时，托孤给霍光。哭着询问身后的事情，是因为事关重大。如今皇子年幼，而朝廷大臣中贤良有时誉的，只有谢安和王坦之，而他们的才识智慧都在圣上的明鉴之下。内辅幼君，外御强寇，实在是大家最关心的事情，然而也是可以理解的。陛下尽可以便宜行事，授命给他们，让大臣们有所寄托，而谢安他们也一定会竭尽全力，这样对公对私都很适宜。至于臣桓温，我已经位兼将相，加上陛下对臣像平辈一样的眷顾，只是臣已经老朽年迈，况且多病，担心维持不了太久，所以的确不胜任陛下托付的后事。”然而桓温的上疏还没来得及上奏，晋简文帝就去世了。
《晋书》的作者一口咬定桓温有篡位之心，但除了他废立皇帝的举动外并没有其他任何的事实证明。而对于桓温在简文帝病重的这个异常重要的时刻的表现却不作任何的评论。其实从常理上来判断，如果桓温真有篡位之心，趁这简文帝病重弥留的时候，正是他施展篡位行动的最佳时机，面对着这软弱一生的司马昱，在他临终前再威逼一下，这篡位成功的机会不小。可是，就在这临门一脚的关键时刻，桓温却表现得很淡然，根本没有表现出以往行动力极强的性格特点来。因此，桓温在上疏中所言的倒是有几分值得相信的，那就是桓温在连续三年的在精神上高度紧张的一番折腾下来之后，其身体的元气透支很大，回到姑孰之后精神一放松，就大病了一场。一个人在这种老病交困的情况下，再高的雄心壮志都会随之而消磨一空的。同时，桓温因为老年得子，其对桓玄的宠溺远远超过了他前面的几个儿子。他在小灵宝的身上寄托了自己无限的希望。
在接到司马昱要求其上京托孤的诏令后，桓温的内心也是不无挣扎的，他何尝不知道这时正是他篡位的最佳良机，可是，自从成功地进行了皇帝的废立之后，他的心境已经起了不少的变化，他过往对朝廷的种种积怨也随着这次令他大伤脑筋的废立行动的实现而消解了大半，另外，以他对自己的身体建康状况的判断，他感觉到自己能够存活于这世上的时日也已经不多了，就算自己能够篡位成功，这天下又能够交给谁呢？他左思右想，反复盘算，但是，在他的心目中，根本上就连一个有承继大业潜质的亲人都点算不出来。最后，他叹了一口气，说了句：“世事皆有天定，至于我自己，还是算了吧！”
桓温深深地知道，自己的权势到了今天的这个地步，篡位不过就是举手之劳的事情，可是篡位之后要能够保得住这江山那才有意义，在前秦政权虎视眈眈的局面下，若是太过强求，整个国家可都得陪着一起崩盘的，虽然他也讲过一些“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年”这样的狠话，但这其实更象是夜行人吹哨子——给自己壮胆，其实在桓温那看似强硬的内心里面，还是保留了不少的历史责任的担当的。他从自己以往的经历里面总结出一条血的教训：任何人的能力都是有边界的，如果一旦一个人的理想已经超出了自己能力的界限还一味的用强，那么其后果一定是灾难性的。大病一场之后，桓温再也不想将事情做绝，他觉得自己现在唯一想做的事情，就是趁着自己在这世上还有些许的时光，怎样才能好好地陪伴一下这可爱至极的小灵宝。于是，就有了这样一个回复的司马昱的奏章。
当初，晋简文帝还是会稽王的时候，娶了王述的堂妹为妃子，生了世子司马道生和弟弟司马俞生。这司马道生曾拜散骑侍郎、给事中，他为人性疏躁，不修行业，多失礼度。后来，司马道生、俞生的母亲王氏犯了重罪，子因母罪，道生、俞生都被幽禁而死，皆无后。司马昱其余的三个儿子司马郁、司马朱生和司马天流也都早夭。到了升平五年（公元361年）的时候，会稽王突然又想要个子嗣了，但他的其他姬妃早已绝孕了将近十年，此时的司马昱已四十二岁，身体的各个器官都大不如前，特别是肾功能。司马昱想尽了各种法子去亲近各种女人，但谁都没有能给司马家族再添上一个男丁。考虑到“不孝有三，无后为大”的古训，原本是佛系的司马昱这时想要有一个儿子的思绪仿佛度日如年。
此时，有一谋臣向司马昱推荐了一位相士，据说这位相士特神奇，只要女人从他眼前一过，他就能看出女人能不能生孩子，能生什么性别的孩子。司马昱于是就交给这位相士一项无比重要的任务：在王府里找出一个能给自己生儿子的女人！只要这个女人能给司马昱生儿子，不管这个女子出身贵贱、相貌美丑，从事什么工作都可以将就。
相士走遍了王府的内院，但是没有一个看得上眼的。司马昱不死心，命令相士继续寻找。相士开始折腾，他把王府里所有的女人，哪怕是扫地，端茶送水，干粗活的，只要在婚育范围内的所有女人，都让他们集中起来排成一行，让他逐一过目，结果，这相士当真发现了一个宝贝：李陵容。这个李陵容的身世异常贫贱，她都不知道自己是哪儿人，也不知道自己父母是谁！从她记事开始，就被卖入了王府，在王府里从事纺织工作。长大成人后，李陵容身上有几项中国人没有的特征：一，皮肤黝黑；二，个子特高；三，头发卷曲。相士相中李陵容之后，王府里有年长的佣仆告诉相士：“大师请慎重，此女是昆山奴。”
按《唐书》的说法，昆仑奴应来自林邑以南。史书所说的林邑以南，有印度，及更南的黑非洲。结合李陵容身高，黝黑的皮肤、卷曲的头发，李陵容的生长特征，比起印度人，和阿位伯人，更类似于非洲人。
对于相士给自己找的昆仑奴老婆，司马昱横看竖看都感觉不舒服：堂堂东晋王朝的王爷，竟然要和一个昆仑奴结婚，真会让他那帮子善于清谈的损友们有无穷无尽的话题！但相士肯定地说，李陵容会给司马昱生一个儿子。为了儿子，王爷司马昱不声不响地把李陵容接到一所精致的房子里，闭着眼睛就和李陵容把那洞房花烛的事儿给做了。
完事之后，司马昱就再也没有碰过李陵容一个手指头。不久后，他被任命东晋王朝的丞相，从此日理万机，就把自己还有一个黑人新娘的事儿给忘了。
李陵容的肚子也同样没有闲着，在与王爷司马昱结合的那天晚上，王爷才播种了一次，李陵容居然有了，肚子一天天地大了起来！由于李陵容原先的身份，王府里谁也没有把李陵容怀孕的事情太当回事儿。而李陵容从怀孕起，到把孩子生下来后也没有怎么声张，也许多年来的低等身份，已经让她习惯了沉默。在她把儿子生出来的时候，正值东方黎明，所以她随口就给孩子起了一小名：昌明。
昆仑奴李陵容生下男孩的消息很快就传到司马昱耳里，他特别高兴！但听到李陵容给儿子取名昌明时，心里却是一惊。据《建康实录》记载：在东晋王朝的朝臣之间，流传了一个谶言：“晋祚尽昌明。”司马昱也曾经听到过这则谶言，不过当时他没怎么在意，而这时司马昱听到儿子被李陵容取名为昌明之后，不禁黯然落泪，他心里暗道：莫非天意如此？
但总不能因为这句还没有兑现的谶言，就把自个儿期盼了多年的唯一儿子给掐死吧！更何况谶言这个东西，从来都是古怪诡奇，天下叫昌明的人也不止是一个，谁敢担保就是自己唯一的儿子？因此，对于这个谶言，司马昱也只是将信将疑，因为此时东晋王朝的皇帝是晋哀帝司马丕，他还有个弟弟琅琊王司马奕，晋祚的兴衰，似乎与自己的儿子的关系不是特别的大！
司马昱想通之后，不是主动去看看产后的老婆，而是命仆从把孩子抱过来。司马昱发现这个孩子除了肤色黑了点外，身体还蛮硕壮的，这下子司马昱的心放下了大半。
当大司马恒温把司马奕废掉之后，推荐了司马昱为帝。其时简文帝司马昱已经五十二岁了。自从当了不期而遇的皇帝之后，司马昱觉得一点都不爽，一开始是因为担心桓温的篡位之举随时而至，所以整天都是提心吊胆的，后来经过郗超的安抚后尽管有所放松，但是朝廷上的政务纷繁复杂，以前还有垂帘听政的褚太后做决断，而现在却都要自己来做这个决定，这本来已经让这个长于虚言的司马昱感到非常的烦恼了，偏偏这时含饴弄子的桓温又不肯来建康履行丞相的职责，搞得司马昱在精神上疲惫不堪。他在内心里面深深地感慨：“这皇帝当起来实在是没啥意思，真不能够理解世上的野心家们为什么会对这样一份不怎么理想的工作趋之若鹜呢？”
简文帝在其患病的六天后，立长子司马昌明为皇太子，这时他已经十岁了，同时又任命司马昌明的弟弟司马道子为琅邪王，领会稽国，用以侍奉简文帝母亲郑太妃的祀。简文帝在其遗诏中说道：“大司马温依周公居摄故事（请大司马桓温依照周公摄政的往事行事）。”又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自犬。（少子如果值得辅佐就辅佐，如果不行，使君可以自己取代他。）”虽然这份遗诏明显侵犯了刘备的版权，但也反映了简文帝司马昱临终前的真实想法，他觉得这样一个羸弱的晋室随时都会被人颠覆了，不但这样的皇帝做得很窝囊，说不定以后发生政变的时候，晋室的子孙后代们会死的很惨，而这桓温虽有觊觎之心，但却是在历代以来意图篡位的人当中少有的还有着一些的人情味的人。俗语说得好：“不把贼偷，就怕贼惦记！”，与其让自己的子孙后代总是在觊觎者的阴影下提心吊胆地苟延残喘，还不如趁着自己在世上还有一口气，一劳永逸地解决掉这个已经纠结了好几代的家族难题。按照简文帝自己的亲身体验，哪怕只是身处在一个中等水平的高门里，也比过皇室的这种压力重重的郁闷生活要舒适爽快得多。
侍中王坦之得知诏书的内容后，亲自拿着简文帝的诏书入宫，当着简文帝的面就把诏书撕掉了。对于王坦之这种大逆不道的嚣张行为，简文帝并没有过多的责怪，只是叹气说：“朕的天下是意外得到的。没了就没了，爱卿何必生气！”王坦之严肃地说：“天下是宣帝（司马懿）和元帝（司马睿）的天下，陛下怎么能独专！”其实王坦之心里还有一句：“这天下我们各大门阀都有一份，你怎么能够随随便便就自作主张打破这个平衡的局面呢？”不过，这种心里话王坦之是不可能说出来的，辛亏简文帝也能理解王坦之的心思，就让王坦之改诏说：“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。（家国大事都要禀告大司马，就像诸葛武侯、王导丞相当年所做那样。）”
司马昱在遗诏改完后没多久就在东堂去世了，终年五十三岁。当天是咸安二年（公元372年）的七月二十八日，简文帝在他的皇位上仅仅呆了八个月零十四天。身临其境的司马昱最先拟定的遗诏其实已经考虑到了司马氏家族百年以上的生死存亡的问题，而旁观者王坦之的眼光最多只不过看到了五十年之内，但是这又有什么办法呢，谁让东晋朝廷的本质就是门阀当道呢？所以身为皇帝的司马昱直到临死前都要接受别人的摆布。
在修养和风度上被盛赞了一辈子，却在政治上窝囊了一辈子的简文帝司马昱去世后，群臣因为心中有桓温的阴影，不敢遽然举行册立太子以及让其登基的大典，有人说：“应当等大司马来了再决定罢。”两面人尚书仆射王彪之这时站出来摆出桓温代言人的姿态正色地说：“天子崩驾，太子当立，无论是大司马来不来也改变不了这一原则！如果必先当面咨询他，必然反而会受到他的责备。”这等大事才终于定了下来。太子司马昌明于是即皇帝位，成为了晋孝武帝。大赦。
其后，已经不再垂帘听政的崇德太后却下诏令说，因为新皇帝年幼，再加上还要服丧，所以敕令桓温依照周公摄政的往事代理朝政。当时这诏令都已经密封了，正当要发去送交与桓温之际，王彪之又站出来替桓温说话了：“这是异乎寻常的大事，大司马必定会坚决推让的，如此一来将导致万机停滞，山陵荒废。所以臣未敢奉诏，谨请原封不动地还给太后。”因此，太后的诏令最终没有送出。朝廷最后给桓温发去的是司马昱的遗诏，其内容当然只是请桓温按照诸葛亮和王导的事例来辅佐新皇帝。