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司马光在《资治通鉴》上认为，桓温原来希望晋简文帝临终时将皇位禅让给自己，这纯粹是妄加揣度，没有任何的证据可以作为证明。况且，如果桓温觉得晋简文帝会有可能将皇位禅让给自己，他为什么不赶快进京，以免夜长梦多，难道他不知道在司马昱的身边充斥着对自己没什么好感的人吗？
鉴于朝中早就没有一个能与桓温比肩的政治人物了，因此，比较合理的推断是桓温觉得司马昱会在临终前仿照周公居摄的先例，来安排身后权力的分配问题。要不是王坦之从中作梗，他本来就已经能够达到目的了。在得知司马昱的遗诏只是让他按照诸葛亮、王导的规矩来辅佐新皇帝，功名心甚重的桓温感到大失所望，他在写给弟弟桓冲的信中说：“遗诏使吾依武侯、王公故事耳。王、谢处大事之际，日愤愤少怀。”
所谓的“居摄”，乃是指年幼的君主即位之后，不能亲自坐在朝廷的皇位上处理国事，于是就由辅政大臣暂时登上朝堂台阶之上的君位（即史文中的“践阼”），背北面南，面对群臣，代替君主发布政令。一旦年幼的君主长大成人，自己能够登上君位处理政事，居摄即告停止，辅政大臣也就要重新回到朝堂台阶之下的臣僚队列中，北面朝见君主，呈现敬畏之态。
桓温心想自己一个老头子也没剩下几年了，要是能够在这个君位上爽上一把，说不定还会在这个位置上挂掉，也就从此不用再回到朝堂台阶之下的班列中去了，这样自己的一生也算是完满了。可是，简文帝的遗诏只是让他依照武侯和王公的既往办法从事，这种处理方式就是给简文帝的嗣子保留皇帝的名分和朝堂的君位，但是由桓温执掌权力，辅佐幼君处理国政，以待幼君成人后施政，幼主的帝名和帝位均被保留，只是帝权被暂时代行。
桓温没有得到理想当中的“居摄”的名分，也就是说没有在西方心理学家马斯洛所指出的“自我实现”的最高一级的心理需求上得到充分的满足。王坦之和谢安两人当时的身份都是侍中，管内廷，朝廷本来有四个侍中，但是桓温主政之后，减了两个，所以王与谢基本上控制了内廷。因此，桓温一看到遗诏及新皇帝的任命情况，凭直觉就知道这是王坦之和谢安两人从中作祟，毕竟这两人都曾经是自己的下属，王坦之甚至还是自己的亲家，因此，桓温在心里怀恨他们二人是难免的。
桓温在看了谢安所作的给简文帝谥号的奏议后，扔给座上的宾客说：“此是安石碎金（这就是安石所卖弄的小聪明）。”因为谥号基本上就是盖棺论定，所以大臣们给皇帝拟的谥号很难，如果你起不好，后面的皇帝肯定不答应，贪懒的就起个什么“文”、“武”之类的充数，但是中国古代的那些文人出身的官员都是挺讲职业道德的，为了对得起自已的名节，他们大多能够挖空心思地为过世的皇帝起谥号。谢安给司马昱拟的谥号是“简文”，意思是说司马昱这人在他的一生当中讲究冲虚简贵，文化素养又高。所以谢安的这个谥号确实也是起得好，就连这时对谢安有意见的桓温看了，也不得不承认他在这方面确实有两把刷子。
不过，桓温虽然不满意辅政的这个安排，但他自己难道就没有责任吗？要是他当初一知道简文帝病重的消息后就火速进京，谁又能够拦得住他获取这“居摄”之位呢？桓温的问题一方面是自视过高，其实桓家在朝廷中枢的势力不大，要害位置没有人来把守，桓温自己在这个问题上确实有点托大了；另一方面他也太过相信自己向司马昱推荐的王坦之和谢安了。他觉得自己平时待这两个人都不薄，要是这两人在侍中的这个位置上不从中作梗，就算是自己不追求非分之想，但这“居摄”之位无论如何也是应该得到的。这个谢安是个老滑头，还算没怎么坏桓温的事，坏就坏在这王坦之居然横生波折。总而言之，当时的士族官员在思考问题的时候，总是要把自己门户的长远利益摆在第一位，桓温在关键的时候忽略了这一点，以致造成了终生的遗憾。由此可见，在对人心的揣度方面，桓温离王猛还是有一定的距离。
晋孝武帝即位后，下诏说：“先帝遗诏说：‘事大司马如事吾。’现敕令所有的答表都应当尽到敬意。”又下诏说：“大司马是社稷的寄托，先帝曾将家国大事全盘托付给他。朝廷内外的所有事情就请按照大司马公的意旨施行。”不过，桓温对此却提不起多大的兴趣。
此后，朝廷让谢安带着诏书去征召桓温入朝辅政，又给他加了前部羽葆鼓吹，以及武贲六十人。桓温对此都坚决地辞让不受。虽然这诸葛武侯的先例已经是位极人臣，但是桓温对于站在朝堂台阶之下的任何位置都已经不感兴趣了。与其在建康天天做戏给小皇帝和朝臣看，还不如继续呆在姑孰遥控朝政要来得爽快得多啊！当年的庾亮一开这个先例，其后来者们都乐此不疲，一发而不可收拾了。
咸安二年（公元372年）九月，朝廷追尊已故会稽王妃王氏为顺皇后，尊晋简文帝的母亲李氏为淑妃。冬十月，朝廷将晋简文帝安葬在高平陵。桓温没有赴京参加安葬仪式。
彭城有个妖人卢悚，自称是大道祭酒，效忠他的人有八百多家。十一月初，卢悚派弟子许龙去到吴县，有一天的早晨，许龙到了海西公司马奕的门口，称太后下达了秘密诏令，奉迎海西公出来复兴大业。郁闷了很久的海西公开始信以为真，要跟他出去做大事，后来被他的保姆所劝止了。许龙说：“大事马上就要成功了，怎么能听一个女人的摆布呢！”海西公这时已经完全清醒过来了，就说：“我获罪在此，有幸蒙受宽赦，岂敢轻举妄动！而且太后如有诏令，就应该让她的官属前来，为什么只派你来呢？你一定是要犯上作乱！”接着，就喝令左右随从把他先捆起来再说，许龙因为害怕，转身就逃走了。
其实，卢悚并没有完全欺骗司马奕。十一月五日的清晨，卢悚果真率领兵众三百人攻打广莫门，还诈称海西公回来了。卢悚带着这伙人从云龙门突入宫殿的庭院，夺取武器库中的盔甲兵杖，守卫云龙门的卫士十分惊骇，不知所措。游击将军毛安之听说发生了这种变故，就率领兵众直接开进云龙门，亲身奋力搏击；左卫将军殷康、中领军桓秘也帅兵进入止车门，与毛安之一起将这伙叛逆全部诛杀，一共打死贼党三百多名。得知这次事变之后，司马奕暗自庆幸没有跟从这伙妖人，他深恐被朝廷诛杀，从此堵塞聪明，什么也不想，过一天算一天，整天喝得烂醉如泥，又沉溺与女色，但由于他曾经被阳痿过，为了免遭当权者的忌惮，司马奕甘于屈辱，每当妻妾们生下孩子，司马奕都不敢养育，全部把他们溺死。当时的人们听到此事，都心生哀怜，也正因为因此，司马奕才得以善终，他被废黜后又活了十几年，到了孝武帝太元十一年十月甲申日，司马奕身上还贴着一个阳痿的标签死于吴县，终年四十五岁。
道教徒卢悚的叛乱事件弄得动静挺大的，这一事件是以迎立被废的海西公为号召，矛头当然也是指向桓温的。因此，一直在姑孰含饴弄子的桓温在听说了这次事变之后也觉得坐不住了。桓温觉得这次叛乱虽然只是一场茶壶里的风波，但是至少反映了两方面的问题：
第一，是天师道势力的社会影响问题。天师道又叫五斗米道，是道教的一个支流，这个流派发端于琅琊郡，也正是东晋王室发祥地。早在在西晋时期，这个流派对于皇室和皇族就有很大影响力，八王之乱中的赵王伦就是该教教徒。而进入了东晋时代后，这个教派在社会上的影响就更大了。简文帝自已字道万，后来生的儿子又分别叫道生、道子，陈寅恪先生说，这个原因可能要归于宗教信仰。本来，六朝人最重视家讳，父亲或祖宗的名字，作为儿子的绝对要避讳，但是在六朝人物中，父子一起叫“之”的大有人在，比如王羲之和王献之。《资治通鉴》载：“温向昺问禄位所至，昺曰：‘明公勋格宇宙，位极人臣’。温不悦。”从桓温前后数次向道教的宗师杜昺问及福祸休咎来看，可见桓温与其关系密切，并且对其十分信任。桓温的六子中，除了五谷不分的桓祎史籍未载其字外，其余五人的字中均有道字，周一良先生指出，“玄、道、灵，等字皆天师道世家习用者为名者。”桓温为其幺儿“神灵宝”桓玄取字灵宝，应当是考虑到道教上清教派的经典《灵宝经》。前面说过，孝武帝司马曜的母亲是简文帝司马昱请相士从一众奴婢中挑选出来的，这个相士就是天师道的道徒，他还写了个谒叫做“灵草荫玄方，仰感璇曜精。诜诜繁茂萌，重德必克昌。”这里头孝武帝司马曜的名和字（昌明）都在里头。
所谓“上有所好，下必甚焉”，天师道一旦被处于权力中心的皇室所重视，那么他的影响力就会以惊人的速度传播到社会上，而这个天师道本身又有不安本分的传统，在西晋时代，他们的教徒就曾策反赵王伦篡位，终于造成八王之乱的灾难性的后果。
到了东晋时代，北方的天师道势力也随着衣冠南渡播迁到了江左地区，并与江左原有的道众结合成更为可怕的社会影响力。那是因为很多原先信仰该教的士族成员，其地位和财富在过江后都不如从前，甚至沦为流民，这些有文化基础，经历过权力的滋味，与上层社会有着千丝万缕的关系，却是新旧地位落差很大的人，就比那些单纯的流民更容易对现实不满。而这阵子，桓温所管辖的扬州三吴地区又出现严重的饥荒了，在空前的生存危机面前，土著居民比那些南渡人的中原人士更加无望，就很容易被人利用，完全有可能成为大规模社会性事件的酿成基础。
第二，是现实的政治博弈问题。现在当权的士族当中许多人对桓温不满。这次参加的叛乱人数虽少，但是能够如入无人之境般地一直攻入到内宫，如果没有熟悉内廷情况的内奸响应，这是不可想象的，甚至他们有可能得到了某些上层人物的支持。这群叛乱人员是以废帝司马奕回宫作幌子，而这个司马奕就是桓温所废的。这样一来，此次叛乱矛头的指向就很清晰了。因此，桓温很想知道这次叛乱当中到底有多少的政治性因素在里面。