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太宰武陵王司马晞，自小喜欢练习武事，与袁真交情深厚，因而被桓温忌惮，想把他废了。当桓温把这想法告诉王彪之后，王彪之却说：“武陵王是皇亲至尊，没有什么明显的罪过，不能因为猜疑便将他废黜或贬徙。明公建立圣明，应当崇奖王室，与伊尹周公媲美。这是件大事，明公应当更加深思熟虑。”桓温说：“我已经决定了，这你不必再说了！”
由于王彪之不太配合，桓温只好动用了他一直不愿意动用的一步棋子——他的四弟桓秘。桓温知道，一旦动用桓秘，就没有解决不了的问题，但是，一旦动用桓秘，也许就会产生出不可预料的新问题，所以他过去一直不怎么重用他的这位聪明绝顶的四弟。
桓秘，字穆子，少有才气，不伦于俗。以秘书郎起家，后来逐步晋升为辅国将军、宣城内史。梁州刺史司马勋叛变入蜀的时候，桓秘以本官监梁益二州征讨军事、假节，将司马勋一举平定，他现职为散骑常侍，中领军。虽然跟普通士族相比，桓秘混得还算可以，但是如果要与其几个兄弟相比，那就相差得还是有点远：气焰熏天的桓温和已死二哥桓云就不提了；三哥桓豁时为监荆州、扬州、雍州军事，领南蛮校尉，荆州刺史，假节；五弟桓冲为监江州、荆州、豫州六郡诸军事，南中郎将，江州刺史，假节。这样的地位上的明显的区别，颇令心高气傲的桓秘所深深不忿，尤其是他最瞧不起的五弟桓冲居然在官职上压住他还不止一个头。当得知长兄的意思后，桓秘与郗超商议了半天，然后拿着一些郗超提供给他的密函就信心十足地走了。
晋简文帝咸安元年冬十一月十六日，朝廷尊奉褚太后为崇德太后，不再垂帘听政。
十一月十七日，手段高强的桓秘凭借手头上所掌握的证据，逼迫新蔡王司马晃到太极殿的西堂内自首，供称与司马晞及他的儿子司马综、著作郎殷涓、太宰长史庾倩、掾曹秀、舍人刘强、散骑常侍庾柔等阴谋作乱。在有关的人证、物证面前，简文帝司马昱对此只是流涕不已，一句话也说不出来。于是，桓温下令将上述被告全部收付廷尉审理。
十一月十九日，桓温下令将司马奕的田美人、孟美人以及两人所生的三位无辜的皇子，均用马缰绳残忍地勒死，以应儿歌上所预言的情形。
十一月二十日，御史中丞、谯王司马恬承桓温的旨意，请简文帝依律诛武陵王司马晞，简文帝司马昱下诏说：“悲伤惋惜，惶恐苦恼，不是朕忍心要听的，更何况说出来！请再详细商议吧！”这司马恬是司马承的孙子，司马无忌的儿子。想当初，司马恬的爷爷谯王司马承，以残破之长沙城誓死不与王敦妥协，始终维护着皇室的尊严，而此时的司马恬却心甘情愿地站在了桓温的一边，如果这时桓温手里没点硬货，这在情理上无论如何都难以说得通的。
十一月二十一日，桓温亲自出马，上表坚持诛杀司马晞，措辞表达得十分的严厉恳切。晋简文帝赐给桓温手诏说：“如果晋的国运神灵还长的话，明公便应当奉行前诏。如果晋的大运已去，朕请求自己退避让贤。”桓温看到简文帝的手诏写得这样的万念俱灰，感觉到自己已经把这个老实人逼到退无可退的地步了，一时间在心中涌出一股莫名的惊悸，平时很注重仪态的他脸上的神色也为之一变。一直以来，桓温都认为司马昱只不过是一个怂包而已，而此时，他才真正地感受到这一向软弱的清谈家也有做人的底线。
桓温觉得再这样坚持下去的话，恐怕就会激起不可预料的变化，只好再次上表：“晞体自皇极，故宠灵光世，不能率由王度，修己慎行，而聚纳轻剽，苞藏亡命。又息综矜忍，虐加于人。袁真叛逆，事相连染。顷自猜惧，将成乱阶。请免晞官，以王归藩。（司马晞出身于皇家，身份极其高贵，却不能遵守法度和修身慎行，而且聚纳钱财，巧取豪夺，包荫亡命之徒。又姑息儿子司马综的傲慢残忍，让他残酷地对待百姓。袁真叛逆之事，与他也有牵连。近日因为猜疑恐惧，几乎造成叛逆的局面。谨请免去司马晞的官职，以武陵王身份回归藩国。）”
桓温奏免武陵王晞，虽然是因为政治斗争使然，而其表奏中所列举的理由却实属当时宗室禁制。两晋时期的中央政府一直以来禁止宗室成员招徕轻侠、连接不逞，犯者严加惩处。这一做法沿袭汉制，主要是为了防止宗室成员藉此谋逆，因而危及皇权政治。据《晋书》卷37《宗室•高阳王睦传》记载:“冀州刺史杜友奏睦招诱逋亡，不宜君国。”晋武帝对此严惩不贷，并因此削去了司马睦的王爵。
司马昱明白到司马晞确然有不法行为，而且其与袁真的关系也确实不同寻常，到了这个地步，如果拖着不处理司马晞的问题，恐怕也难遂桓温的心愿，最后也就只能同意按照桓温的意思免去了太宰、武陵王司马晞其世子司马综、梁王司马逢等官职，废司马晞及三子司马综、司马逢、司马遵为庶人，徙于新安郡。桓温派魏郡太守毛安之率领他所统领的部队宿卫殿中。毛安之是毛虎生（毛穆之）的弟弟。
桓温在将司马晞的问题解决后，就开始对庾冰的家族下手了，因为他们是司马奕的戚属，亦是司马奕试图抑制桓氏的重要依靠对象。庾冰共有七个儿子：庾希、庾袭、庾蕴、庾倩、庾邈、庾柔，同时，司马奕的妻子庾道怜也是庾冰的女儿，虽然庾道怜在司马奕继位后不久就去世了，但庾希兄弟毕竟是司马奕的内兄弟们，平时都好着呢。五年前，桓温已经因庾希丧师失地而罢免了庾希的徐兖二州的刺史职务，即使这样，现今庾氏家族的分量仍不可小觑：庾蕴为广州刺史；庾倩为太宰司马晞的长史；庾邈曾为司马昱的参军；庾柔是散骑常侍；尤其是最有才能和器局的庾倩，更是为桓温所忌惮。另外，桓温还想到了殷浩的儿子殷涓，殷涓也一直在社会上享有美名，他父亲殷浩去世后，桓温曾派人前去吊唁，殷涓既不答礼，事后也不去桓温那里拜谢，又一直与武陵王司马晞交往密切，似乎有所图谋。十一月二十二日，朝廷黜免新蔡王司马晃为庶人，将他迁徙到衡阳，殷涓、庾倩、曹秀、刘强、庾柔全都被判满门抄斩。广州刺史庾蕴在得知此消息后，知道自己必不能免，为了成全家人，就服毒而死。
本来庾蕴的哥哥、东阳太守庾友也不能免，碰巧庾友的妻子是桓温三弟桓豁的女儿桓女幼。桓女幼当时居住在建康，当她知道桓温要杀庾希等人的消息后，眼看庾友也难活命，情急之下就赤着脚跑去求见桓温，看门的人不肯让她进入，桓女幼就高声地骂道：“你这个狗奴才，竟敢不让我进我伯父的大门！”说着就强行闯入，见到桓温后她放声大哭说：“庾友是两腿相差三寸长的长短脚，连走路都经常靠别人搀扶，就他这副德性是作贼的料吗？”桓温见他的这个侄女简直遗传了他们桓家的全部的彪悍基因，就笑着说：“我根本无意杀他，只是他自己多心罢了。”于是就饶了庾友一门。毕竟，桓温与那些赶尽杀绝的奸雄相比，还是略有区别的。
庾希在听说了这桩突如其来的灾祸后，不甘引颈待戮，与弟弟会稽参军庾邈及儿子庾攸之一起逃到了海陵的湖泽中。曾担任过青州刺史的武沈，是庾希的姨家表兄，庾希、庾邈等人逃亡以后，武沈偷偷向他们供给食物，到了第二年的六月，桓温终于得知这个情况，就派军队前往抓捕。武沈的儿子武遵与庾希一起纠集部众，抢掠长江北岸的船只，然后渡过长江，进入了京口（江苏省镇江市）。此时的京口、广陵一带，主要有郗氏家族、庾氏家族和刁氏家族等几股势力，不过，刁氏家族自王敦之乱刁协被杀之后，大部分子弟均不再从政，转而经商，只有郗氏家族和庾氏家族在当地还有政治能量。此时凑巧京口的防守空虚，卞壶之子、平北司马卞耽只好逃往曲阿（江苏省丹阳县）躲避，他手下的将士纷纷逃散。庾希将城内的数百名囚犯全部释放出来，并向他们分发武器，武遵则在京口城外设置堡垒，对外宣称接到了海西公的密诏，讨伐逆贼桓温。这场事变一时间导致京师动荡，建康方面不得不内外戒严，六门都屯驻了重兵防守。然而，此后庾希却未能牢牢地控制住京口地区，不但平北参军刘奭、高平太守郗逸之、游军都护郭龙等人率众抗拒庾希，败退后的卞耽又与曲阿人弘戎征发了各县的部队，拼凑起一支二千人的队伍驻屯在新城，准备对庾希发动攻击。庾希被对方打败后，不得不闭城固守。桓温其后派遣东海内史周少孙前往讨伐，七月一日城陷，庾希、庾邈及其子侄五人被送往建康斩首，武遵及其党羽被杀。至此，颍川庾氏家族庾冰的这一支仅有东阳太守庾友一家和自杀的广州刺史庾蕴的儿子们得以保全，后来，庾友的儿子庾叔宣官至右卫将军，而庾蕴的儿子庾廓之也被任命为东阳太守。
从咸安元年的十一月十五日开始，到了十一月的二十二日，在这短短的七天里面，桓温接连采取了一系列令人目不暇接的激烈行动，不但废黜了司马奕，册立了司马昱，而且罢免了武陵王司马晞，并诛灭了殷氏、庾氏家族。桓温的这一系列出人意料的重大举措，一下子让他震惊天下。前秦的天王苻坚对自己的大臣评价道：“桓温前败于灞上，后败于枋头，此人不能反省自己的过错，反而用废黜君王的办法来取悦自己，他都已经是六十岁的老人了，举动还是这样的狂悖，将如何面对天下苍生！”看来，苻坚在知道桓温的行为后，害怕他自己手下的大臣们有样学样，赶紧给他们在思想上消消毒。
在东晋方面，在桓温诛灭了殷氏、庾氏家族后，其他的各大家族都不知道桓温到底怎么样才能收手，纷纷处于一片惶恐和不安当中，而就在这个人心惶惶的时候，侍中谢安出手了：他只是远远地见到桓温，就望风做出了叩拜的动作出来。
谢安的这遥遥一拜，心机深不可测，这其实就是围棋爱好者谢安的一招试应手，这招试应手好在什么地方呢？当时大家的心思都在估计桓温做出这一系列大动作背后的动机到底是不是想颠覆朝廷，这是一个谁都想知道的秘密，但是谁也不敢随便打听，故而这个疑问就显得讳忌莫深。而谢安的这一拜，在礼仪上是把桓温是当做是皇帝来看待，他这样在大庭广众之上大大方方地对桓温行叩拜之礼，其目的就是要桓温暴露出他的心迹：如果桓温是坦然接受，那么桓温的狼子野心也就昭然欲揭了；如果桓温拒绝接受，那就说明桓温还是心有顾忌，那么将来就可以利用他的顾忌做文章。
不过，谢安的这招试应手也不是毫无风险的，如果桓温认为谢安是在讽刺他想当皇帝，那么桓温恼羞成怒之下说不定会对他施加惩罚，但是谢安赌的就是自己过去曾经跟桓温混得很熟，桓温就算是不怎么开心，也不会因此而跟他过不去，这就是谢安过去一直坚持两面下注所带来的回报。
谢安这样做也有一个潜在的风险，就是天下人会把他看做是对桓温进行献媚，万一将来桓温失败的话，自己的晚节可就不保啊！不过，谢安在东山再起的时候，首先选择的就是跑到桓温那里当差，当时就已经被高崧大大地冷嘲热讽了一番，如今的谢安的脸皮肯定已经修炼得更厚，估计他对此也不就更不在乎了。当然，谢安这样做也有一个潜在的利益，要是万一桓温真做成了，到那时谢安以及整个的谢家就是首拥之臣啊！不得不说，谢安这个典型的闷骚男真是算路深远啊！
果然，骚闷男桓温被闷骚男谢安的这一骚招弄得满不自在，就好像让他吃了一只苍蝇一样，桓温因此把谢安叫到身边，吃惊地问道：“安石，你因何事而做出这样的举动？”谢安说：“从来没有君主叩拜于前，而臣下拱手还礼于后的。”简直就把桓温当皇帝了，不过他态度从容，表情淡然，既看不出阿谀奉承的肉麻之态，也看不出半点的讽刺之意，这就连善于识人的桓温也看不透他的真实心态，同时也拉不下脸来对他加以责罚，只能警告他说：“安石，你以后可别再这样做了。”
谢安通过桓温对自己的这惊艳的一拜的反应，已经试探出桓温至少在目前并没有进行更过火的行动的打算，因此，他心中也就安定了许多。
谢安的表现也让桓温感觉到自己的一系列打击异己的行动已经在东晋的士族门第间造成了很大的不安，桓温为了安抚人心，于十一月二十四日实施大赦，下令允许天下百姓胡吃海饮五天，给在位的官员全部晋升两级，给孝顺、忠贞、鳏寡孤独之人每人大米五斛。而在司马昱那方面，可能也逐渐地明白到桓温废立行动的起因，为了补偿桓温在北伐前燕时候被自己人暗算的不满，十一月二十五日，司马昱下令赏赐给桓温的三万大军中的每名士兵一匹布和一斛米。
桓温宣布实施大赦后回到了白石，并上疏请求归还姑孰。
十一月二十七日，桓温经由白石回到了姑熟（安徽省当涂县）。自太和四年（公元369年）年初筹划北伐到咸安元年（公元371年）年底成功废立皇帝，在这将近三年的时间里面，桓温一直处于极度的紧张状态。经过了这么一大轮的折腾下来，他的真元损耗极大，作为一个年过六十岁的老头，他极度需要彻底的身心放松来固本培元，因此，他此时无限向往自己的是那几位如花似玉的侍妾、最幼的还没到三岁的儿子桓玄，还有那天下无匹的“白纻歌舞”。
到了十二月，才缓过一口气的桓温在姑孰又上奏说：“被废黜放逐的人，应当把他们送到远处去，而不可以临近百姓。应当依照当年汉昌邑王的往事，在吴郡给东海王修筑府邸。”太后下诏说：“如果让他成为庶人，情有不忍，可特许封王。”桓温又上奏说：“可改封海西县侯。”不久，朝廷被迫进一步贬黜晋废帝为海西县公，所以史书上也称他为海西公。