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朱由崧把太子关进大狱，不光市民百姓非常不满，股肱之臣也多有反对，甚至还激起了一场兵变。
要不是一个意外，朱由崧的朝廷早就被推翻了。
潼关之战，李自成受到清军多铎和阿济格两路夹击，再加上清军的红衣大炮不断轰击，大顺军经过十三天的顽强抵抗，潼关还是失守了。李自成被迫放弃西安，率领残部，经蓝田、商州，退入湖北。李自成计划夺取南京，以南京为基地，抵抗清军。
三月初，大顺军逼近武昌。
武昌城内，左良玉军中帐里，左良玉召集诸将开会，商讨御敌之策。
副将马士秀主动请缨，要求带兵出城迎战。
左良玉说：“李闯虽然战败，但他却是唯一能与清军交战的部队，我等如果此时把大顺军灭了，清军下一个攻击的目标，一定是我们。现在打李闯，我们就是清军的帮凶，亲者痛仇者快之事，我们决不能做！”
“那我们现在怎么办？”
“把武昌让给李闯，在此凭借长江天险阻敌，至少能迟滞清军数月。”
马士秀大惊：“把武昌让给李闯，我们去哪？”
左良玉呵呵笑道：“去南京。你们不是一再请战，打到南京去清君侧，除掉马士英、阮大铖这两个祸国殃民之贼吗，现在机会来了，我们这就东下，大军直抵南京。”
众将士一片应和，连夜开拔，顺江而下，剑锋直指南京。
左良玉与马士英、阮大铖的矛盾，由来已久。
朱由崧登基之初，为保南京安全，曾降旨要左良玉东下，驻守南京附近。
但左良玉不尿他。左良玉一向骄横跋扈，拥兵自重，崇祯皇帝的御旨，他都多有抵触，即便执行起来，也多有折扣。一个刚上台只沉溺酒色的朱由崧，左良玉压根没把他放在眼里。
但他的部将们却同意征诏，纷纷要求东下。左良玉痛哭失声，发誓不许将士们东下。僵持之际，马士秀手提大刀，大声喝道：“哪个不听左公的命令要东下，我就一刀杀了他！”并在战船上架起大炮，截断了长江航线，大家这才安静下来。
这件事，朱由崧倒没太在意，不但没责怪左良玉，还给他加封为南宁侯，不久又加封太子太傅。但马士英、阮大铖却记在了心里，在南京西部修筑板机城，作为向西防御的屏障。左良玉叹息道：“如今西部有什么可防的，明显是冲着我左良玉来的嘛。”
两人矛盾公开化，源于监军御史黄澍。
黄澍仗着左良玉的势力，曾当面顶撞过马士英、阮大铖。黄澍回来不久，朝廷就派遣锦衣卫的官员来逮捕他。被左良玉严辞拒绝：“黄澍是我的监军，他有言语不当之处，由我军法处置。你们回去告诉马大人、阮大人，给我一个面子，这事就算了吧。”
锦衣卫官员为难道：“侯爷，我们也是奉命行事，我们就这么空手回去，也不好向马阁老交待呀。”
脾气一向暴躁的左良玉也火了，大声道：“你们眼里只有马阁老，没有我左良玉，好啊，那你就把我抓了，回去向你们的马阁老请功吧。”
锦衣卫官员讪讪地走了。
回去后如实禀报，马士英不高兴了：“好你个左良玉，根本不把我放在眼里，是可忍，孰不可忍！咱们骑毛驴看唱本，走着瞧。”
两人几乎彻底摊牌了。
黄澍早就盅惑左良玉，要清君侧，还私下与三十六营大将结盟，拜了把兄弟。黄澍和这三十六营的将官，天天向左良玉晋言，但左良玉一直没有答应。他不是怕马士英，而是觉得战火一开，南京必然大乱，百姓又将饱受战乱之苦了。而清军虎视眈眈，正盼着我们内乱呢。
后来又传出太子到了南京，被朱由崧关进大牢的消息。但这时，左良玉还在犹豫，没有下定最后的决心。
直到李自成的大顺军逼近武昌，才使左良玉拿定主意，借机放弃武昌，出兵东下，直指南京。
他的二十余万部队，旌旗蔽日，刀剑如林，战舰从汉口到蕲州，排了二百多里长，浩浩荡荡地顺江东去，气势如虹，甚是威武雄壮。
马士英、阮大铖闻报，不敢怠慢，急令黄德功率领大军，渡江防守。
大军到九江时，左良玉把江西总督袁继咸骗到他的船上。左良玉与袁继咸一向交好，他拿出一份文书，谎称是太子的密诏，企图胁迫袁继咸参与兵谏。
袁继咸道：“左侯此事断不可为，当前大敌当前，清军的铁蹄已经逼近江南，在此生死攸关之际，我们朝野上下，全体军民团结一致抗击鞑虏，犹无胜算，若再发生内讧，涣散人心，则大明必亡啊。”
左良玉道：“攘外必先安内，马士英、阮大铖等贪官污吏把持朝政，乱政误国，不铲除这帮奸臣，国亦必亡啊。”
袁继咸道：“左侯此言差矣，兄弟阋墙，同室操戈，蚌埠相争，渔翁得利，现在最要紧的还是如何抵御清军，左侯不可因小废大矣。”
这时，左良玉的部将郝效忠带人潜入九江城，四处放火，顷刻间火光冲天，浓烟滚滚。左良玉见了，拉着袁继咸的手说：“袁公，我对不起你啊。”
左良玉见袁继咸不支持自己，不由心火上升。加上郝效忠放的这把火，让左良玉悔恨交加。时年已七十余岁的左良玉，早已重病在身。被袁继咸一番抢白，一口气憋了回去，再没上来。
当晚一命乌乎。
众将士见左良玉去世，便一致推举左良玉之子、平贼将军左梦庚为军主。
左梦庚秘不发丧，并把袁继咸软禁在军中。
左梦庚率军继续东下，但此时已军心涣散，毫无斗志，在与黄得功交战中失利，左梦庚率余部降清。
左梦庚是个贪生怕死的人，他劝袁继咸和自己一起投降，被袁继咸严辞拒绝。为了讨好清军，左梦庚就把袁继咸献给了清军，向清廷邀功请赏。
左梦庚如愿以偿，被清廷授予一等精奇尼哈番，封官清朝正黄旗汉军都统。
袁继咸却宁死不屈，誓不投降。
拘押北京囚禁后，清廷不断以高官厚禄诱降袁继咸，都被他断然拒绝，依旧头戴明帽，身着明服，并拒绝朝见清帝。顺治三年六月二十四日，清廷让袁继咸在做官与死亡之间作最后选择，他依然不改初衷，决心以死殉国。
两日后，袁继咸在三忠祠前英勇就义。