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然而，日月神教的毁灭和五岳派的重创，只是代表着传统门派的衰弱，另一种新的门派即将崛起，成为大明的最大敌人。
为什么这么说呢？普通常识：人都要吃饭。门派需要生存，那么要有必需的经济来源。传统的门派，主要通过封建土地制度获利。以少林派为例，少林派拥有所在地登封县近五成的土地，和尚将土地出租给当地的农民，拿到总收入的五成，以此获利。除此以外，也有门派会进行部分资本经营，比如武当派在经营周围的土地同时，还将目光投向了长江，通过控制航运来获利，但这些只是少数。
与此同时，在东南沿海地区，一些新型的门派出现，他们并非以土地为经济基础，而是以资本为经济基础。经济基础的不同，导致这些门派与传统门派完全不同。传统门派根植于土地经济，基于封建土地制度，要求门人长幼有序，门派内部等级分明。新型门派以资本为基础，谁最能赚钱谁就是领袖，更加强调能力。
天地会就是一个典型的新型门派，但其也是一个古老的门派，可以追根溯源到元朝时期的巨鲸帮。
巨鲸帮是一个海上小门派，主要依靠走私生存。元末战争时期，巨鲸帮曾经与天鹰教、谢逊以及明教为敌，后又支持方国珍占据浙东，与明教天鹰旗爆发激烈战争。
在张无忌率领明教返回中原，重新崛起，并在击败元朝的战争中，巨鲸帮遭到了重创。首领方国珍被迫投降张无忌，被流放到了朝鲜。其他帮众被贬为贱民，终生不得上岸，号称船户。
由于受到明朝朝廷的歧视性对待，船户被迫团结在一起维持生存，他们重新结成门派，但是抛弃了巨鲸帮的称号，以天父地母为口号，形成了天地会。由于航海时候舵手是非常重要的人物，所以天地会的最高领袖被称为总舵主，各地的分支被称为分舵。
由于天地会成员终生待在船上，极其擅长航海，在张文奎援助东罗马、封建南洋以及张祖恭远征罗马时期得到了重用，用鲜血洗去了祖先的耻辱，摆脱了贱民的身份，重新成为良民，获得了上岸生活的权力。
天地会洗白以后，继续以航海为生，最初依附大明水师和南洋诸国，从事大明本土－南洋－东罗马的贸易。
在新大陆发现以后，天地会首领宋素卿敏锐地认识到，这是一个全新的机会。天地会长期运营的西洋航路势力众多，有大明水师，又有南洋诸国，弱小的天地会只能在他们后面捡残羹剩肴。而新大陆就不同了，这是一片空白的蓝图，谁先进入，谁就获得了机会。
于是，宋素卿努力说服门人，统一了思想，调整战略，转向东方新大陆。整个门派行动起来，运作之下，得到了皇帝的许可，获取了应天－日本－阿留申群岛－东土大陆金山府航线的独家运营权。
天地会筚路蓝缕，惨淡经营，直到欧洲人开辟了新航线，能够从东面沟通欧洲，使得天地会迎来了巨大的发展。
新航路的开辟，让大明朝廷也意识到了重要性。1505年，张训光命令大明水师一部分北上，以山东登州为母港，以朝鲜釜山、日本江户和东土大陆金山县为驻点，巡游新航线。从此，大明水师被一分为二。通常位于南洋的水师被称为南洋水师，北面的则被称为北洋水师。
北洋水师初创，不得不与早已落户的新航线的天地会合作，令天地会得到了官方背书，发展更加迅速。
早期天地会受到其他传统门派的压制，并无法扩大势力，只能将势力龟缩在应天和金山府等地。在日月神教和五岳派受到重创以后，天地会得到了发展的机会。1580年开始，天地会开始大量招收门人。作为一个新型行会门派，天地会并不在乎门人的来历，因此有武当派、少林派甚至日月神教的人员加入，以前的死敌在经济利益的诱惑下共同从事，这是一件非常奇妙的事情。
天地会发展越来越快，渐渐不再满足于只是一个海上门派，开始插手大陆事宜，将手伸进了长江流域，试图控制长江航运。这与武当派等产生了冲突，最激烈的时候，天地会一夜之间出动了四千人围攻武当山，逼得武当派向朝廷求助。
天地会的强势震动了大明王朝，然而此刻的大明王朝内部，正自顾不暇。
1580年，张武耀驾崩，定庙号为庙号孝宗，谥号达天明道纯识中正圣文神武至仁大德敬皇帝，其嫡长子张大展即位，年号万历。
张武耀生前非常喜欢万姓妃子，一度试图废长立幼，确立他与万妃的儿子为皇太子，招致了官僚和张氏皇族的反对，认为破坏传统。双方僵持了数十年，直到张武耀去世，他都没有立下皇太子。
张大展在没有确凿的皇太子身份，只是嫡长子身份的尴尬情况下即位，他的皇位并不稳固，为了避免弟弟来夺位，张大展干脆将弟弟封王。
按照明朝的惯例，除了皇太子，任何人封王都是实封，都有封地。张大展将弟弟张大令封王，是效仿太祖张无忌故事，把他赶得远远的。
如今大明周边，并无可以分封的地方，西域直到东罗马，均是大明兄弟之国，南方最好的两块地方云南和越南，都已经有了王者。南洋遍地都是宗室国家，经过对土人百多年的蚕食，已经再无寸土可立国。剩下大明的土地，就只有东土大陆的金山府了。于是张大令被封为金山王，驱逐到了万里之外的东土大陆。
张大令尽管心有不甘，但是不得不遵照命令前往金山府。虽然金山府在万里之外，但是依靠黄金开采与西方诸国的贸易交流，已经发展成为一个拥有50万人口大府，非常富裕。
作为一个把控航线的门派，天地会当然地与张大令勾连。他们野心勃勃地认为，尽管现在没有机会，但是迟早有一天，天地会可能获得张无忌时代明教一样的地位。
张大展终于坐稳了皇位，但是回顾国内，却发现已经根本无法控制天地会的成长。只能想尽一切办法，限制天地会的野心，避免他们成为一个新的明教。
然而，明朝的危机并不在天地会，而在另外一面。