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从历史角度而言，张无忌已经恢复了汉人的传统统治疆域。但是外界还有其他蒙古诸国，为了瓦解蒙古人的心灵，在赵敏的建议下，张无忌公然在斡难河畔召开忽里台大会，强迫蒙古人承认他是新的蒙古大汗，号腾格里汗，意思是天可汗。
张无忌效仿蒙古人的领袖成吉思汗的做法，引起了天下所有蒙古人的愤怒。然而在张无忌统辖的区域内，蒙古人只能违心地为他们的新任大汗欢呼呐喊，西面的蒙古诸国，只是将威胁停留在口头上，即无心也无力讨伐张无忌。
此时，明朝的边疆已经推进到了汉人的在西面统治的极限，明教夺回了光明顶，再向西，就要越过葱岭，面对波斯了。
张无忌曾经答应过波斯明教总部，一旦在他获得中国的统治权以后，就会对盘踞在波斯的蒙古人发动进攻，复兴明教。长期驻留在中国的黛绮丝也急切地希望张无忌能够在收复西域以后，再往西面征战。
然而，明朝并不是一个完全的明教朝代，在统治阶层里，混杂着明教、佛教、道教和儒家等多种思想派别，身为明教教主的张无忌，本人并不是一个虔诚的明教教徒，对于发动西征非常不热衷，因为这会耗费明朝的大量国力，却并不会给明朝带来多少利益。
明朝内部在激烈地讨论着这件事情，狂热的明教教徒急切地想要发动战争，令世界成为一片光明的世界。非明教教徒并不乐意如此，他们担忧大量的伤亡和浪费。
远在应天的讨论并不影响当地的明教徒，他们热诚地开始修复光明顶。自从光明顶之战以后，这里就被遗弃，沦为野兽的巢穴。他们重新点燃了圣火，清理建筑碎片，无意中找到了一个地道口，进入里面搜寻以后，意想不到地发现了失踪多年的前任教主阳顶天和他夫人的尸骸。
根据尸骸的鉴定和他夫人的遗书，千里之外的张无忌和其他曾经参与过光明顶之战的明教高层，终于揭开了旋绕在心中多年的谜题。他们一直非常奇怪，为什么少林派的圆真（成昆），怎么会知道明教的密道呢？以至于可以偷偷潜入进来，几乎将明教高层一网打尽。
原来，阳顶天、成昆和阳夫人，其实是师兄妹，他们都师承于南宋神雕大侠杨过。杨过与其师傅小龙女成婚以后一直没有子女，晚年收三人做弟子。阳顶天是大师兄，并且武艺最为高超，他加入了明教，凭借强大的武功，成为了新一任的明教教主。成昆则拒绝加入任何门派，在江湖上过着潇洒的日子。小师妹是两位师兄的牵挂，她对两位师兄也都有感情。但是最终选择了权势熏天的阳顶天，以便可以过上优越的生活。但是她依旧与成昆保持秘密关系，甚至透露了明教光明顶的密道，让成昆可以与她私会。
有一次，小师妹在与成昆私会的时候，被阳顶天撞见，师兄弟爆发大战，最终阳顶天因为走火入魔去世。小师妹愧疚之下，自杀身亡，留下成昆孤零零一个人。他在万念俱灰之下，将全部仇恨集中在了明教身上，倘若世界上没有明教，阳顶天就不会加入，师兄妹三人依旧可以过上快乐的生活。他发誓，用尽一切办法消灭明教。
成昆最先试图寻找自己的弟子谢逊合作，他没有告诉谢逊，阳顶天其实与他是同门。但是阳顶天一看到谢逊的武功，就知道这是成昆的弟子，非常高兴，不仅邀请他加入明教，还让他担任了高层。
成昆狂怒之余，杀死了谢逊的家人，逼迫他到处杀人寻找自己。而成昆则潜入少林派，暗中埋伏，挑起了一系列的阴谋，直到败亡。
某种意义上而言，学过谢逊武艺的张无忌，其实也是成昆的再传弟子。
阳顶天的故事最终让张无忌下定了决心，发动西征。然而，他的目的并不是为了复兴明教，而是为了消除明教在中国的影响力。
明教毕竟是依托于明教建立，在中国拥有巨大的影响力，身为教主的张无忌很多情况下，也不得不服从于明教的需求。他扶持武当派、峨嵋派和少林派，甚至蒙古人的势力，来维持对明教的平衡，但是明教的势力终究太大了。他无法对明教发动大清洗，所以最好的办法就是让他们自己离开。
张无忌宣传，收复波斯，复兴明教，这是一场圣战，只有明教徒才有资格参加，因此这场西征的主力是五行旗。杨逍麾下的地火风雷四门和云南英王殷野王也派遣了一部分人员参加。
1370年，西征开始。明军面对的敌人，主要是统治中亚的帖木儿汗国，以及更西面混战不休波斯，而北面的金帐汗国，也将是他们的敌人。
早在明朝消灭亦力把里汗国的时候，帖木儿汗国的统治者瘸子帖木儿就对此保持了相当程度的警惕，无论从种族还是宗教而言，明朝都是他的敌人，为此瘸子帖木儿做好了充分的准备。
他囤积粮食、兵器，招募武士，派遣使者前往各个蒙古汗国，希冀寻求同盟的支持。然而令他沮丧的是，四分五裂的蒙古世界，并不想得罪新的蒙古大汗，他们只希望距离能够阻止张无忌的征服。
但是瘸子帖木儿无法阻止，因为明朝就在他身边。当西征开始以后，帖木儿汗国遭到了明朝的攻击。
西征的明军是一支以汉人为多数的军队，但是采取了蒙古式的战术。这是由于明朝本土距离中亚相当遥远，运输物资是一个极大的困难，如果采取传统中国式的战争，将难以维持后勤。幸好，百多年前的蒙古人的征服，已经给明军提供了足够的经验。
明军驱赶着数以万计的牛羊作为粮食，来解决后勤问题。然后在战术上，采取以精锐的武术家为核心，遇到大规模的敌军，则极力避免交战，开展偷袭、骚扰的游击战；面对小股的敌人，则放肆地屠杀，一个不留。
瘸子帖木儿绝望的面对这种蒙古人的战术，眼睁睁地看着他的军队疲于奔命，不断衰弱，然后他的帝国逐渐被西进的明军蚕食，一个又一个的绿洲被征服，一个又一个的城市沦陷。到1372年的时候，瘸子帖木儿败局已定，他害怕被杀死，狼狈不堪地逃向了西面。
明军于是从中亚进入了波斯，此时的波斯四分五裂，在波斯明教的协助下，他们轻而易举地击败了所有的敌人，统治了从葱岭一直到里海的广大区域，解放了受到蒙古人压迫的波斯明教总部，驱逐了众多异教徒。
作为中国明教的麾下，五行旗并不服从波斯明教的命令，而远在应天的张无忌又无法及时地控制他们，于是五行旗向张无忌请求允许自治。
张无忌发起西征的主要目的就是为了迁移明教势力，他宽宏地把波斯赏赐给了五行旗统治，让他们自己建立政权。
和天鹰教政府云南不同，由于五行旗唯一的首领就是中国明教教主张无忌，各旗之间并没有隶属关系，为了方便治理，五行旗组成了五人议会，由每个五行旗的领袖参加。他们轮流担任议会的议长，决定重大的事项。
在地方上，五行旗占领不同的区域，分别统治。从实际上来说，波斯成为了一个联邦国家，被名为五行旗的军阀所控制。
黛绮丝在五行旗的支持下，如愿以偿成为了波斯明教的教主，尽管这是一个更加接近荣誉性质的皇冠。为了感谢张无忌的鼎力支持，黛绮丝献出了自己的女儿，送抵应天。这其实代表着波斯明教向中国明教的臣服。张无忌接收了这个礼物，黛绮丝的女儿名“昭”，人们习惯地称呼她为昭妃。