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结束了西征以后，明朝在周边再无敌人，张无忌可以专心于武功的修炼。成为皇帝以后，巨大的权势令人迷醉，他渴望永远拥有。理智告诉他，长生不老是不可能的，但是长命百岁完全可以，眼前就有一个活生生的例子，他父亲的师傅张三丰，迄今已经有一百三十岁，依旧活得好好的。强大的武功是张三丰寿命长远的基础，所以张无忌决定效仿太师父。
张无忌将大部分政务交给行政政府，他只决定大政方针，加以监督即可。后宫之中，由于张无忌对女色淡薄，仅有皇后、皇贵妃和贵妃三人，结构非常简单，以周芷若的武功和赵敏的智慧，完全可以做到控制。门派方面，用三大门派牵制明教，维持平衡。
但是1377年的时候，杨逍的去世改变了局面。
杨逍，明教光明左使，如果明教中有一个最讨厌的人排行榜，他毫无疑问能够占据第二，第一是黛绮丝。杨逍英俊潇洒，武艺高强，年纪轻轻就担任了明教权力位置第二的光明左使，镇守总部。一度有传言，杨逍是阳顶天的私生子，否则不会受到前任教主的密切关注。
但是杨逍的性格未免太恶劣了，由于天赋异禀，使得他自视甚高，看不起别人，宛如南宋时期的五绝之一东邪（EastHeretic）黄药师。但是他又缺乏超人一等的武艺，得罪很多人却无法让那些人闭上嘴巴。阳顶天失踪以后，杨逍竞争教主之位失败，孤独地守在光明顶上。直到张无忌出现，才让杨逍折服。从此以后，杨逍长期担任张无忌的助手进行辅佐。
本身没有多少信仰的张无忌非常警惕明教，但是对杨逍保有充分的信任。一方面，杨逍是少数与武当派和峨嵋派有密切关系的明教人员。他亲口承认的妻子来自峨嵋派，而他的女儿又嫁给了武当派的殷梨亭。更重要的是，杨逍被所有人讨厌，意味着他无法集结势力，能够被君主充分利用而不用担心夺取君主的权力。
在明朝建立以后，杨逍担任了丞相一职，统帅朝廷的行政人员。他兢兢业业，获得了张无忌的认可。
但是杨逍的年纪毕竟太大了，他比张无忌足足大四十岁，1377年的时候，杨逍已经年近八旬。尽管高深的武功延迟了衰老，可是岁月最终夺取了杨逍的性命。当年十二月，杨逍在一个晚上突然去世。第二天人们发现他的时候，有呕吐、挣扎的痕迹。从现代的医学角度来看，可能是心脏病突发，但是这些表征也很像是中毒。
一时之间，谣言四起，有人说张无忌毒杀了杨逍。也有人说，是杨逍得罪的人太多了，被人谋害。
这令张无忌非常恼火，他的六师叔带着杨逍的女儿，向张无忌请求主持公道，调查杨逍去世的真相。
杨逍的身份，使得张无忌无法使用明教或者六大门派的人员进行调查。于是他派出了敏机关调查。
自从敏机关归顺张无忌以后，明面上看，是赵敏在指挥，实际上聪明的赵敏早已放弃指挥权，交付张无忌使用。敏机关也被改名成了锦衣卫，成为皇帝直属的特殊机构，负责调查臣下的不法。
这是一群内心无比阴暗的人，他们原本就是被各个门派驱逐或者不被正统武术家认可的暗黑武术家，唯一能够依附的就是权力。如今他们的主子是天下武功最高、权势最大的的皇帝，更加为所欲为。
锦衣卫擅长揣摩上意，他们很清楚，皇帝非常担忧明教势力的扩张，侵蚀了许多皇帝的权力。于是他们借助杨逍去世，大肆抓捕明教人员或者相关人员。
他们首先针对的是自己部门从前的顶头上司范遥，但是能够从明教变换到元朝，再变换回来的范遥哪是那么容易对付，他很快觉察了锦衣卫的目的，在锦衣卫未行动之前就迅速逃走，不知所踪。
尴尬的锦衣卫只好去抓其他人员，五散人、青翼蝠王相继被抓捕，在他们的严刑拷打下，炮制了一个骇人听闻的政变阴谋，说明教上下非常不满张无忌在建立王朝以后未把明教立为国家，所以首先毒杀了张无忌身边最忠诚的狗杨逍，再去发动政变。
毫无疑问，这是非常可笑甚至荒唐的，但是张无忌却需要这个理由，他们开始了针对明教的大清洗活动。张无忌命令武当派、峨嵋派和少林派，配合锦衣卫的调查和抓捕行动，将明教从上到下的骨干人员几乎一网打尽。锦衣卫严刑拷打，牵连了越来越多的人，恐惧的高峰时期，甚至远在云南的英王和波斯的五行旗也战战兢兢。英王上书请求收回封地，让他回到老家平安地老去。五行旗严禁中国本土人员进入波斯，一旦发觉立即杀死。
张无忌认为目的已经达到，于是他宣称，这是锦衣卫为了自己的一己之力布置的阴谋，他不慎没有觉察出来。现在他下令解散锦衣卫，里面的所有人都得到处置，受到牵连而不幸丧命的人则恢复名誉。被处死了五散人和青翼蝠王都得到了应有的追封，韦一笑的家人甚至还继承了他的侯爵身份，直到数百年之后，又有一个韦一笑的子孙，凭借着自己的能力，成为了王朝的公爵。
人们为皇帝的英明欢呼鼓舞，但是失去的人命再也无法挽回。
为了安抚明教的残余势力，他迎娶了殷野王的女儿为妃子，因为其名离，是为离妃；又向五行旗许诺，以后皇室的后裔名字，根据五行排序，一代一个，反复循环，以此纪念五行旗的功勋。
至此，明教在朝廷的势力基本为一扫而空，残余的天鹰旗和五行旗山高地远，无法影响他一分一毫，张无忌摆脱了明教势力的制约。
不过还是有少数明教残余分子留在了中国本土，他们潜入地下，为了避免遭到张无忌的追捕，不得不改名为朝阳神教，日后演化为日月神教，只是关于明教的信仰不见一分，成为了一个普通的带有黑社会性质的门派。