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忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
虽然暗影忍连在其他人们的眼里已经开始改邪归正，但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的头目·虹蛇的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神的继承者，假面骑士忍者。
忍者带着红芭来到了深山的修炼地点，刚好看到了月悦师傅，然后向她点了点头，月悦也懂了他的意思，拉着红芭的手说道：“红芭，这个忍者哥哥要去消灭那些暗影忍者了，你先跟我躲一下好吗？”
红芭点了点头，说道：“好吧.....”，她目送着忍者踏着轻功再次冲向无名村，他一落地就看见本体已经解决了所有的暗影忍者，和本体会合了后，他向本体点了点头，然后就化为白雾散去。
“好了，已经解决了，那么就该把身体还给他了.....”，假面骑士忍者解除了变身，紫色铠甲化为紫色雾气散去，他的紫瞳也因为神乐月坂的离开而转为正常瞳色，然后，他的查克拉也因为释放了大量的忍术而耗尽，接着他就失力而晕了过去。
莲太郎醒了过来，发现自己又来到了葫芦空间，他慢慢站了起来，突然，他的面前出现一团紫色雾气，雾气散去，露出紫色铠甲的模样，紫色铠甲说道：“神藏莲太郎，已经解决完了，该把身体交给你了，还有一点，你现在还是不能完全是用我的力量，你还是得多次修炼才能成功变身。”
“好吧...谢谢你。”莲太郎鞠了一躬，然后就离开了葫芦空间，来到了现实世界，之前，他因为耗力过多而晕倒，现在终于醒了过来，他慢慢地站起来，因为体力还是没有恢复完全，所以就身子有点站不稳。
他慢慢地走到父母的尸体旁边，一看到死去的父母，泪瞬间流了下来，他在家里找到了火柴，然后将父母火化了，然后从家里拿出几块木板，然后用尽全身力气，刨出一个大坑，他将父母的骨灰洒进坑中，然后将土盖上。
接着，他将两块木板拼成十字架的样子，然后插进土里，拿着暗影忍者的忍刀刻下莲太郎父母的名字，他跪在地上，向父母的坟墓磕了一个头，“爸爸，妈妈，我一定会成为世界第二的忍者，替你们报仇。”，之后，他就离开了村子，顺着山路，步履蹒跚地走到了深山里。
终于，他走到了深山的修炼地，他看到了红芭和月悦师傅正在坐在石块上修炼，“红....红芭......”，他向前伸出手，眼前的画面突然变得模糊起来，然后就晕倒了。
过了很久，他醒了过来，但脑子还是昏昏沉沉的，他的双眼还是非常模糊，终于视线终于清晰了起来，月悦师傅见他醒了，立马跑了过来，摸了摸他的额头，说道：“莲太郎，醒了？”
“月悦师傅？”莲太郎虚弱地说道，“我...我怎么在这儿？”
月悦师傅说：“你的查克拉耗尽了，身体也很虚弱，又走了山路，你一直走到我们的修炼地，我和红芭看到了你，你伸出手后就晕了过去。”
“可...可我...我怎么还....还这么累....”莲太郎虚弱地说道。。
月悦师傅说道：“没事，你好好休息就好了，以后，你和红芭，就跟着我一起生活吧，顺便提升一下你的能力。”
“谢...谢谢.....”莲太郎说道，然后又晕了过去，月悦师傅，一边向他的身体输入查克拉，一边抚摸着他的头。