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忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。
忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
虽然暗影忍连在其他人们的眼里已经开始改邪归正，但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的头目·虹蛇的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神的继承者，假面骑士忍者。
莲太郎站了起来，摸了摸眼角的泪水，愤怒地看着面前的暗影忍者，然后从腰间拿出了忍者葫芦，“如果...我...我能使用它的话....我就可以消灭的你们....给我力量吧！”，他怒吼道，忍者葫芦瞬间有了一个紫色手里剑的标志。
他的意识瞬间来到了一个白色的空间，一个身穿紫色铠甲的男人站在他的面前，说道：“你终于来到了这里。”
“你是？”莲太郎问道。
“我就是当年的忍者之神，神乐月坂。”紫色铠甲说道。
“你是忍者之神?对了，我为什么在这里？我还要去消灭暗影忍者！”莲太郎说道，然后抓住紫色铠甲的衣领，“快放我出去。”
“凭借你现在的情况，你是根本打不过暗影忍者的。”紫色铠甲拍开他的手说道，“这样，你让我附身，我可以替你的父母报仇。”
“真...真的吗？”莲太郎说道，“可是...可是我妹妹红芭她....她怎么办，我不能过去照顾她啊....”
紫色铠甲拍了拍他的肩膀，说道：“没事，我会用影分身之术去照顾他的。”
“真的吗，那就交给你了！”他伸出手，紫色铠甲点了点头，碰上了他的拳头，此时画面来到无名村，莲太郎因为刚刚来到了葫芦空间里，所以就晕了过去，但是，他突然站了起来，面前的紫色墙壁瞬间消失。
“护盾消失了？”暗影忍者们看到面前的紫色墙壁消失了，立马开始释放忍术攻击莲太郎，而莲太郎向前一个甩手，将飞来的所有忍术，全部反弹了回去，暗影忍者们都被自己的忍术击中，然后被击飞。
莲太郎的双眼突然变成了紫色，说道：“你们这些暗影忍者，还是没有把你们的力量用到正道上！”，他从腰间取下忍者葫芦，“受死吧！”
他打开了忍者葫芦，紫气冒出，然后倒出紫色液体，液体化为腰带绑在他的腰上，他拿着手里剑起始器，然后向右踢出右腿，然后左手撑地，然后站了起来，手架成“十”字。
“henxin（变身）”，然后将手里剑起始器放在腰带上，然后用右手向下一甩，带动手里剑起始器的转动，“何人！在下！”，腰带瞬间吐出一个卷轴，然后变成一个圆圈，他的身后出现一只站立的紫色青蛙，然后趴了下来，青蛙吐出紫色铠甲的部件。
紫色铠甲瞬间穿到他的身上，“忍者！Shinobi，参上！”，他变身成假面骑士忍者，他立马开始结印，“忍法·影分身之术”，他的身边瞬间出现了一个自己的分身，分身看了本体一眼，点了点头，立马向莲太郎的家里冲去。
本体见分身走了，立马冲向最近的一名暗影忍者，直接一拳打中他的胸膛，另一边的暗影忍者，立马抽出忍刀，直接向他的头砍来，忍者向后跳了一步，然后快速结印，“忍法·火遁之术·豪火球”，他向那名要砍自己的暗影忍者吐出一口巨大的火球。
暗影忍者瞬间被火球淹没，火焰散去，只见这名暗影忍者全身冒着火，在地上不停地翻滚，不远处又来了一名暗影忍者，向他丢出一发苦无，并且还贴着一张起爆符，忍者看见了那枚苦无，直接接住苦无，取下上面的起爆符，直接贴在他身边的一个暗影忍者。
起爆符瞬间爆炸，那名忍者直接被炸飞，突然一名忍者瞬间在他的右边出现，他向右直接一踹，将偷袭的暗影忍者踢飞，然后将之前接住的苦无，丢向那名忍者，苦无直接刺中了它的心脏，那名忍者直接死亡。
不远处还有三名暗影忍者，他们见好多伙伴都死了，于是想要偷偷逃走，他们已经跑到了村口，已经快要跑出无名村了，忍者直接纵身一跃，然后在空中结印，“忍法·火遁之术·火龙”，一条火龙飞向那三名要逃跑的忍者，暗影忍者们猛地回头，看到了飞来的火龙。
“完了完了。”他们开始结印，“忍法·水遁之术·水龙”，他们三人集结每个人体内的查克拉，释放出一只巨大的水龙，水龙直接咬住了火龙，然后它们一起化为水蒸气消散在空中。
他们见危机解除，继续逃跑，可是假面骑士忍者已经站在村口等候了多时，“忍法·土遁之术·碎石”，其中一名暗影忍者使用土遁之术，召唤出碎石飞向忍者。
忍者轻蔑一笑说道：“没用的，受死吧！”，他化为一团紫色烟雾散去，碎石打空，紫色烟雾瞬间飘到他们的身后，然后化作忍者，忍者直接扭断了其中一个暗影忍者的脖子，然后一拳打飞另一个忍者，然后一脚踹飞剩下的那个暗影忍者。
那几个被打飞的忍者，立马站稳身子，开始结印，“忍法·风遁之术·断空破”，一阵狂风吹来，“忍法·火遁之术·豪火球”，他吐出一口火焰，火焰因为风遁忍术的加成，由一团火焰直接变成了一个巨大的火球。
忍者看着火球向他滚来，然后迅速结印，“忍法·水遁之术·巨瀑狂鲨”，一只蓝色的巨齿鲨出现，然后穿过火球，用身体抽飞了那个使用风遁的暗影忍者，然后一口咬中了用火遁的忍者。
火遁暗影忍者直接当场去世，另一个暗影忍者撞倒一个屋子上，直接倒下挂了。
画面转到红芭那一块，父母因为担心莲太郎的安危，就让红芭一个人呆在这里，过了很久，爸爸妈妈还是没回来，红芭因为没有父母在身边，十分害怕，一直在房间的角落里颤抖。
一个暗影忍者直接走了进来，查看有没有人躲在这里，走到了红芭躲的房间里，暗影忍者打开电灯，看到了躲在这里的红芭，“呀，居然还有活口。”，他抽出忍刀，直接一刀劈了过来，红芭瞬间哭了出来，突然，暗影忍者瞬间被打飞。
红芭非常震惊，暗影忍者为什么被打飞了，可因为害怕还是一直大声哭泣，“啊！哦多桑、哦噶桑、欧尼酱，哇.....”，突然，一个紫色身影出现，蹲了下来，擦了擦红芭眼角的泪水，说道：“小姑娘，别害怕，我来救你了。”，假面骑士忍者的分身终于赶到，直接用强大的风遁忍术打飞了暗影忍者。
“唔....你...你是谁啊....”红芭哭着说道。
“我吗？我是....假面骑士...忍者！”忍者拉起红芭，“小姑娘，我们先离开这里吧。”
红芭牵着忍者的手，和他一起走出了房子，“休想逃！”，那个被打飞的暗影忍者，站了起来，直接拔刀冲来。。
忍者松开红芭的手。，然后开始结印，暗影忍者快要劈中忍者的头时，他瞬间回头，一脚踹飞了暗影忍者，“忍法·火遁之术·豪火龙”，一条巨大的火龙瞬间从地面上钻了出来，然后一口咬住他的身体，直接将他带上了天。
忍者看着火龙钻入了天空，然后转过身来，继续拉着红芭从村子的后门离开了。