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回到陇西不久董卓便被重新征用，诏董卓为中郎将，佐车骑将军皇甫崇护卫洛阳，征战边章，韩遂西北义军。
在镇压边章，韩遂等人反叛起义时，皇甫崇与边章军进行激战，皇甫崇失利。又因在镇压黄巾起义时路过邺（今河北临漳）时，见中常侍赵忠修建的豪华宅邸超过规定而上奏灵帝没收，被赵忠怀恨在心。中常侍张让索要五千钱又未给，一并结怨。张让，赵忠向灵帝谗言，皇甫崇被召回洛阳，以无功而免职。复以司空张温为帅，执金吾袁滂为副，更任董卓为破虏将军，令他与荡寇将军周慎统归张温指挥。
早先皇甫崇被征为中郎将，任冀州牧，急召进京时，信都令阎忠劝功高盖主的皇甫崇自立为王，吸取韩信被杀的教训，拥兵割据。皇甫崇认为，朝廷吏士还多忠于刘氏汉室，自立为王必遭天下唾骂，于是听命于灵帝诏令，回军洛阳，旋又出守长安，护卫西汉诸帝陵园，最终落得无功而免的下场。阎忠见皇甫崇不听劝告，遂弃官逃跑，愤然离去。
如今张温被用，又有名士张玄劝其拥兵自重，威逼灵帝诛杀宦官，起用贤士，又被拒绝。名士张玄是汉恒帝时名儒张超之子，恒帝时其父张超高节不仕，其兄张陵恒帝时官至尚书，以弹劾大将军梁冀及其弟河南伊梁不疑而名闻朝野。张玄高才，有谋略感激张温以礼举荐，不仕而以布衣求见，张温礼迎进帐后，张玄向张温献策说：“天下寇贼云起，岂不以黄门常侍无道故乎?闻中贵人公卿已下当出祖道于平乐观，名公总天下威重，握六师之要，若于中坐洒酣，鸣金鼓，整行阵，召军正执有罪者诛之，引兵还屯都亭，以次翦除中官，解天下之倒悬，报海内志怨毒，然后显用隐逸忠正之士，则边章之徒宛转股掌之上矣”张温听后大为震惊，不知如何回答，良久之后便对张玄说：“处虚（张玄字处虚），非不悦子之言，顾吾不能行，如何？”玄乃叹曰：“事行则为福，不行则为贼，今与公长辞也”即仰头欲饮毒酒自杀。张温前执其手曰：“子忠于我，我不能用，是吾罪也，子何为当然！且出口入耳之言谁今知之？”张玄随即辞别张温，隐居于鲁阳（今河南鲁山）山中。
边章，韩遂义军原为湟中（今青海东部湟水流域）义从，小月氏人北宫伯玉和李文候所领导的边民起义，以羌人少数民族为主。汉灵帝派军镇压黄巾军起义后，部分起义人民逃往河东，并州一带，部分逃往幽州，益州及荆湖一带，部分逃往凉州。边章，韩遂立名于凉州胡汉之间，北宫伯玉和李文候被推举为义军将领后，杀护羌校尉冷征，又逼迫，劫持边章，韩遂，使二人专任军政之事。边，韩二人被推举为将，又有大部黄巾余众及西北汉人不断加入起义队伍，威势日重，一路东进，杀金城太守陈懿，攻烧沿路州郡，以诛杀宦官为名，入寇三辅，侵逼长安西汉帝陵。灵帝急召皇甫崇，董卓进击边章，韩遂军。阎忠劝皇甫崇自立被拒逃走之后，边章，韩遂军已至陇右，在起义军进军途中，凉州刺史宋枭不敢作战，下令各州大人读《孝经》以感化义军，以瓦解义军，取得胜利，战不利被诏问罪入狱。汉阳长史（今甘肃甘谷东南）盖勋素有威望，被义军击伤，不忍杀害，送归汉阳。杨雄任州刺史，表盖勋为汉阳太守，时天旱缺粮，府所积粮出以救民，活数千人，起义军遂不攻汉阳而转攻他地，汉阳安定。
灵帝召皇甫崇回洛阳，率军出守长安，又被中常侍陷害，无功免职。张温复为汉军统领，合兵十万，屯驻于美阳（今陕西武功），保卫西汉诸帝陵园。边章，韩遂大军急攻美阳，击败董卓，张温。张温被迫撤军自保，固守不出，羌兵们做白狗祭，将一只白狗吊在城外，七日不死，认为大吉，攻城必胜。于是加紧攻击，使得张温，董卓等人只有招架之功，毫无还手之力。至11月（185年），有流星从空中划过，光照边章，韩遂军营，韩遂迷信，以为冲撞了汉陵诸帝，恐再战对己不利，欲撤兵回金城。众羌众占卜得吉卦，坚持进攻美阳，一时主意不定军心大乱。董卓听闻之后，大喜，与右扶风太守鲍鸿等人率军猛攻边章军，边章兵败，被杀数千人。边章，韩遂军败退至榆中（今甘肃永靖西北）。张温派荡寇将军周慎率三万骑追至榆中，边章大军分别列阵以迎击。参军事孙坚劝周慎说自己愿意带兵万人断边章军输送粮物之道，以困边章军。周慎不听，遂以大军包围边章军。边章，韩遂一面坚守城池，一面暗自派军切断周慎军的粮道，周慎惊恐，急率军撤退，边章，韩遂军追击，斩汉军甚多，取得胜利。董卓率军突进，迫北宫伯玉，李文侯等诸羌众到达金城，望垣（甘肃天水）一带。金城是羌人本势，势力无所不及，到处驻有军队，而董卓等人盲目深入西羌，又犯了“穷寇莫追”的兵家大忌，在追赶过程中遭到数万羌人围攻。由于后援军无法及时赶到，不到数日，各军粮食殆尽，而围兵不仅没有丝毫减退，反而进攻更加猛烈，情势十分危急。当时周慎等人率领的军队已被彻底击溃，董卓军孤立无援，只得设计解脱。沉着老练的董卓在此情形之下，仍不慌不忙，命令士兵在河中筑一高堤坝，截断上游的水流。羌人们对此感到莫名其妙，这时羌兵侦查回来的消息说，东汉军队整天在坝中捕捉鱼虾。西羌将领以为董卓粮尽，只能靠捕捉鱼虾充饥，于是放松了警惕，只围不攻，想困死董卓军队，可过了很久都没有动静，等到羌骑探明情况时，董卓军队早已消失的无影无踪，不知去向。原来，董卓筑坝的真正目的是迷惑敌人，以此掩护，然后伺机悄悄撤退。羌胡兵骑听闻董卓军队逃遁，前往追击。无奈董卓撤退时决了堤坝的口子，河中水深，无法渡河，只能停驻着急，毫无一点办法。董卓在望垣（今甘肃天水）北镇压先零各部，以迫羌兵回救，亦被北宫伯玉击败，边章义军遂转危为安。
董卓回报军情，张温以灵帝诏书责问董卓征讨不力之罪，董卓迟迟不到，张温待其良久，便以怠慢军机之罪责问董卓，董卓应对自如，不听张温将令，皆以逆对顺，不肯认罪，狂言大语，对董卓轻视无礼。当时参军事孙坚在座，向前耳语于张温说：“卓不惧罪而鸱张大语，亦以诏不时至，陈军法斩之。”温曰：“卓素著威名于陇蜀之间，今日杀之，西行无依”。坚曰：“明公亲率天兵，威震天下，何赖于卓？观卓所言，不假明公，轻上无礼，此一罪也。章，遂跋扈经年，当以时进讨，而卓云未可，诅军疑众，二罪也。卓受任无功，应诏稽留，而轩昂自高，三罪也。古之名将，仗钺临众，未有不断斩以示威者也，是以田穰苴斩庄贾，魏绛戮杨干。今明公垂意于卓，不即加诛，亏损威刑，于是在矣。”温不忍发举，乃曰：“君且还，卓将疑人。”孙坚听后便起身向外，走出帐中。
边章，韩遂等虽然暂时转危为安，见朝廷兵将众多，起义军内部边章，韩遂与北宫伯玉等人又矛盾四起，党众离散，决定退回凉州。又有数众乞降张温。张温使百万钱于灵帝及其左右，被灵帝遣使持节拜为太尉，征召入朝。因张温中军未临义军而胜，皆不予封赏。唯闻孙坚数卓三罪，劝张温斩董卓以震君威而被皇甫崇等人赏识。董卓军大难制又不加贿赂，黄门侍者亦多恨之，无不叹息张温未斩董卓之错，加拜孙坚为议郎。灵帝下诏征拜董卓为少府，入京为官，以削弱其兵权，挖掉他的凉州军基，董卓不肯应诏，上书曰：“所将湟中义从及羌胡兵皆诣臣曰：‘牢直不毕，禀赐断绝，妻子饥冻’牵挽臣车，使不得行，羌胡敞肠狗态，臣不能禁止，辄将顺安慰，增异复上。”灵帝无奈，不能制止，深以为虑。
边章等人退出三辅，进军凉州之后，朝中有人主张放弃凉州。司徒崔烈也以边章，韩遂反，征发天下，役赋无已为由劝灵帝放弃凉州。北地灵州（今宁夏灵武西南）傅燮，时为议郎，坚决反对，听此朝议之后，厉言说道：“斩司徒，天下乃安。”尚书郎杨赞奏傅燮庭辱大臣，帝以问燮，燮对曰：“昔冒顿至逆也樊哙为上将，愿得十万兵横行匈奴中，愤激思奋，未失人臣之节，顾计当从与不耳，季布犹曰：‘哙可斩也’。今凉州天下之要冲，国家藩围。高祖初兴，使骊商别定陇右；世宗拓境，别置四郡，议者以为断匈奴右臂。今牧御失和，使一州叛逆，海内为之骚动，陛下卧不安寝，烈为宰相，不思为国恩所以饵之之策，乃欲割弃一方万里之土，臣窃惑之。若使右袏之虏得居此地，士劲甲坚，因以为乱，此天下之至虑，社稷之深忧也。若烈不知之，是极蔽也；知之而故言，是不忠也。”灵帝从其议，不准放弃凉州，征汉阳太守盖勋入朝为讨虏校尉，后出京兆尹。任傅燮为汉阳太守，离京赴任。
傅燮到任汉阳之后，安抚众羌，列置四十余营，效果甚佳。羌汉民众大部分是受压迫，歧视而反叛，如此一来，反叛者大为减少。
起义军不断壮大，内部将领之间的矛盾也渐渐突出，汉兵与羌胡兵之间也是矛盾不断，时有不和。韩遂借机杀边章，李文侯，北宫伯玉，欲自立为王，羌胡，汉人皆怨恨韩遂此举。此时凉州义从宋健，王国率军与韩遂合兵一处，共守金城。汉庭方面，凉州刺史杨雍因平叛不利而被免职，由耿鄙接任凉州刺史。耿鄙上任之后因信任奸诈贪财的程球而遭凉州士人怨恨。耿鄙开始征调凉州六郡兵马以讨伐韩遂等人，扶风茂陵（今陕西兴平）人马腾应征入伍，被任命为从军事，后多有战功而升任为军司马。韩遂杀边章，李文侯，北宫伯玉后，自掌兵权，拥兵十万进犯陇西郡。耿鄙准备率军迎战，汉阳太守傅燮知耿鄙不得人心，出战必败。于是竭力劝阻耿鄙说：“使君统政日浅，人未知教。孔子曰：‘不教人战，是谓弃之。’今率不习之人，越大陇之阻，将十举十危，而贼闻大军将至，必万人一心。边军多勇其锋难当，而新合之众上下未和，万一内变，虽悔无及。不如息兵养德，明赏必罚，贼得宽挺，必谓我怯，群恶争势，其离可必。然后率已教之人讨已离之贼，其功可坐而待也。今不为万全之福，而就必危之祸，窃为使君不取。”耿鄙不听劝阻，坚持率军出击。耿鄙率军抵达陇西狄道（今甘肃临洮县），军中内讧，别驾从事和陇西郡太守李相如反叛，率军攻杀程球，复又杀耿鄙。军队哗然而散，酒泉太守黄衍亦反，与韩遂连结合兵，军司马马腾亦拥兵反叛，率军投奔韩遂军中。众人推举汉阳郡人王国为“合众将军”率军围攻汉阳。城中兵少，太守傅燮坚守不出。攻伐汉阳郡的数千羌胡素感激傅燮其恩，共跪于城外，叩头请傅燮出，欲送他回灵州（今宁夏灵武西南）故里，不愿屠城杀之。年13岁的傅干，知道其父傅燮性格刚烈，仰慕古人高风亮节，（傅燮，身长八尺，容貌魁梧，年少入洛阳为学，师从太尉刘宽，举孝廉之后，听说举他为孝廉的郡将逝世，于是弃官服丧。）不会接受羌胡骑兵建议弃城回家，于是便劝其父说：“国家昏乱，宦官当朝，父亲不被朝廷所容，如今凉州已被叛军控制，我们兵少不能自守，乡里羌胡蒙受父亲的恩德，欲送父亲还乡，还请父亲依从他们的建议，暂时返回乡里，再征募智勇之士，待有道的人出世，我们再考虑拯救天下。”话还没说完便被傅燮制止，叹气说道：“别成（傅干小字），你可知我今天必须死在这里？正所谓‘圣达节，次守节’商纣这样残暴的君王，都有伯夷为他绝食而死，孔子都称赞伯夷为圣人。如今朝廷还没有商纣那样残暴，我的品德能超过伯夷？乱世不能培养出浩然正气的人，我拿着朝廷的俸禄又怎么能不替朝廷分忧呢？我既然已经到了这里，就一定要死在这里，你有聪明智慧，但我不能用你所说的言语。郡府的主簿杨曾就是我的程婴，可保护你的安全。”傅干听后哽咽不能说话，左右的人都流泪哭泣。王国派酒泉胡太守黄衍入汉阳劝降，傅燮手按宝剑怒斥黄衍：“身为朝廷命官，反为逆贼做说客，你可知是何罪？”说着便要仗剑行刺。黄衍退出后，傅燮带兵出战，死于乱军之中，其子傅干逃脱，建安年间为丞相参军，仓曹属，入魏，为扶风太守。
凉州刺史被刺，汉阳太守战死，董卓违诏自领凉州众将，乘机扩充实力，不与韩遂等人争输赢，消极备战以便保存实力，乘机而起。除西北之外，东北，西南，全国各地纷纷发生叛乱，太常刘焉奏请灵帝改刺史为州牧，扩大职权，以镇压农民军反抗，被灵帝采纳，州任之重由此开始。西凉义军王国，韩遂等人一路东进，围攻陈仓（今陕西宝鸡）。时董卓率军屯兵不进，灵帝急命皇甫崇为左将军，督领前将军董卓，各率两万士兵拒敌。董卓提议迅速奔赴陈仓，他说：“聪明的人不失时机，勇敢的人毫不迟疑，现在去救，陈仓城就可以保全；如果不救，城就会破灭，保全或破灭的形式就在此刻。”皇甫崇说：“百战百胜不如不战而屈人之兵。所以先要做出不可获胜的样子，用来等待可以战胜敌人的时机。不可胜在我，而可胜在敌人，敌人防不胜防，我郡军进攻则非常主动，想打哪里就打哪里，有余的好像动于九天之上，不足的好像陷入九地之下。现在的陈仓虽然城小，但守城的工事坚固完备，不是九地之陷坑；王国军队虽强，但进攻的是我所不救的，就不能成为九天之上的形势。没有九天之上的形势，又进攻工事完备的小城，防守不被攻破便陷入了九地之下的困境。王国现在已经陷入受害之地，陈仓可保不被攻破，一旦时机成熟，我便可全胜而归，我为什么要去救陈仓呢？”拒绝董卓迅速出兵解救陈仓的建议。
中平六年（189年），王国围攻陈仓从冬到春，已有八十多天，但由于城坚守固，最后也未能攻下，部众都疲劳不堪，只好解围撤退。皇甫崇趁机起兵追击。董卓劝皇甫崇说：“兵法上说，被击败的敌人不要追赶，撤回去的军队不要逼迫。现在我们追击王国，是逼迫撤回去的军队，追击打败的敌人。被围困的野兽还要挣扎，蜂虿有毒，何况这么多人呢？”皇甫崇说：“以前我不进攻是躲避他的锐气，现在进攻是因为已经等到敌人衰退的时候了，我们进攻的是疲敝的敌人，不是撤回去的军队。王国的部队准备逃走，没有斗志。用堂堂之阵，进击溃败之师，这不叫追击穷寇。”说完便率军出击，命董卓所部殿后备战，押运粮草。皇甫崇连战连捷，打破王国部众，斩杀一万多人，董卓惭愧不已，愈加忌重皇甫崇统军有方。
王国兵败，韩遂等人共废王国，胁迫前任信都县令，凉州名士阎忠担任首领，统领各部。阎忠愤恨病死。韩遂等人逐渐争权夺利，继而相互攻杀，势力渐渐变弱。
灵帝病重，担心董卓日后作乱，任命董卓为并州牧，让其交出西凉兵权，让西凉兵归皇甫崇统领。董卓不从，复上书言：“臣既无老谋，又无壮事，天恩误加，掌戎十年，士卒大小相狎弥久，恋臣蓄养之恩，为臣奋一旦之命。乞将之北州，效力边陲。”不肯奉命行事。且率军慢行，不去并州边地，驻扎河东以待朝变。皇甫崇的侄子皇甫郦对皇甫崇说：“董卓被诏委兵，而上书自请，此逆命也；又以京师昏乱，踌躇不进，此怀奸命也，可以仗国威以讨之。”皇甫崇兵将虽众，但与董卓西凉军旗鼓相当，无绝对胜算，韩遂等人又时时欲以东进，朝中局势难以捉摸。便对皇甫郦说：“董卓不听命虽然有罪，但我若专诛也是有责任的，不如正大光明地上奏，让朝廷处理此时。”于是将此事上奏。朝廷责备董卓，从此董卓怨恨于皇甫崇等人。
皇甫崇上奏之后，朝廷对董卓虽加责备，但不久灵帝驾崩，朝内忙于争权，无暇顾及，董卓仍驻河东，等待时机，皇甫崇领兵退守扶风郡。宫内经过一番争斗之后，何太皇后联合其兄大将军何进，车骑将军何苗，捕杀董太皇太后弟骠骑将军董重。董太皇太后恐惧，忧愁，暴病而亡，少帝刘辩即位为帝。何进联合下层豪强袁绍，袁术，曹操等人诛杀黄门常侍蹇硕。蹇硕被诛，董重自杀，董太皇太后爆卒，朝廷和党人欢悦。袁绍等人以窦武诛宦官反被宦官杀害之事，劝何进警惕五营士与中官谋害，勿出京送葬，以防内变，何进从之。但何进与窦武犯同样的错误，不是以兵权一举铲除宦官，只是想借太后之权诛杀宦官。遂将诛杀宦官之谋告诉太后，何太后与已故窦太后一样缺乏政治斗争经验，不忍下手，于是对何进说：“中官统领禁省，自古及今，汉家故事，不可废也。且先帝新弃天下，我奈何楚楚与士人共事乎？”何进与窦武一样，又不敢违背何太后旨意，亦提出先诛中官放纵不法者。何太后之母舞阳君与何进弟何苗，因多受宦官贿赂，数向太后为中官说好话，并让太后劝何进勿擅杀，以免内乱。何太后听信舞阳君等人言语，不依何进等谋。袁绍等向何进说：“宦官保存文书，传达诏命，出去宫中，与何太后及少帝甚密，不早除，恐为宦官所害。”何进听后良久不能回答，他虽外揽大权，而内惧何太后及众宦官，自然犹豫不决。七月（189年）何太后又封刘协为陈留王。袁绍等人大为着急，知道久托之后必被宦官所害，急劝何进召四方猛将及豪杰引兵向京师靠拢，逼迫何太后诛杀宦官，何进依计。主簿陈琳劝何进不可依此计策，说：“董卓暴虐，必危社稷。”何进不听，尚书卢植知董卓凶悍难制，必生后患，坚持制止何进召董卓入朝，何进依然不听。郑太（字公业）为何进辅政，尚书侍郎，亦劝何进说：“董卓强忍寡义，志欲无厌。若借之朝廷，授以大事，将恣凶欲，必危朝廷。明公以亲德之重，据阿衡之权，秉意独断，诛除有罪，诚不宜假卓以为资授也。且事留变生，殷鉴不远。”何进不能采纳，郑太知大难将至，弃官而去，并向颖川人（今河南许昌）荀攸说：“何公未易辅也。”
何进入说太后：召前将军董卓入驻，守洛阳西苑；诏发东郡强弓箭手西进，使东郡太守桥瑁率之驻守成皋（今荣阳）；调武猛都尉丁原驻守盟津；以点火为号，并诛宦官。何太后不允，弟何苗复劝何进，勿轻举妄动，与宦官和好为上策。何进疑弟与宦官通谋，以诛相威胁，使弟何苗从之。时董卓率领的凉州兵屯驻河东，丁原的并州兵屯驻河内，并，凉两支劲旅都以羌，胡，汉人所组，久居边关，征战无数，皆精甲快骑，战斗力很强。又因董卓，丁原皆为下层低级豪强（丁原出身贫寒卑微，读书不多，但年少时就有做官的才能，后为南县吏，当有贼盗来犯时，都身先士卒，冲击追寇，后任武猛都尉，并州刺史），因而受到何进重用。但何进急于诛除宦官，忽视了对军阀董卓的警惕，从而给汉庭带来了祸端。
何进此谋已泄太后及左右，拖日已久，泄密，急以大将军令拜从事中郎王允为河南尹，司隶校尉袁绍为洛阳方略武吏，司案查宦者。急召董卓带兵回京诛杀宦官。何太后惧，尽罢中常侍，小黄门归于里舍，只留何进亲信守宫。袁绍劝何进乘此机会诛杀宦官，何进犹豫不决，袁绍见形势紧急，下书各州郡，尽捕中官亲属案查。归第的宦官先惧，后思反攻。中常侍张让的从子之妻系何太后的妹妹，张让向儿媳叩头请求使其向其姐何太后及其兄何进求情，请求保其族人性命。何太后的妹妹认不清宦官之罪，遂与张让一起入宫为张让等求请。何太后之母舞阳君更是贪财好利，不断接受宦官贿赂的老朽，遂哭诉于女儿何太后，为张让等人求请。何太后只认母亲，妹妹之情，不知这是一场关乎自己太后，儿子皇帝，族人和国家安危的生死搏斗，遂诏使宦者恢复职务，各行其是。张让等复职之后，典禁宫兵积极活动，欲杀何进。此时何进探马来报：董卓残忍无礼，强军难制，一路急进，已经从大阳（今山西平陆南）过河南渑池，恐不能为其所用，反要受制于董卓等西凉劲旅。何进悔悟，急召谏议大夫种邵西入董卓营，宣诏令其退兵。董卓不听诏令，反而加紧急进，种邵依诏阻挡，险些被董卓杀了性命。
何进进退两难，一是宦者重新掌权，恐遭其毒手；二是董卓军强蛮横，恐受其挟制。在此情势之下，更加慌乱无神，没能及时动用武力诛杀宦官，而是寄希望于其妹何太后之身，急入长乐宫劝太后立诛宦官以解除董卓等人入京诛杀宦官的借口，令其返驻河东。张让派宦官偷听到后，诸宦官相谓曰：“大将军称疾，不入朝，不送葬，今欻入省，此意何为？窦氏之事竟复起邪？”偷听者告以何进与太后语，宦官张让率段珪，毕岚等数十人，持兵器从侧门入，埋伏于宫中。何进从永乐宫太后处出来，张让伪称太后复召进，入座省闼。何进与太后警惕性不够，不知谈话已被宦者窃听，毫无防备。张让突然历声斥责何进说：“天下大乱，怎能全归罪于中官？先帝与何皇后不和，几次欲废后，中官泣涕挽救，又出家产和好帝与皇后。不报恩，却欲杀，无道也。卿说内宫污秽，公卿以下又有谁清？”尚方监渠穆不待何进言，即斩何进于嘉德殿前。张让，段珪矫诏任故太尉樊陵为司隶校尉，任少府许相为河南尹，尚书疑诏书有假，要见何大将军，中黄门以何进首级示尚书。
何进的部曲将吴匡，张璋闻何进被杀，率军欲入宫，宫门已闭。司隶校尉袁绍与大将军何进府掾王匡率军破宫门而入，中黄门持兵守阁，相持至晚，虎贲中郎将袁术防火烧南宫九龙门及东西宫，迫张让等人出宫。张让等人出宫后向何太后说：“大将军反，烧宫，攻尚书阁。接着张让等劫持太后，皇帝及陈留王刘协，以及内宫官属，从复道入北宫。尚书卢植持戟于阁道床下，怒斥段珪等人，珪惧，放太后。袁绍与其叔父袁绍隗矫诏召樊陵，许相，将其斩首。袁绍知车骑将军何苗不与其兄何进一心，又疑苗与中官暗结，乃号令军中说：“杀大将军者实为何苗，吏士能为将军报仇？”吏士们素感何进恩，皆泣，誓为大将军报仇。吴匡和董旻（董卓弟）率军攻何苗，斩之，弃尸于苑中。袁绍关闭北宫门，勒兵捕宦者，无论老少尽杀之，或有无须而误死者，捕者至须出则免，死者两千余人。袁绍进兵除宫，或从上端门屋顶入，以攻禁内，张让，段珪劫少帝和陈留王，一行数十人急出谷门（洛阳城北墙中间之大门），奔往小平津（今河南河西巩义西北），公卿百官出平乐观，尚书卢植持戈追张让，救帝。王允急派河南中部掾闵贡随卢植救驾。植，贡追至河边，杀数人，释帝与陈留王，护卫天子左右。天子饥渴，闵贡宰羊进之，厉声责骂张让等人：“君以阉官隶，刀锯之残，越从洿泥，扶持日月，卖弄国恩，阶贱为贵，劫迫帝王，荡覆王室，假息漏刻，游魂河津。自亡新以来，奸臣贼子未有如君者。今不速死，吾射杀汝。”让等惶怖无措，叉手再拜，向天子辞别说：“臣等死，陛下自爱。”遂投河而死。至此，宦官已被铲除干净，卢植，闵贡护卫少帝，陈留王一行借萤火光亮夜行数里，遇农民牛车，才得以乘车而返。
董卓见洛阳火起，引兵急进，未明到城西，驻军城外。骑都尉鲍信知董卓性强难制，恐为祸乱，劝袁绍说：“董卓拥制强兵，将有异志，今不早图，必为所制。及其新至疲劳，袭之可擒也。”劝袁绍乘机击杀董卓。袁绍兵少，惧怕董卓，又不能诏令京师及附近郡兵击董卓，不敢出击。鲍信大为失望，天明之后便引兵还乡，以避祸他方。
少帝一行行至北邙山，百官公卿来迎，董卓军驻城西不能进宫，至天亮，闻帝行至北邙山，遂率军来迎。董卓与百官同行，共迎少帝于北邙山，百官惧董卓兵强，奉董卓于前。少帝见董卓突然带兵前来，又刚遭宫变惊吓，认为是来杀己，恐怖涕泣，不能言语。群臣忙进言少帝说：“带兵之人是受故大将军何进召，领兵进洛阳，护卫皇室，诛杀宦官的新任并州刺史，前将军董卓，皇上不必惊慌。”董卓带剑横入，至少帝前问：“群公诸臣，人为国家大臣，不能匡正王室，致使国家动荡，何却兵之有？”少帝惧怕，不敢言，董卓与陈留王言，王陈说祸乱之事，对答从容，卓心喜陈留王，认为陈留王贤于少帝。
董卓先前受何进召，带兵入朝之前就曾上书说：“中常侍张让等人窃幸承宠，浊乱海内。臣闻扬汤止沸，莫若釜底抽薪，溃痈虽疼，胜于内食。昔赵鞅兴晋阳之甲，以逐君侧之恶人，今臣辄鸣钟鼓如洛阳，请收张让，以清秽。”护送少帝回宫之后又上前质问少帝：“陛下令常侍，小黄门作乱乃尔，以取锅败，为负不小耶！”少帝与何太后经前一段宫变早已吓得魂不附体，不敢言语。特别是何太后亲眼见到其母舞阳君死于乱军之中，又知董卓残暴，更是不敢声张，有所举动，全凭董卓安排。董卓独揽朝政，自封为司空。由于董卓长期带兵，又曾担任过羽林郎，朝中将士，禁军有不少旧勋故将，何进，何苗已死，其弟董旻引何进部曲吴匡等人尽拜董卓门下，受其统领指挥。时袁绍为司隶校尉，武猛都尉，并州丁原率猛将吕布入洛阳诛杀宦官有功，任执金吾，董卓兵少，只有三千亲兵凉州步骑“飞熊军”，袁绍自视清高，看不起下层豪强董卓，丁原等人，只是表面顺从“忠君”的司空董卓。富于心计的董卓想要拉拢丁原，知丁原兵强，不会屈从于他，遂下功夫拉拢丁原的猛将吕布。吕布为五原九原人（今山西绛县北）人，五原郡属并州，董卓在担任并州刺史时就与之相识，又多次在并州作战，与吕布互引以为知己，吕布与董卓都膂力过人，又勇猛善射，自然惺惺相惜。董卓诱吕布杀丁原，因吕布勇猛，深受丁原信任，对其不加防备，不久便被吕布杀害。兵士见丁原被杀，吕布投靠董卓，也只能屈从董卓以保全性命。董卓自知兵少，怕众臣众将不能折服于他，每隔四五日便在夜里悄悄带兵出城，在附近设营，天明又大旗树立，战鼓阵阵，威风进城。城内兵将混杂，互不相识，众官员及百姓更是无从知晓真相，都惊慌不已，以为董卓西凉兵马源源不断，已陆续进入洛阳城，纷纷归附，不敢造次。不多日，西凉兵便由董卓的女婿牛辅，谋士贾翊以及其他将领带领，入驻洛阳。有西凉兵将协助，董卓实力大增，便想独揽朝政，而何太后幸免于难，势必继续临朝，这自然又会约束董卓的权力，是董卓所不能允许的。董卓的目的是逼迫何太后放弃临朝，但仅仅如此，并不能完全消除隐患。因为接替太后权利的少帝，是何太后所生，得以登基又赖何氏之力，何太后归政后，仍可通过少帝影响朝政，董卓依然达不到操纵皇权的目的。更严重的是，如果董卓杀掉太后，必然与少帝结仇，后果不堪设想，于是便有废黜少帝之意。而陈留王刘协，其母王美人已死，又是董太后所养，于是便风马牛不相及地认为立陈留王，必将亲近于他，又有拥立之功，足以掌握朝政。
董卓有废立之意之后，又想拉拢袁绍，先与袁绍谋，对袁绍说：“天下之主亦得贤明，每念灵帝，令人愤恨。董侯（刘协）似可，可当立之。”袁绍说：“今上富于春秋，未有不善宣于天下。若公违礼任情，废嫡立庶，恐众议未安。”卓看袁绍不从，按剑叱曰：“竖子敢然，天下之事，岂不在我？我欲为之，谁敢不从？”绍又跪对曰：“此国之大事，请出太傅议之。”董卓说：“刘氏种不足复遗。”袁绍大怒，对董卓说：“天下健者，岂惟董公？”横刀而出，悬印绶于上乐门，出奔冀州避难。其弟，后将军袁术亦出奔南阳避难。
董卓召集公卿百官，商议废少帝，立陈留王一事。董卓乃奋首而言曰：“大者天也，其次君臣，所以为政。皇帝暗弱，不可以奉宗庙，为天下主。今欲以伊尹，霍光定策，延年按剑，有敢沮大议，皆军法从之。”坐者震动，唯独尚书卢植不肯屈从迎意，大怒而斥：“昔太甲既立不明，昌邑罪过千数，故有废立之事。今上富于春秋，行无失德，非前事之也。”董卓怒，欲斩卢植，为蔡邕所阻，罢而退议。京兆尹盖勋公然致书董卓，予以斥责说：“昔伊尹，霍光权以立功，犹可寒心，足下小丑，何以终此？贺者在门，吊者在庐，可不慎哉！”皇甫崇亦上书反对说：“人未忘主，天不佑逆，若虚造不逆之功，以速朝夕之祸，孰以委忠本朝，守其臣节。虽云多谗，不过放废，犹有令名，死且不朽，反常之伦，所不敢闻。”董卓怕久拖生变，对己不利，于是加紧废立之事。九月甲戌复召群臣于崇德前殿，胁迫何太后策废亲子少帝，何太后亲眼见生母舞阳君死于乱军之中，董卓又凶残暴虐，如不听其言，恐怕丢了性命，自是不敢违意董卓。立诏群臣曰：“皇帝在丧，无人子之心，威仪不类人君，今废为弘农王。”董卓扶废掉的少帝刘辩下殿，北面称臣，陈留王刘协登基，称献帝，改昭宁为永汉，大赦天下，太后鲠涕，群臣含悲，都不敢言语。董卓又议：“何氏逼迫董太后，致使他忧愤而死，不符合媳妇侍奉婆婆的礼仪。”于是将何太后迁于永安宫中，为防生变，不久便派人用毒酒毒死何氏，然后让汉献帝刘协到奉常亭为何氏举哀守丧，公卿百官不按太后治丧的礼仪穿着白衣参加葬礼，将何氏与灵帝合葬，葬在文昭陵内。
董卓知凉州兵士皆无治世之才，只是配予各郡做校尉，都尉之职，并无重用，皆将校而已。极力拉拢士人，诸贤，自封太尉，封为郿侯，忍性矫情，擢用群士。乃任吏部尚书汉阳周珌，侍中汝南伍琼，尚书郑公业，长史何颙等人为官，以处士荀爽为司空。其染党锢者陈纪，韩融之徒皆魏列卿，幽滞之士，多所显拔。以尚书韩馥为冀州刺史，侍中刘岱为兖州刺史，陈留孔伷为豫州刺史，颖川张咨为南阳太守，借以笼络士人，争取士人拥护，借用士人声望争取民心。司空扬彪，司徒黄琬上书献帝魏党人首领，被杀的陈蕃，窦武等人诉冤，为诸党人声张正义，主张恢复窦武，陈蕃爵位。献帝将奏章转呈给董卓，董卓从其议，并任用陈，窦的后人入朝为官。蔡邕名高，卓数召，称疾不就，董卓大怒，詈曰：“我力能族人，蔡邕遂偃蹇者，不旋踵矣。”又切敕州郡峯邕诣府，邕不得已而就，被拜侍中，后迁左中郎将。荀爽为人有贤名，被征为侍中，爽欲遁命，吏持之急，不得去，因复拜平原相，行至宛陵，复追为光禄勋，视事三日，进拜司空。党人陈寔子陈纪，“亦以至德称，兄弟孝养，闺门雍和，后进之士皆推慕其风。及遭党锢，发奋著书数万言，号曰《陈子》。党锢解，四府并命，无所屈就。遭父忧，每哀至，辄呕血绝气，虽衰服已除，而积毁消瘠，殆将灭性。豫州刺史嘉其至行，表上尚书，图像百城，以厉风俗，董卓至洛阳，乃使就家拜五官中郎将，不得已，到京师，迁侍中。”都尉曹操反对董卓废少帝刘辨，诛杀太后，不愿合作，遂改易姓名，逃出洛阳。