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以前，降落在地球的陨石比电视版大了百倍，而且也没有降落在日本涩谷，而是在太平洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失，气候异常，人类生存受到威胁。
不过相同的是，陨石中夹带的大量的外星生物Worm侵略人类世界，带来破坏和恐慌。
人类组成ZECT这个特别武力组织，并且开发出假面骑士系统，对抗有超能力的Worm。
有些原本ZECT的成员不满ZECT的做法，脱离之后另成立Neo-ZECT，与追缉他们的ZECT对抗。
在一次ZECT和Neo-ZECT的对抗中，一个神秘男子天道总司出现在打斗现场，同样有变身成为假面骑士的能力，却不属于任何一个组织，让双方都感到惊讶和困惑。
然后，一个可怕的阴谋，在此时开始悄悄地进行。
ZECT计划用天空梯子方案将彗星吸引至地球，来获得大量的水重新建筑自然环境，然而，在这个计划的背后，却是ZECT高层与Worm的阴谋。
在彗星后面，有一个巨大的、满载Worm卵的陨石跟着向地球而来，这个陨石将会彻底毁灭地球和人类，Worm得以控制整个世界。
最后，这颗陨石被变身成HyperForm的天道用HyperClockUp带回到以前，和原来的那颗大陨石相撞，最终粉碎，历史被改变，碎石中有一颗较大的降落在涩谷。
1999年10月19日，巨大陨石突然向地球飞来，落下并直接击中日本涉谷，周围地区因此毁灭，伤亡惨重，称为“涉谷陨石事件”。
涉谷被掉下的宇宙陨石毁灭，从陨石中出现的宇宙生物Worm四处杀害人类，人类委托与Worm同源的生物Native开发了MaskedRider系统与之对抗。
可谁知，Native的目的远远不止这些……
即使7年后，涉谷仍未复兴，并持续封锁中。只是灾难并未就此结束，一切才刚开始。
与陨石掉下毁灭涉谷的宇宙生物异虫，基本形态为绿色的「幼虫」，统一的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模拟对方面貌、记忆、行为及声音，在人类社会杀害及进行侵略活动，ZECT军事武器也未能使异虫损伤太多。
如果从「幼虫」进化脱皮为成「成虫」，外貌就会不同，活动及破坏能力也大大提升，并可进行超越人类感知能力的加速运动性，此现象被称为「超速化」（补充甲斗是操控粒子控制时间流形成加速，也即是外面看起来速度很快但对他自己而已速度是不变的乃木的特殊CU的定义是比HCU更快，而HCU在穿越时空的时候可以达到超光速，所以乃木的速度要比超光速还快）。
陨石落下后，不明宇宙生物拟态成人类活动于城市中，不断杀害人类并繁殖，造成人们的恐慌。
为了消灭这些被称为Worm的生物，人类组成了一个秘密组织ZECT。
但由于异虫拥有难以肉眼辨认的高速移动能力“ClockUp”，ZECT一再战败。
最后的希望只剩下未及完成的武装系统MaskedRiderSystem（假面骑士系统）。
如果有能够装备这套系统，并运用自如的人出现，那么ZECT就能得到足够的力量和异虫对抗。
某天，ZECT的实习队员加贺美新，遇见了一个自称“行天之道，总司一切”（天の道を往き、総てを司れ!）的奇怪男子。此人名为天道总司。
异虫再度出没，ZECT队员们被逼入绝境。
目睹苦战的同伴，加贺美决心要成为骑士而战。
但是，从空中飞来的MaskedRiderSystem核心之一“KabutoZecter”，却飞到了忽然出现的天道手中。
把从童年时就得到的腰带与KabutoZector联组在一起，天道在一瞬间被独角仙外型的装甲服包住身体，轻而易举的打倒异虫，假面骑士Kabuto就此诞生。
对于他如此桀傲不驯的态度，加贺美感到惊愕而困惑。
但是，对于不过是一介平民，而且非组织成员的天道，ZECT判定他没有资格成为Kabuto的装备者，并委托接连诞生的新骑士们，抹杀假面骑士Kabuto适能者天道总司。
天道总司能否凭自己一个人的力量守护一切？
逐渐明朗化的世界真相又是如何？