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虎太郎收到了一封名为「假面骑士」的邮件，一开之下才发现有人知道了关於假面骑士的事，并有散布负面的消息。
在大家分头找寻之下，找到了一个自称为KING的少年，这位少年是否就是类别KING的不死生物？
同时，完全被类别ACE控制的睦月，又会做出怎样的举动？
而在骑士与52个不死者之外，似乎又有了第三势力的出现…
在打倒了无法封印的不死生物後，朔也在追查关於JOKER的真象时，却意外的发现了小栞之父广濑义人尚在人世。
而这时广濑义人不但说出了剑崎会因JOEKER而受害，更说出了另一组BOARD秘码。
到底BOARD还藏则怎样的未公开秘密在?
失去所有牌的始，因为无法压抑自己JOKER的本能而陷入了痛苦的挣扎中。
为了要解救受苦的始，一真决心替始向King抢回所有的牌。
但无意战斗的King，一边以它惊人的战斗能力戏弄著一真，一边说出了一真心中的迷惑。
抢回了牌，封印了King，虽然能救回始，但却也让JOKER更接近获胜的终点。
一真到底该怎麼办才好?
为了不让身边的人被牵连，一真毅然的离开了虎太郎的家。
虽然这样消极的让虎太郎等人不会受到考验者的伤害，但也让一真顿时失去依靠而不知如何自处。
另一方面，形同失控的睦月则找上了始，企图想趁始在与本性挣扎时封印他，但没想到始不但利用Jack变身，还说出了过去他绝不可能说出的话…
以KINGFORM战胜考验者D之後，一真莫名的昏睡了过去，等一醒来时，眼前出现了一个可爱的女孩羽美。
羽美是在看到一真表示自己是假面骑士，并在一真战完昏倒後带他回来的，但她也趁机拿走了一真所有的牌。
任性的羽美以牌作威胁，要一真当一天她专属的英雄，一真能够捱得过这一天吗？
看到了变回JOKER，而且变得连天音都分不出来的阿始，一真决心要帮阿始再度恢复他的人性。
而在看过乌丸所长寄来的邮件後，一真认为只要为阿始凑齐了13张红心牌，那他或许就有机会进行不同形态的进化，这样就可能会压抑住JOKER的本能了。
於是，一真不顾一切的冲了出去…
用了一真牺牲自己所换来红心类别King，始完成了新的进化狂野圣杯，并成功的压抑住自己JOKER的本性，重新取回自己相川始的人性。
但就在一真协助广濑义人後，广濑先生却找了睦月来，怂恿睦月封印变成JOKER的一真。
广濑先生的目的到底是什麼?一真真的会被封印吗?
在始的帮助下，一真从JOKER的意识中清醒了过来，但相对於一真与始等人的欣喜，睦月却大受打击。
为了让自己变强，为了不要只有其他人变强，睦月决心去找他认定可以让自己变强的人广濑义人!但不知从何找起他的，便将矛头转向了栞。
但这时，一真和朔却还没让栞知道自己父亲其实还活著的事…
纵使百般不愿，栞还是知道了真相，但同时也发现，一真与朔也以为的广濑义人其实是考验者B。
虽然在一真、朔也与睦月的连手下击退了考验者B，但考验者B抓睦月的真正目的是什麼?
到底为什麼考验者B会变身为广濑义人?
而真正的广濑义人是不是真的还在人世呢?
在睡梦中，城光—老虎不死生物梦见了1万年前大战时的景像。
但1万年後，同样是极限之战，但多了骑士，多了人类…
现在还没被封印的不死生物只剩5张，但却也让大家开始注意到，这场极限之战其实并不单纯，而这其实中秘密到底是……
好不容易睦月从类别Ace的咒缚中解放了，但是因为泰坦的攻击，似乎让一真与朔也都中了不死生物之毒。
在始与睦月受到一真的袭击後，三位骑士变开始寻找著一真，但就在这时，朔也似乎也毒发了。
始与睦月为了要唤醒曾经一再为自己付出一真与朔也，决心要打醒他们两人，但一真与朔也的反应似乎却…
在泰坦的计谋下，始与睦月开始猜忌一真与朔也失去了心智，也让他们开始对另外两人做一对一的监视。
但泰坦却趁机继续的挑拨离间，化身成始攻击一真，也化身成睦月去袭击朔也。
不过，就在它再度化作一真去攻击始的时候，让始发现的破绽，於是始将计就计的设下了一个陷阱…
就在大家都已经觉得战争就要结束的时候，天王路的阴谋也正式开始浮上台面了。
由人工所创造的全新不死生物，凯尔贝洛斯(三头巨犬)，到底是为何而被造出的?
又能帮天王路实现怎样的理想呢?
剩下的两只不死生物，真的会战到只剩下一个吗?
这对曾变身为JOKER的一真，又会带来什麼影响呢?
在打倒了凯尔贝洛斯(三头巨犬)後，天王路终於现身了，但众人万万没有想到，凯尔贝洛斯被创造出的真正目的并不单只是为了封印不死生物。
类别King的金居，原本想抢走第五张Ace凯尔贝洛斯，藉以封印JOKER，但没想到天王路造出这张Ace的目的竟然是…
打倒了天王路之後，不死生物就只剩最後两个了，在游戏就将结束的现在，阿始对前来找自己的金居帠别King提出了休战的意见。
但金居却因已有了足以封印对手的手段，而执意要与阿始一战。
一万年後的这场极限之战，到是会创造出一个锹形虫之星?
还是人类能继续现在的世界?
或著是……游戏重新洗牌…
52只不死生物都被封印了，JOKER成了最後的胜利者。
但朔也牺牲自己才得到的这个结果…
除了换来阿使的失踪外，还让世上出现了打都打不完的黑色怪物黑蟑…
世界真的要毁灭了吗?
天王路和其他不死生物所说的难道都是真的吗?
这个世界到底真的就有没有希望了吗…
终於，假面骑士就只剩下一真了…一真死命地战斗，甚至一直使用King形态在和四处袭击生命体的黑蟑螂战斗。
一真这样子的举动到底代表什麼?
是真的打算要封印JOKER始?
还是想拖到始能够抗拒主宰者的意志?
又或著是……与那个秘码有关?
最後的高潮!最後的抉择!人到底要如何才能战胜命运……
剑崎一真选择将相川始封印而没有变成Joker。
在所有Undead都被封印后，极限之战得以停滞，人类终于恢复了原本安宁，但没有多久，因造物主觉得这场战争必须有一个赢家，另一个Joker——AlbinoJoker出现了。
这个家伙野心更大，企图获得由四张类别K产生的虚无卡加上人类的生命才能打开的被封印的远古的力量。
为此乌丸、三轮夏美和祸木慎先后被杀害，最后AlbinoJoker使用封印了天音的虚无卡成为了邪神。
不过剑崎他们在始的帮助与牺牲下救出了天音并打败了邪神。