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可惜的是，外星人并没有给联合研究院足够的时间去研究能够对付他们的武器。
2141年7月11日，另外18艘飞船抵达北极之后，外星人开始行动了。
那些外星人的目标似乎仅仅只是占领，然后杀戮、破坏，他们所过之处都变成了废墟，变成了人间地狱。
经过两年的研究，联合研究院研究出的武器对于外星人的杀伤力有了长足的进步，已经能够迅速地杀死一些外星人，对于其他外星人的杀伤力也不弱。
为了更有效的对付这些外星人，联合国将这些外星人命名为异形变种，并依据危险程度及武器对其的杀伤力对这些外星人进行了划分。
C级异性变种的危险程度最低，新武器对其的杀伤力最高，也就是类似于美国最开始打死的那两个外星人的同类。在之后与异形变种战斗的过程中，联合国发现这种类型的异形变种仅仅是异形变种里的斥候而已。
B级异性变种的危险程度稍高，新武器对其的杀伤力有所不足，需要至少一个连的火力才能在最短的时间内将其杀死。B级异性变种相当于异形变种里的士兵，而且至少有三种不同的种类。
A级异性变种的危险程度已经很高了，新武器对其的杀伤力很低，需要至少一个团的火力才能在最短的时间内将其杀死。A级异性变种相当于异性变种里的将军，目前已经发现的只有一种，数量也比较少。
不过联合研究院这两年最有价值的研究是研究出了能够让人类进行星际航行的飞船，虽然能够飞行的不远，而且落地技术还有待提升，但是在这个战局不利的情况下，这种新技术至少让人看到了希望。
2142年3月18日，短短8个月的时间，因为外星人数量的增加，人类就迫放弃了百分之六十以上的土地，集中所有技术与资源打造了中国、美国、俄罗斯、欧洲、非洲五大基地，所有人都被迫撤离到五大基地中。
就五大基地打造的地方，各国还发生了不少的争执，尤其是以日本为首的一些科技和经济都比较发达的小国，都希望能把基地建立在自己的国家。
为此，日本还意图贿赂美国人，让美国人为他们撑腰。同时联络其他小国，对他们许以重诺，希望能够得到它们的支持。
不过在综合考虑之下，美国人并没有支持小日本，其他国家自然也不会支持它。小日本气得哇哇大叫，大骂美国人八嘎。
小日本也想过耍无赖，说什么联合国不同意，日本就不参与基地的建设。结果美国佬这次倒是非常果断，你不参与是吧，那所有日本人就被排除在外，哪个基地都不允许有日本人的进驻。
这下轮到小日本着急了，要是真被排除在外，那日本就基本上就可以等着被灭了。
日本所处的地方狭小，资源少，在那里建立基地也就等于自掘坟墓，这一点其实日本很清楚。但是在其他地方建立基地情况也好不到哪儿去，一旦基地被攻破，顶多比在日本建立基地被攻破时逃跑方便点而已。
若是能够在日本建立基地，基地里所有人都要为基地的建设出力不说，更主要的是日本人觉得那时自己的话语权会更大一点，而且日本人活下来的也会更多一点。
对于小日本的想法，大家都心知肚明，美国人更是严厉训斥日本人没有远见，日本人却只能默默地忍受着。
因为之前日本耍无赖的行为已经犯了众怒，中国基地负责人直接借故谴责日本并拒绝接纳日本人，俄罗斯基地负责人也对日本的无赖行为也表示强烈谴责。欧洲非洲两基地负责人虽然没说什么，但是非洲日本是不会去的，欧洲国家与日本的关系也不太好，美国基地就成了日本唯一的选择。
后来因为距离太远，日本人转移的时候三番五次地被异形变种的飞船袭击，因此死伤了数万日本人。对此，中国人是喜闻乐见，其他国家也是表示日本人活该，因为按照预定的安排，日本人是被安排到中国基地的。
如果日本人是转移到中国基地，估计不会有什么死伤。只可惜日本人自己作孽，意图与中国争夺基地建造权，让本来就与日本不好的中国找打了拒绝日本进驻的理由。
为什么说是与中国争夺基地建造权呢？因为俄罗斯足够强大，日本是不敢与它争指标的，最重要的是俄罗斯因为靠近北极，是最早开始建立对外防御的，而且异性变种的目标已经转向了富饶之地。
在这种情况下，在俄罗斯建立基地是最有好的。而中国独自建立基地的能力还是有所欠缺的，要是周围两个国家都建立了基地，那中国基地肯定是要被取消的。
虽然日本的想法不可能实现，但是有这种想法的贼子，中国基地是不可能对他们开放的。
2180年7月12日，经过近40年的拉锯战，最终达到了一个平衡。貌似是因为没有新的异性变种光顾地球，而且异形变种对现有的领地很满意，再加上异形变种之间的矛盾，让他们减缓了对人类基地的进攻。
不过人类的状况还是很不妙。
五大基地所有的人加起来也不过6亿人，土地面积不足一千平方公里，人口和土地面积不足异形变种入侵之前的十分之一。再加上异性变种对卫星以及其他通讯方式的破坏，五大基地被完全孤立。
在基地被孤立前，联合国对异形变种的等级从新进行了划分。
F级异性变种对应之前的C级异性变种，种类只有一种，异性变种中的侦察兵。
E级异性变种对应之前的B级异性变种，种类还是之前的三种，异性变种中的普通士兵。
D级异性变种对应之前的A级异性变种，种类比之前多了一种，有两种，异性变种中的小头目。
C级异性变种是后来降临地球的，种类有四种，异性变种中的大头目。
B级异性变种是后来降临地球的，种类有两种，异性变种中的统领。
A级异性变种是后来降临地球的，种类只有五种，异性变种中的将军。
S级异性变种是后来降临地球的，种类只有一种，异性变种中的大将军。
SS级异性变种是后来降临地球的，种类有两种，异性变种中的领主。
SSS级异性变种是后来降临地球的，种类只有一种，异性变种中的君王。
联合研究院研究出的武器虽然更强大了，但是面对后来的这些新型异形变种，最多只能对付S级的，而且还得动用一个整编军的火力。
可是以目前的资源及生产速度，每个基地能够装备一个整编军就不错了，而且还得作为主要的防御力量。
唯一值得庆幸的是，这些新来的异性变种在三个SSS级异形变种的统领下，瓜分完人类已经让出的土地之后，对人类的进攻力度有所降低。
2205年1月24日，人类变强的速度引起了三大君王的注意，但此时联合实验室研究出脉冲武器，对SSS级异形变种亦有极强的杀伤力。只可惜需要的材料过多，而且太过笨重，每个基地仅能配备一个，作为最强力的防御武器。
2207年3月18日，第一套能够让人类与异形变种单挑的机甲诞生。虽然只能与最低级的异形变种战斗，但是这也是人类科技的一大进步，也让那些悲观的人的心里重新燃起了希望。
值得说一下的事情就是，曾有很多人要求基地加快飞船的研究，但是各大基地长很有默契地拒绝了这件事情。原因无他，地球还没有到无可救药的地步，但是若因为飞船的事情让人心散了，那就彻底没希望了。
2287年9月11日，第九套机甲问世，人类终于有了与SSS级异形变种战斗的能力。但是制造第九套机甲材料太过稀少，各大基地能够制造的数量有限。美国基地制作了两套，中国、俄罗斯、欧洲基地各一套，非洲基地压根就凑不出那么多材料。
从第一套机甲到第九套共历时80年，差不多每十年就有一套新的机甲问世，机甲的每一次升级就意味着人类能够与更高一级的异形变种单挑。
为了区分这九套机甲，设计者将颜色分别涂装成白色、红色、橙色、黄色、绿色、青色、蓝色、紫色、黑色九种颜色，每套机甲也直接用他们的颜色分别命名为白级、红级、橙级、黄级、绿级、青级、蓝级、紫级、黑级机甲。
因为每一套机甲的制造都不容易，因此操控机甲的人都是从基地所有成员中精挑细选出来的，被称为机甲师。。
机甲师的考核制度从第一套机甲面世的时候就制定了，到第六套机甲面世的时候，各大基地的考核制度已经很完善了，并且也设立了专门的训练场所以及模拟器。
至此，人类的黑暗时期完全过去，反攻随时都会开始！