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“好了，这是最后的比赛了！来自神奥地方双叶镇的唐龙选手是否能打败冠军渡获得冠军的荣誉呢！”
在2047年，地球发生了令全人类永远都放不掉的灾难！原本是异世界的神奇宝贝世界竟然和地球融合，地球六大板块重新融合变成了神奇宝贝世界的各个地区，而就在融合的时候很多无辜的人们而丧生，活下来的人们也慢慢熟悉了这个新的世界，新世界不仅有幸存者还有神奇宝贝愿世界的人们，而我们的故事则是在百年之后。
而在百年之后的关都地方的一个运动场里，正在发生一场激烈的对战。这是一场争夺冠军荣誉的一场对战！
“烈咬陆鲨，龙波动！”
“快龙，龙波动！”
场上的两位青年正在进行最后的对战，激战一触即发。
“烈咬陆鲨，超级冲击！”
“快龙，超级冲击！”
经过激烈的对战，场上的两只神奇宝贝都有一些气喘吁吁，同时裹上了紫灰色的能量护罩，一个从天上俯冲下来，一个从地面上直冲而上，两只神奇宝贝的巨大力量使得整个运动场剧烈摇晃起来，两只神奇宝贝同时哀嚎了一声从天空坠落下来倒地不起。
“站起来，烈咬陆鲨/快龙！”
两个青年同时鼓舞着两只神奇宝贝，而最令人意外的是，观众席上的少年，不断的喊着烈咬陆鲨的名字。
“烈咬陆鲨，快站起来啊…….”
“煞~”
“哇呜~”
两只神奇宝贝听到自己的训练家的呼唤，再站了起来，但是都站得很勉强。
“烈咬陆鲨，干的好！”
观众席上的少年手舞足蹈起来，但是烈咬陆鲨这时却突然倒了下去，双眼变成了旋涡状。
“烈咬陆鲨失去战斗能力，快龙获胜。所以胜利者是成功卫冕冠军的渡！！！！！”
“不…….”
这时在神奥地方的双叶镇，一个少年突然从床上醒了过来，明显刚才的景象是他所做的一个梦。
“原来是梦啊！”
少年擦了擦头上的冷汗，往窗外一看，外面早已大亮。
“糟糕！还要去找山梨博士领取初始神奇宝贝呢！”
想到这里，少年穿着睡衣就跑出门去。就在这时在关都地方的真新镇同样有一个少年和他有一样的遭遇。
“等我啊，妙蛙种子，杰尼龟，小火龙。我马上就到大木博士那里了！”
随着少年的声音，同样穿着睡衣前往所谓的大木博士那里领取神奇宝贝。
“山梨博士，我的神奇宝贝呢！”
在神奥地方，少年飞了九牛二虎之力终于到达了山梨博士研究所，他忽然觉得自己从来没有跑那么快，这个神奇宝贝可是自己要打败渡，为了给哥哥一雪前耻的伙伴啊。
“哦，是唐逸啊！不好意思啊，由于你的迟到，就剩这个小火焰猴了！”
随着山梨博士的声音，唐逸也看见了自己的伙伴，正在山梨博士面前的桌子上正在睡觉的神似一只小猴的神奇宝贝，也就是山梨博士口中的“小火焰猴！”
“博士，我的神奇宝贝图鉴和宝贝球，我打算马上就出发！”
“不愧是唐逸！基本功很扎实！来，这是图鉴和宝贝球。”
山梨博士从桌上拿起一个红色图鉴和5个宝贝球递给了唐逸。
“这个是小火焰猴的宝贝球！”
山梨博士再次拿出一个宝贝球递给了唐逸。
“小火焰猴，回来吧！”
“对了，唐逸！第一站准备去哪里？听说你要去关都？”
山梨看见唐逸收好宝贝球后突然的说道。
“嗯，我要去关都地方！我要去打败冠军渡成为冠军！”
唐逸坚定的说道。
“那…..好好加油！”
“那我告辞了博士！”
“小火龙，我决定了！小智的第一只神奇宝贝就是你了！”
在关都地方的大木研究所里，和唐逸有同样遭遇的少年“小智”也开始了挑选自己的神奇宝贝，当打开宝贝球后小智顿时目瞪口呆，手中的宝贝球打开后竟然什么也没有。
“咳咳，这只也已经被没有迟到的人领走了！”
大木博士咳几声说道。
“那我的神奇宝贝呢？三只都让被人领走了，大木博士！”
“其实我还有一只的，但是这只是有点毛病的！”
“我就要这只！”
在小智话落后，大木博士在放置宝贝球的机器上按了一下，一个上面有闪电记号的宝贝球升了上来，当小智打开后，一只全身皮毛为黄色的神奇宝贝便出现在小智面前。
“真可爱！”
小智抱起皮卡丘说道。
“真的？”
大木博士突然在旁边说道。
“皮~卡~”
“啊~”
小智突然痛苦的叫了起来。
“所以我说这只神奇宝贝是毛病的，他叫做皮卡丘，可以放出强大的电流来进行攻击！”
这时大木博士突然又提醒道。
“为什么不早说啊！啊…..”
小智再次痛叫起来…….
“老妈，我出发了！”
“嗯，要好好加油！这个是前往关都地方船票”
在唐逸家的门口，在家经营神奇宝贝培育屋的唐逸的父母还有唐逸的哥哥唐龙正在和唐逸做最后的告别，在家人的极度不舍下，唐逸还是踏上了前往关都地方的路途。
“这个是塑胶手套，晒衣服的绳子……….”
而小智的妈妈也再给自己的儿子做最后的嘱咐！
“我知道了妈！”
小智一把躲过了妈妈手中的东西，拿出了一个宝贝球！
“回来吧，皮卡丘！”
“皮~卡”
“啊……”
谁知皮卡丘这时突然再次放出电流，打中所有给小智送行的人们包括大木博士！
“小智，我觉得你妈妈给你准备了塑胶手套很有用！”
“为什么，博士？”
“因为塑胶手套不通电啊！啊麻了，麻了！”
“明天应给就可以到达关都地方了，小火焰猴要加油哦！”
“雷给~”
唐逸带着小火焰猴站在甲板上看着关都地方的方向对着自己做了一个加油的手势。
“皮卡丘，快进去！进去之后就安全了，烈雀交给我来对付！”
天空下着小雨，灰蒙蒙的景色诉说这一人一兽的不幸！小智看着体力不支倒地的皮卡丘，再次拿出一个宝贝球放在皮卡丘的身边，转身看着周围虎视眈眈的烈雀。
“来吧，烈雀！”
小智朝着天空徘徊的烈雀群怒吼了一声，烈雀受到挑衅立即俯冲下来。
“皮~卡~”
皮卡丘看了看宝贝球，又看了看挡在自己面前的小智，奋力的站立起来，看着俯冲下来的烈雀群，迅速爬到了小智的肩膀上，借助小智的肩膀跳了起来，用自己最后的力量使出了十万伏特。
“皮….卡….丘?”
“皮~”
在天空重新发起亮光后，一人一兽互相的看着彼此，在这一刻他们的心终于连在了一起！！！