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还是像往常一样，阿翔三人坐着乘龙在大海说说笑笑，继续他们的旅行，直到最后的沉默，各干各的，不一会，一座小岛就出现在了他们的眼前。
那座岛就是奈普鲁岛，在奈普鲁岛上存在着橘子联盟的第二个道馆——奈普鲁道馆。
奈普鲁岛是一座像钉子一样的大山，山非常高，山顶直接插入天空的云朵，在奈普鲁岛的高山上，有一部分是雪山。
天空渐渐的暗了下来，这说明着黑夜即将到来，乘龙加速前进，小岛也逐渐变得高大起来，紧接着就到达了山上。
收起乘龙后，阿翔三人快速地跑到了神奇宝贝中心，将神奇宝贝交给乔伊小姐帮忙恢复，然后在神奇宝贝中心办理了3个房间，在拿回神奇宝贝球后，阿翔三人的第一目标就是先吃饭，吃完饭后就回到了各自的房间去了。
阿翔回到房间后就反锁死了门，紧接地就说道：”系统，进入系统世界。“说完，阿翔就消失在了原地，进入到了系统世界。
在系统世界里，一共有两座大岛，阿翔出现在了一片空地上，这片空地就是一个出现点，进入系统世界都会出现在这个空地上，这个空地的面积还算挺大，有真新镇面积地十分之一大了，阿翔打算未来在这一片空地上建造建筑屋。
第一座大岛：在这片空地外分为了五大部分：草原、海洋、森林、岩石沙漠地带和冰火山这四大部分大多数神奇宝贝居住的地方，剩下的小部分区域就是极少部分神奇宝贝居住地方平均瓜分。
忽然，天空中传来了几声不一样地鸟鸣声，阿翔抬头一看，发现闪电鸟、比雕、大嘴雀三只鸟神奇宝贝正在进行着速度竞赛，路途发现了阿翔，打了声招呼。
紧接着阿翔就先朝着森林哪里走去，不一会拉达、大食花、霸王花和巴大蝴就围了过来，紧接着火爆猴、派拉斯特、美丽花和阿伯怪也到达阿翔身边，之后胖可丁和皮克西到来，这就是第一批。
随后就是第二批，幸福蛋，波克基斯、猫老大、耿鬼、大葱鸭、素利伯，末入蛾、大针蜂、双弹瓦斯、臭臭泥还有妙蛙花，同时阿翔还看到了巨大妙蛙花、远古胡地还有远古耿鬼（因为太大，进入系统世界后就被缩小为正常神奇宝贝的两倍大小，出去后恢复正常）
之后阿翔就前往了海洋，巨大毒刺水母、巨大水箭龟、巨大暴鲤龙、金鱼王、哥达鸭、白海狮、快泳蛙、暴鲤龙和水箭龟。
随后是岩石沙漠地带的隆隆岩、红色怪力、镰刀盔、多刺菊石兽、化石翼龙、三地鼠、穿山王和巨大大钢蛇。
草原的长毛狗、嘟嘟利、尼多后，火山的九尾、喷火龙、快龙（子、母）、巨大快龙和巨大喷火龙。
随后就是发电场的电击魔兽、顽皮蛋、雷丘。
这一个大岛的面积一共是关东地区的两倍。
第二座大岛的面积跟第一大岛一样，不过第二座大岛为训练场地，里面的构造也和第一座岛一模一样，只不过那个空地上已经满是战斗场，是提供给神奇宝贝切磋的地方，其余的地方都是训练场地。
系统会每天抽出两小时的时间来让每只小精灵训练变强，以次来避免跌下自已已有的最高战斗力。。
同时，因为在系统世界里充满了生命元素，所以在这里的恢复能力是外面世界的十倍，极其不易生病，这样也给神奇宝贝在切磋时可以发挥全部的实力。
全部看完后，阿翔也有了一些想法，之后就退出了系统世界，回到房间里了。