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宇宙，庞大而未知，或许其中包含许许多多的东西，但并没有任何的生命。
直到不知道什么时候，在一片混沌之中，出现了一只像羊驼一样的生物，此时的宇宙就像一个蛋一样，什么都没有，直到它的出现，在不知道多久以后，它生出了三个蛋，分别是骑拉帝纳，帝牙卢卡，帕路奇犽。后来的人们叫它阿尔宙斯，也就是创世神。随后，出现了许许多多的生物，又出现了人类，人们叫它们神奇宝贝。但当时的人们无法捕获它们，直到精灵球的出现。精灵球的出现，改变了时代发展的进程。随着时间的发展，神奇宝贝的数量也越来越多，也被称为口袋妖怪。因此，这个世界也被称为口袋妖怪世界。在这个世界，有一种特殊的人，可称为神兽守护者，可以让神兽为之战斗，但这种人是极其罕见的。而神兽的数量也不多，被发现的也只有数十只，而且到现在为止，没有任何人(除了神兽守护者)能够收服神兽。而那些拥有普通精灵的人，也被称为训练家。而随着
训练家数量的增加，人们对于精灵的需求也越来越多，因此各个不同的地区都有了不同的专属精灵，但每个地区的初始精灵是不同的，如关东地区的是小火龙，杰尼龟，妙娃种子，城都地区的是火球鼠，小锯锷，菊草叶。。。。。。而神奥地区的则是小火猴，圆企鹅，树苗龟。同样地，每一个地区都有着不同的神兽传说，而传说中，三只创世神所创造出的神兽都到了不同的地方，传说中，骑拉帝纳最终消失了，到了一个不会被发现的地方。一个不属于神奇宝贝世界的地方。而另外的两只，到了一个叫作枪之柱的地方。最终，三只神兽的消息只剩下了一幅壁画。而阿尔宙斯最终消失不见。据说，只有三神兽全部出现，创世神才会出现，而我们的故事，也由此开始。(以下是一些特殊的设置)特殊存在，超级进化，是超越了目前为止
精灵可进化的界限，属于更上一层的进化，进行了超进化的精灵，会暂时释放隐藏的力量。发挥无法通过一般进化所拥有的能力，超进化以后的口袋妖怪，种族值之和会增加，属性，特性都可能会随之改变。超进化条件:精灵等级达到75级，拥有超级石和进化钥石，训练家和精灵有着较好的友谊，目前己知可以超进化精灵:喷火龙(x/y)，水箭龟，妙娃花，胡地，耿鬼，袋龙，大甲，暴鲤龙，化石翼龙，超梦，电龙，巨钳螳螂，虫王，黑鲁加，班吉拉，火焰鸡，巨沼怪，蜥蜴王，沙奈朵，大嘴娃，波士可多拉，雷电兽，灾兽，拉帝亚斯，拉帝欧斯，烈咬陆鲨，路卡利欧，暴雪王，呆河马，大钢蛇，七夕青鸟，血翼飞龙，巨金怪，大针蜂，比雕，烈空坐，卷耳兔，艾路雷朵，古拉顿，海皇牙。对于部分特殊名称的解释:零花钱，口袋妖怪世界的一种货币，主要功能有:购买精灵球，药品，精灵可携带的道具，技能机，强化物品，以及精灵蛋等，职业口袋妖怪世界的一种专有名称，主要分类有:训练家，其中包括普通训练家和道馆馆主，四大天王，冠军等，商人等，不同的职业作用有所不同，但都可以获得一定的零花钱。本文中可能提到的地区包括关东地区，城都地区，丰缘地区，橘子群岛，神奥地区。在不同的地区，有不同的训练家和精灵，也有着不同的四大天王和冠军，所有冠军之间也会经常地进行对战和竞赛，目前最强的冠军是神奥地区的冠军竹兰，在每个不同的地区，冠军都是最强的存在，四大天王是第二强的存在，道馆馆主是第三强的存在，但有一个意外，每一个神兽守护者的战斗力都相当于一个四大天王，而同样，每一个冠军都拥有一只传说中的口袋妖怪。当然，同样地，在每一个不同的地区，都有着不同的反派组织:其中包括关东地区的火箭队，其领导头目为坂木，其他成员包括火箭队三人组，武藏，小次郎，喵喵，组织当中常用的口袋妖怪有阿柏怪，双弹瓦斯，喵喵，大舌头。。。。。火箭队主要分布在关东地区，海洋队和熔岩队，主要分布在丰缘地区，主要以使用水系和火系精灵为主，银河团，主头目是赤木。虽然每一个组织的分布地区和目的都是不一样的，但是在剧情发展的最后，将会组合成一个全新的组织一彩虹火箭队。除了这么以外，还有口袋妖怪猎人这种分散性的反派的存在。同样地，因为反派组织的存在，所以同样也有警察的存在。到目前为止，已经发现了的传说中的口袋妖怪:火焰鸟，急冻鸟，闪电鸟，超梦，梦幻，快龙，凤王，洛奇亚，雷公，炎帝，水君，雪拉比，班吉拉，岩神柱，冰神柱，钢神柱，拉帝欧斯，拉帝亚斯，海皇牙，古拉顿，烈空坐，基拉祈，代欧奇希斯，巨金怪，血翼飞龙，黄圣菇，红圣菇，席多蓝恩，雷吉奇卡斯，克雷色利亚，帝牙卢卡，帕路奇犽，骑拉帝纳，霏欧纳，玛纳霏，达克莱伊，洁咪，阿尔宙斯。(以下是接下来几章外传的标题和内容:第一章:冠军之战与劲敌篇，第二章:拉帝欧斯与拉帝亚斯与凤王篇，第三章:特别副本篇与路卡利欧与亚玄篇，第4章:反派篇与洛奇亚母子篇，第5章:神兽守护者与远古时代篇。。。。。。。关东地区，一个非常美丽的地方，有着非常丰富的资源和资源。当然了，每一个地方都一样，有着相同的人存在，在关东地区，博士的名字叫作大木，而冠军的名字叫作渡，一个非常善于利用龙系精灵的训练家，也可以称他为神兽守护者，在他的手上，有两只很强大的口袋妖怪:快龙。当然了，在这个地方，还有一个非常有名的训练家，他的名字，叫作小智。