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这天，长孙无忌和他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军三水人侯君集一起找李世民，商谈应对之策。
长孙无忌说道：
“秦王殿下，现在我们与太子和齐王的仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂止是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。”
“我们不如采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。”
李世民有些犹豫不决，毕竟是血肉亲情，不到万不得已，他也不想骨肉相残。
长孙无忌见李世民还在念及亲情，不肯作决断，不由急道：
“存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！秦王，你可不能有丁点犹豫啊！”
高士廉也劝道：
“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心的危机发生了，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”
李世民也知道现在危机四伏，太子和齐王的人蠢蠢欲动，随时会扑过来咬自己一口，当断不断反受其乱，于是答应了长孙无忌等人的计划。
武德九年六月四日，也就是公元626年7月2日，李世民向李渊告发了李建成和李元吉的阴谋，李渊决定次日询问二人。
李建成获知阴谋败露，与李元吉一合计，决定先入皇宫，逼李渊表态。
两人带着随从从东边走进玄武门，李元吉先发现了不对劲的地方。
他停下马对李建成说道：
“太子殿下，今天守卫玄武门的这几个守卫怎么这么面生啊？”
李建成一看，果然今天这几个守卫自己一个都不认得，自己的亲信玄武门执行禁卫总领常何也不见踪影，心中很是疑惑。
这是门官出来传话：
“太子殿下，齐王殿下，请您二位下马，屏退左右，随我去面见陛下。”
李建成听了暗道不好，调转马头就想往回跑，可是背后的门早被关上。
这时李世民出现在城头，对着李建成和李元吉说道：
“太子殿下，齐王殿下，你们二人还是放下武器，随我去面见父王，坦诚你们的阴谋。”
李建成有些心慌，偷偷给身后的齐王李元吉使了个眼色，然后对李世民说道：
“秦王这是在做什么，你这是想要造反吗？”
李世民身边的长孙无忌大喝道：
“太子休要血口喷人，秦王殿下只是想要你去皇上面前坦诚你的罪行。”
李建成大怒道：
“你是什么东西，敢这样和我说话！”
李世民转头想让长孙无忌不要再说话，让自己好好跟他们谈谈。
“突！”
一支箭呼啸着飞向李世民的脸。
“殿下小心！”
一道人影扑到李世民面前，硬生生地用身体替李世民挡住了这一箭。
这一箭十分霸道，带着余劲将挡箭之人直接钉在柱子上。
李世民不由惊呼道：
“灵猴儿！”
这道人影竟然是刚满17岁的长孙大圣。
刚才他见这一箭势大力威，已经来不及推开李世民，只能用身体挡住这一箭。
长孙大圣挨了这一箭生死未卜，这让李世民大怒不已。
李世民大喝一声：
“好你个李元吉！”
搭上箭就往李元吉射去。
原来李元吉在得到李建成的暗示后，偷偷搭上了一支箭，想要找个机会射杀李世民，趁乱逃跑。
在李世民转头的一瞬间，李元吉拉弓就是一箭，谁也没有反应过来。
幸好长孙大圣多年待在山野之中，对危机感十分灵敏，才救下李世民一命。
李世民这一箭饱含愤怒之情，没想到竟然把李元吉身前的李建成一箭射死。
一代太子，就这样死在亲兄弟的箭下。
李元吉见太子已死，自知自己再不想办法逃跑也是这个下场。
他明白回头的大门已经被堵上，是一定跑不掉的，只能往前硬冲。于是拍马就往玄武门冲去，他知道只有见到李渊才有一线生机。
门官想要拦住他，被李元吉用手中的弓劈倒在一边。
李元吉驱马来到玄武门下，刚想为自己的当机立断庆幸着，一只长矛横劈在马腿，李元吉被甩了下来。
李元吉翻了几个滚才定住身形，定神一看，正是当初自己发誓要亲手杀掉的尉迟敬德。
但他看了看尉迟敬德手中的长矛，再看看自己手中没有箭的弓，自知此刻不是他的对手，扔掉弓就往里面跑，口中大叫道：
“父亲，救我，父亲，救我……”
尉迟敬德冷冷地看着李元吉的背影，拿下背在身上的弓，对着李元吉就是一箭。
长箭带着风声，深深地穿进李元吉的身体，李元吉一头跌倒在地。
尉迟敬德是战场上的老手，他在一箭杀了李元吉之后，从容取下李元吉的人头。
不久，东宫和齐王府的卫兵赶到玄武门，开始攻打玄武门。
尉迟敬德将李建成和李元吉的人头高高举起，大喊：
“李建成与李元吉图谋造反，已经被诛，尔等想要步他们的后尘嘛！”
东宫和齐王府的卫兵见太子殿下和齐王已死，知道大势已去，溃散而走。
唐高祖见李建成和李元吉已死，不好追究什么，布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，又让黄门侍郎裴矩前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们很多弃职而散。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都在混乱中被残忍杀害，还在宗室的名册上删除他们的名字。
唐高祖为避免过多杀戮，颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。
僧人、尼姑和男女道士都当依照原先颁布的诏令处理。
六月初七癸亥日，也就是公元626年7月5日，高祖立秦王世民为皇太子，又颁布诏书：
“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”
这里再说个题外话，传说李世民恐惧兄弟的鬼魂前来索命，于是派尉迟恭与秦琼担任门前守卫，但后来因两人年老，无法长期担任，只好转绘制两人的画像挂在门口，成为后世门神的由来。