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对付荷兰人和西班牙人之所以顺利，是因为当时西班牙总督是个糊涂虫。当大明的兵船，大炮一轰，在睡梦中的西班牙士兵就纷纷逃窜。以至于喝得烂醉，还在睡梦中的西班牙总督居然只剩下自己的卫兵。
逃跑的西班牙士兵，被凶猛的高山族蛮人枭首。荷兰人则是另一种下场，因为他的粮食都依靠淡水的当地居民供应。当大明招讨使何无敌自厦门、金门起兵，率3万名将士及五百艘战舰，从金门料罗湾出发，经澎湖向台湾进军。
5月30日明军在鹿耳门（今属台南）登陆，在民众积极支援下与荷军展开多次激战。拥有火炮枪弹的明军武器精良，打得荷兰人抱头鼠窜，不得不窝在城内。
最终将荷兰东印度公司台湾长官和残敌围困在热兰遮城内。何无敌在“谕降书”中严正指出：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也，……今余既来索，则地当归我”。城外，大明军的弗朗机炮和野战炮发出怒吼，城外断绝饮食。荷兰守军外无援军，内无粮食。
围城1个星期后，荷兰的台湾长官不得不签字投降。至此中国人民收回了被荷兰殖民者侵占的宝岛台湾。
几百名垂头丧气的荷兰人和西班牙人本想在台湾大捞一笔，没想到明军很快回击。彻底收复了台湾。
嘉靖收复台湾后改赤嵌楼为承天府，设一府二县，另设一司为澎湖安抚司，总称台湾为东都，后郑经改称东宁。为纪念故土改称热兰遮城为安平镇。同时实行屯田政策，令三万大军娶当地移民以及高山族妇女为军眷随军赴各地大力垦荒，在南部和西部形成一大批村镇。
一年后，何无敌出任台湾府首任总督，并将台湾升格为省。在此设立东征日本基地，以此为征服日本的大本营。何无敌治理台湾时期，奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，开办学堂，改进原住民的农业生产方式，推动经济、文化迅速发展。
同时，将台湾作为藩王宗室和大陆贫民的移民输出低，这大大降低了大明本土的财政压力。
这时，参加征服驱逐荷兰和西班牙战争的一名军官陈第写了一部《台湾开拓史》。
陈第本为古北口游击将军，后解甲归田，回到福建连江（今马祖岛）。1523年，何无敌大起兵。陈第参加了这次战斗，他对台湾番人的事很感兴趣，他根据居住台湾将近一年的经验作成文章。全文一千四百余字，记述台湾西部沿岸的原住民生活习俗与地理风光，为最早描绘台湾平埔族生活的著作。
这是最详细记载台湾原住民风俗的一篇调查报告。现存最早的台湾游记。明末陈第撰。陈第字季立，号一斋，福建连江县人。
明朝人以“东番诸山”统称台湾西侧之地，以为今日的台湾西部是一串岛群。因此，东番可以是鸡笼山、北港，也可以泛指西南部沿海一带；陈第笔下的“东番”，即是后者。
此后十余年间，何乔远撰《闽书》、张燮撰《东西洋考》，在述及东番时，均引用之。依陈第所述，东番的地理空间北起魍港（今嘉义县布袋镇一带），中历大员（今台南安平）、打狗屿（今高雄），南达沙巴里、大帮坑，为台湾西南部沿海的原住民部落；东番部落内的政治组织不甚发达，每社人口多者一千人，“无酋长，子女多者众雄之”，且无部落联盟的现象，虽有社斗，但次日即和解；部落内的公廨为未婚男子的居所，同时兼作公共事务的会议所。
在衣饰方面，“冬夏不衣，妇女结草裙，微蔽下体而已。”喜收藏华人衣布之物，但少用于穿著，“不冠不履，裸以出入”；在农业方面，种植旱稻、采苦草杂入米粮以酿酒，同时亦发展出农耕时不言、不杀生的禁忌。在作物方面有蔗无麦。在狩猎方面，平时禁止私自捕鹿，仅于冬季围猎，“获若丘陵”；家畜有猪，家禽有鸡，但拔其尾饰旗而不食，射到的雉也只拔其尾。见汉人吃鸡吃雉，“辄呕”。
在对外关系上，由于东番人“居岛中，不能舟；酷畏海，捕鱼则于溪涧，故老死不与他夷相往来”，因此其交易对象多为自海上来者，而无东番人航海去者；明朝叶向高撰〈改建浯屿水寨碑〉提到东番距离中国虽近，却“绝不通，亦不为寇暴”。可知受限于航海工具及航海意愿，东番人仍无搭乘竹筏往来澎湖或漳泉沿海之事。
陈第的文章，篇幅不长，全文只有1400多字，但内容十分翔实，具有很高的游记价值和学术价值。具体体现在这样几个方面：
台湾地理疆域，在陈第以前，长期得不到明确，一直被误作琉球群岛的一部分。陈第通过实地考察，第一次把台湾记录为与现代正确地理位置相一致的岛屿。“东番夷人…居澎湖外洋海岛中，起魍港、加老湾，历大员、尧港、打狗屿、小淡水、双溪口、咖喱林、沙巴里、大帮坑，皆其居也。”书中所记的十个地名，当是东番人居住的村落名称，即社名，主要分布在今台湾台南县、台南市、高雄县、高雄市一带，皆历历可考。可见，陈第的文章是中国记载台湾最确实的地理文献，中国民间最初知道“台湾大员”这个名称，也自陈第《东番记》始。
台湾土著早在三国时期就已开始进入原始氏族社会，《临海水土志》和《隋书》等对此都有记载，但失之简略。比较而言，陈第的记载，就详尽明确的多。陈第记东番人的社会组织和政治生活说：“种类甚繁，别为社，社或千人，或五六百人，无首长，子女众多者雄之，听其号令。”这里，陈第不仅首次以“社”为基本单位记录台湾土著的部落组织，而且还具体指出了社的大小和人物，以及氏族首领的推举和产生方式等，反映了台湾土著由野蛮时代的中级阶段向高级阶段过渡的时代特点，体现着社会的历史进步。
陈第记载了许多经济生活的资料。如狩猎方面，“山最宜鹿，鹿鹿俟俟，千百为群”。“人精用镖，镖竹柄，铁镞，长五尺有咫，铦甚，出入携自随，试鹿鹿毙，试虎虎毙。……镖发命中，获若丘陵，社社无不饱鹿者。取其余肉，离而腊之，鹿舌、鹿鞭、鹿筋亦腊，鹿皮角委积充栋。”农业方面，农作物主要有“大小豆，又有薏仁，食之已瘴疠；无麦，蔬有葱…无他菜”。园艺方面，主要有椰子、毛柿、佛手、甘蔗，家禽有猫、狗、猪、鸡。说明当时东番人的经济生活已有很大变化。
陈第提供了许多民俗方面的资料。如婚俗，陈第云：“女已长，父母使居别室”，未婚男青年“视女子可室者，遣人遗玛瑙，女子不受则已，受，夜造其家。”等到女子生育后，转入正式婚。男子丧妻，可以再娶，女子丧夫，却不再嫁。说明当时台湾土著的婚姻正处在由对偶婚向一夫一妻制的过渡时期。礼俗、耕俗等方面，据《东番记》记载，他们没有茶几桌子等摆设，平日席地而坐，没有揖让拜跪等礼仪，也没有历日文字，以月圆为一月，十月为一年。耕作的时候，不准言杀，即使“华人侮之，不怒。”
台湾与大陆仅一水之隔，交往十分频繁。明代初期，三宝太监郑和下西洋，“东番独远窜，不听约，于是家贻一铜铃，使颈之…
至今犹传为宝。”明初郑和下西洋，史传记载不乏其人，但从台湾土著角度记载郑和与台湾的关系，陈第还是第一位。陈第还记载了台湾与大陆贸易交往的一些情况。“始通中国，今则日盛，漳、泉之惠民，充龙、烈屿诸澳，往往译其语，与贸易，以玛瑙、磁器、布、盐、铜、簪环之类，易其鹿脯皮角，间遗之故衣，喜藏之，或见华人一着，旋复脱去，得布亦藏之，不冠不履。”这些史实，既生动，又有趣，是台湾与大陆密切关系的历史见证。
其原文如下：
东番夷人（指台湾的平埔族人）不知所自始，居彭湖外洋海岛中。起魍港（嘉义布袋）、加老湾（鹿耳门附近），历大员（台南附近）、尧港（高雄茄定）、打狗屿（高雄旗津）、小淡水（屏东东港）、双溪口（嘉义溪口）、加哩林（台南佳里）、沙巴里（金包里或淡水）、大帮坑（台北八里），皆其居也，断续凡千馀里。种类甚蕃，别为社，社或千人，或五六百。无酋长，子女多者众雄之，听其号令。性好勇喜斗，无事昼夜习走。足蹋（ㄊㄚˋ；脚著地）皮厚数分，履荆刺如平地，速不後犇马（奔马，犇，「奔」的古体字），能终日不息，纵之，度可数百里。邻社有隙（纷争）则兴兵，期而後战（相约定打斗日期）。疾力相杀伤，次日即解怨，往来如初，不相讎（仇视）。所斩首，剔肉存骨，悬之门，其门悬骷髅多者，称壮士。
地暖，冬夏不衣。妇女结草裙，微蔽下体而已。无揖让拜跪礼。无历日、文字，计月圆为一月，十月为一年，久则忘之，故率不纪岁，艾耆老髦（ㄇㄠˊ；毛发中较长者；指老年人），问之，弗知也。交易，结绳以识（志；作记号），无水田，治畲（ㄕㄜ；用火燎原而後种植的耕作方式）种禾，山花开则耕，禾熟，拔其穗，粒米比中华稍长，且甘香。采苦草，杂米酿，间有佳者，豪饮能一斗。时燕会（宴会），则置大罍（ㄌㄟˊ；古代一种盛酒或水的容器），团坐，各酌以竹筒，不设肴。乐起跳舞，口亦乌乌若歌曲。男子剪发，留数寸，披垂；女子则否。男子穿耳，女子断齿，以为饰也（女子年十五、六，断去唇两旁二齿）。地多竹，大数拱，长十丈。伐竹搆屋，茨以茅（用茅草铺盖屋顶），广长数雉（雉，计算城壁面积的单位，一雉：高一丈，长三丈）。族又共屋，一区稍大，曰公廨（同族的人住在一起，而保留一区较大的空间，称为「公廨」）。少壮未娶者，曹居（群居）之。议事必於公廨，调发易也。
娶则视女子可室者，遣人遗玛瑙珠双，女子不受则已；受，夜造其家，不呼门，弹口琴挑之。口琴，薄铁所制，齧而鼓之，铮铮有声。女闻，纳宿，未明径去，不见女父母。自是宵来晨去必以星，累岁月不改。迨产子女，妇始往婿家迎婿，如亲迎，婿始见女父母。遂家其家，养女父母终身，其本父母不得子也。故生女喜倍男，为女可继嗣，男不足著代故也。妻丧复娶，夫丧不复嫁，号为鬼残，终莫之醮（ㄐ|ㄠˋ；已婚妇女再嫁）。家有死者，击鼓哭，置尸于地，环福（原字为部首为「火」；火烤之意）以烈火，乾，露置屋内，不棺。屋坏重建，坎屋基下（坎，墓穴；将地基下挖墓穴），立而埋之，不封，屋又覆其上，屋不建，尸（屍）不埋。然竹楹茅茨，多可十馀稔（十多年。稔，稻麦等作物成熟，一年收成一次，所以一稔为一年。）。故终归之土，不祭。
当其耕时，不言不杀（不杀生），男妇杂作山野，默默如也。道路以目，少者背立，长者过，不问答，即华人侮之，不怒。禾熟复初，谓不如是，则天不祐、神不福，将凶歉，不获有年也。女子健作；女常劳，男常逸。盗贼之禁严，有则戮於社。故夜门不闭；禾积场，无敢窃。器有床，无几案，席地坐。榖有大小豆、有胡麻、又有薏仁，食之已瘴疠；无麦。蔬有葱、有姜、有番薯、有蹲鸱（ㄔ；芋头），无他菜。果有椰、有毛柿、有佛手柑、有甘蔗。畜有猫、有狗、有豖、有鸡，无马、驴、牛、羊、鹅、鸭。兽有虎、有熊、有豹、有鹿。鸟有雉、有鸭、有鸠、有雀。山最宜鹿，儦儦俟俟（儦，音ㄅㄧㄠ；野兽成群行走貌。），千百为群。
人精用镖。镖，竹棅铁镞（竹制的柄，铁制的箭头。棅，同「柄」。），长五尺有咫，銛甚（非常锐利。銛，ㄒㄧㄢ）。出入携自随，试鹿鹿毙，试虎虎毙。居常禁不许私捕鹿。冬，鹿群出，则约百十人即之，穷追既及，合围衷之，镖发命中，获若丘陵，社社无不饱鹿者。取其馀肉，离而腊之（将肉切下晒乾）；鹿舌、鹿鞭（鹿阳也）、鹿筋亦腊；鹿皮、角委积（积聚）充栋（形容极多）。鹿子善扰驯（驯养）之，与人相狎习（相互亲近）。笃嗜鹿，剖其肠中新咽（|ㄝˋ；填塞）草将粪未粪者，名百草膏，旨食之，不餍（百吃不厌），华人见，辄呕。食豕（ㄕˇ；猪）不食鸡，畜鸡任自生长，惟拔其尾饰旗；射雉，亦只拔其尾。见华人食鸡雉，辄呕。夫孰知正味乎？又恶（岂）在口有同嗜也？
居岛中，不能舟；酷畏海，捕鱼则于溪涧，故老死不与他夷相往来。永乐（明成祖年号）初，郑内监（郑和，1371-1433，曾七次下西洋）航海谕诸夷，东番独远窜，不听约，於是家贻（|ˊ；赠送，遗留）一铜铃，使颈之，盖狗之也。至今犹传为宝。始皆聚居滨海，嘉靖初年，遭荷兰、西班牙人焚掠，乃（乃）避居山。
西人鸟铳长技（长枪），东番独恃镖，故弗格（无法打胜敌人）。居山後，始通中国，今则日盛。漳、泉之惠民、充龙、烈屿诸澳，往往译其语，与贸易；以玛瑙、磁器、布、盐、铜簪环之类，易其鹿脯、皮角。间遗之故衣（旧衣服），喜藏之，或见华人，一著（穿衣服），旋复脱去。得布亦藏之。不冠不履，裸以出入，自以为易简云。
野史氏（作者自称）曰：异哉东番！（东番真是个奇异的地方）从烈屿诸澳（港湾），乘北风航海，一昼夜至彭湖，又一昼夜至加老湾，近矣。乃有不日不月（没有岁月纪年），不官不长，裸体结绳之民，不亦异乎？且其在海而不渔，杂居而不嬲（ㄋ|ㄠˇ，戏弄，相扰；指男女杂居而不会**），男女易位（指重女轻男），居瘗共处（瘗，|ˋ，掩埋；指住家与坟墓在一起）。穷年捕鹿，鹿亦不竭。合其诸岛，庶几中国一县。相生相养，至今历日书契（历法与文字），无而不阙，抑何异也！南倭北虏，皆有文字，类鸟迹古篆，意其初有达人制之耶？而此独无，何也？然饱食嬉游，于于衎衎（ㄎㄢˋㄎㄢˋ；自得其乐的样子），又恶用（何需用）达人为？其无怀、葛天（中国古代传说中的帝王）之民乎？自通中国，颇有悦好，奸人又以滥恶之物欺之，彼亦渐悟，恐淳朴（纯朴）日散矣。
嘉靖初年，西人复据其岛，夷及商、渔交病（当地原住民及商旅渔民都受其害）。何无敌将军往勦，余适有观海之兴，与俱。倭破，收泊大员，夷目大弥勒辈率数十人叩谒，献鹿餽酒，喜为除害也。予亲睹其人与事，归语温陵陈志斋先生，谓不可无记，故掇其大略。
陈第（1541－1617），字季立，号一斋。福建连江人，著有《东番记》、《毛诗古音考》等。为明代名将、旅行家和古音韵学家。曾随抗倭名将俞大猷学兵法。明万历初仕于古北口。由戚继光擢为藓镇游击。后弃官南归。历游海内，遍及五岳。明万历三十年十二月初八日（1603年1月19日），陈第随沈有容将军赴台剿倭。陈第在台湾大员登陆后，亲历台南至高雄一带高山族聚居的村社，实地考察了高山族生产生活情况，写下了《东番记》。
陈第在历史上第一次明确记录了他当时所调查的高山族分布地区。“东番夷人，不知所自始，居澎湖外洋海岛中，起魍港、加老湾、历大员、尧港、打狗屿、小淡水、双溪口、咖哩林、沙巴里、大帮坑，皆其居也。继续几千余里，种类甚蕃。”这些地名，多为高山族聚居村社的名称，为研究东番人的族属、社会发展和民族迁徙提供了线索。杜臻在《粤闽巡视纪略》卷六附记《澎湖台湾纪略》中评论说：“自有第记而后，厘考属国者始知有所谓东番。”陈第成书的年代，正处于大规模开发台湾的前夕。后来，大明对台湾进行开拓和经营，台湾西南部的高山族逐步由原始社会向现代社会过渡。因此，陈第对17世纪初高山族仍处于原始社会发展阶段的描述，就显得弥足珍贵。
陈第笔下的高山族“种类甚蕃。别为社，社或千人，或五六百，……子女多者众雄之，听其号令”，“族又共屋，一区稍大，曰公廨；少壮未娶者，曹居之。议事必于公廨，调发易也”，“无揖让拜跪礼”，过着原始社会部落生活，表明高山族的氏族部落组织已粗具规模，体现了高山族原始社会的民主制。他们从事粗放农业和渔猎生产。“无水田，治畲种禾，山花开则耕，禾熟拔其穗”，“捕鱼则于溪涧”，农作物有大豆、胡麻，薏仁、葱、姜，番薯、蹲鸱（芋头），以及椰、毛柿、佛手、柑等。畜有猪、狗，豕、鸡，无马、驴、牛、羊、鹅、鸭，说明当时高山族已有原始的园艺和园林业，无马、驴、牛、羊等牲畜，就谈不上用畜力种地，说明畜牧业不发达。高山族的狩猎十分发达，他们集体围猎，“居常禁，不许私捕鹿，冬，鹿群出，则约百十人即穷追之，既及，合围衷之”。狩猎工具已普遍使用铁镞制作的标枪。“人精用镖，镖竹秉，铁镞，长五尺有咫，铦甚。”但农业生产工具尚未普遍使用铁器。狩猎所用的铁器，主要与汉人交换。能酿酒，“采苦草，杂米酿”，“交易结绳以识”，“无历日文字，计月圆为一月，十月为一年，久则忘之，故率不纪岁”。这是母系氏族外婚制，由男子入赘女家，“娶则视女可室者，遣人遗玛瑙珠双，女子不受则已，受，夜造其家，不呼门，弹口琴挑之……女闻，纳宿，未明径去，不见女父母。自是宵来晨必去以星，累岁月不改，迨产子女，妇始往婿家迎婿如亲迎，婿始见女父母，遂家其家，得子也。故生女喜倍男，为多可继嗣，男不足著代故也”。
陈第还记载了台湾高山族人民和祖国大陆人民之间的密切交往和贸易关系，是反映我国各民族友好关系的历史见证。明三保太监郑和七下西洋，对台湾高山族产生了一定的影响。在《东番记》中亦有反映。“永乐初，郑内监航海谕诸夷，东番独远窜，不听约，于是家贻一铜铃使颈之，至今犹传为宝。”这与清代文献记载郑和所率船队曾在台湾“赤嵌汲水”，凤山县名产“三宝姜”就是郑和带去的种子繁殖起来等传说相互印证。“居山后，始通中国，今日则盛，漳泉之惠民，充龙、烈屿（今金门）诸澳，往往译其语，与贸易……”台湾高山族与祖国大陆汉族人民之间的贸易往来已久，史籍早有记载，然陈第作“今日则盛”，说明台湾海峡两岸人民之间的交往贸易，在17世纪初已盛况空前，高山族与汉人民熟悉到了能互通语言的程度，足见双方交往之频繁和关系之密切。
以后，高山族人和汉族军民和睦共处，慢慢接受了大明的文明开化。当然，大明军队的铁蹄是不会停顿的，他们开向了小琉球。