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宣和二年十月初九，明教教主方腊，率众在歙县七贤村高呼：
“独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得，诸君以为何如。”
青溪的教众，豪杰闻风响应，人数到达万人，其军尊称方腊为“圣公”，改元“永乐”。
朝野震动，徽宗命童贯领十万军队镇压。童贯以葵花宝典绝学肆虐，起义军及明教教众被其阴狠招法大煞，遇童贯军旗溃散。
起义失败后，教主方腊被擒，其余百万残军多被围剿。
靖康之变，朝廷南迁，对明教的追剿稍有放松，明教苟延残喘之际迎来一丝发展机遇。
第八任教主钟相，为缓解朝廷的打压，有意释放善意，率部众北上抗击金兵。然而朝廷的理念一向是，攘外必先安内，出兵对付金兵的同时，败退的官兵不忘对明教一路抢掠，削弱其实力。
钟相忍无可忍，与朝廷决裂，率众起义。很快占有十九个县，队伍发展到几十万人。建立政权，国号大楚，称楚王。
朝廷惊恐不安，视之为心腹大患，遂遣军往讨。将抗击金兵的岳飞主力撤回，一心对付钟相。岳飞多以招降政策规劝，不忍同胞相残，义军逐被击破，以明教为首的又一次起义被镇压。
之后又历经多年，明教教主王宗石在信州起事，余五婆教主，绍兴年间有在衢州起事，张三枪教主，理宗绍定年间有在江西、广东一带起事。
无一例外，明教的诸多起义反抗都被镇压。心死的教众如一叶飘零，再无青云之志。
坊间对明教不断起义造反之事褒贬不一，有人为此作诗一首：
大江东去浪淘沙，明月西耀番夷邦。
王公亲贵朱门酒，朝纲不振莫须有。
显豪气多屠狗辈，汉江山无真黄巢。
人杰地灵原无灵，骨血支离仍还在。
明教的教义是惩恶扬善、度化世人，因此如果皇帝昏庸、官员腐败、民不聊生，明教必定会起义造反，与一般的江湖门派渴望称霸，且与朝廷井水不犯河水的态度不同，明教想要建立一个人人都吃得饱、穿得暖的大同社会。
因此明教屡屡遭受到朝廷的镇压，而为了躲避官府的围剿，明教中人行事就难免隐秘，故而被江湖中人视为“魔教”。
受到压迫的人往往呈现两种极端，一种便是心如死灰，有所收敛，韬光养晦，一种则是越挫越勇，保持激昂，不甘为奴。
教众呈现分化趋势，有两种不同的声音出现。
一部分依托道教、佛教、原教旨进一步发展。他们认为以目前明教的实力不足以再起干戈，应保存实力，发展壮大。这部分人西迁昆仑山，建光明顶，尊波斯为总教，以圣火令为教中圣物。拥石遗令为三十一代教主，是为西明教。
另一支则依赖中原武林，由马腾云担任三十一代教主，是为东明教。他带领东明教在沿海一带建立屋宇，设道场，吸纳善男信女，武林义士，东教逐渐在福州一带立稳脚跟。
明教虽然分家，一处西域昆仑山，一处福州霞浦，毕竟同宗同源，两派教众千丝万缕岂能断绝。
石遗令在西域处境并不乐观，吐蕃国师八思巴听闻明教有圣火令与乾坤大挪移两项绝世神功，命其敬献。他率众远赴西域时，认为终于躲过南宋的追剿，逃出虎穴，没曾想，吐蕃境内也不太平，犹如狼窝。
石遗令将圣火令与乾坤大挪移存于木盒，命光明右使吴开洪乔装丐帮弟子，并书信一封送往霞浦马腾云处。望其将两项神功练成，重镇明教基业。
吐蕃国师八思巴对其施压，石遗令称圣火令被中原第一大帮，丐帮夺去，乾坤大挪移下落不知。八思巴大怒，派兵搜查光明顶不得，后多番打探，命人前往中原探寻。
西光明右使吴开洪从西域出发，由五行旗弟子护送，日夜不歇，途中累趴十五匹驿马，最终将木盒送到。
马腾云至此得到两项绝学，他根据圣火令所悟剑法，称其灵猫剑，为掩人耳目，将乾坤大挪移改名镜像乾坤。
马腾云天资悟性都属中流，他根据六枚刻有武功的圣火令独创一套灵猫剑，其威力不可小觑。
乾坤大挪移更是镇教之宝，功法分七层境界，悟性高者修习第一层需七年，第二层加倍，如此愈发困难，秘笈作者本人只练至第六层，习至第七层者实是古往今来难以企及的震古烁今第一人。
因乾坤大挪移修炼困难，马腾云花费十五载寒暑，终于是将此功法修炼至第二层与第三层之间，已属难得。
马腾云依仗这两项绝技横扫福州一带，难逢敌手，东明教迎来一波势头强劲的扩张。
八思巴潜伏中原多年，为找寻圣火令与乾坤大挪移在中土传教，只为寻此两件宝物。得知霞浦明教教主马腾云神功盖世，有灵猫剑与镜像乾坤傍身，已知其中奥秘。带人多番进教中骚扰，却被马腾云以此两种武功挫败。
此后马腾云更是结交了扶桑幕府将军道崇，两人一见如故，马腾云更是有助其一臂之力，为其登上扶桑最高权力核心功不可没。后道崇斥巨资，以扶桑国力为马腾云站台，使其发展壮大明教。在此期间，道崇差亲信跟随马腾云，为其著书立传，将他对明教的贡献详细记录。
至此，慕名来入明教者已不计其数，明教逐渐成为了中原不可撼动的一支大派。江湖上门派林立，纵有六大正统：古墓派、全真派、丐帮、大理段氏、桃花岛、少林，亦有诸多大宗小门指不胜屈，只福州一地，就有六十四派别，一百二十八家数。而明教无论入教者是何门派或无门无派，尽数吸纳。
福州宁德，丁大全前一任主簿陆游曾形容明教：
“妖幻之人”，名目繁多，“淮南谓之二襘子，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。
马腾云被德至方丈一掌击溃，重伤昏迷后被道崇抬回，道崇与渡远合两人之力，以易筋经为其疗伤，总算为其续了一口残命。但他经脉尽断，恐怕以后不能再使用武功。
马腾云养伤之际已知如此，逐下令召回东明教光明左使张谋来接替教主一职。
马腾云在位时对明教可以说殚精竭虑，教众更加对其爱戴，他虽然辞去教主，但教众还是大多听命于他。