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在某國的住家中，一名少年將自己反鎖在房間裏，在房間中有各式各樣有關fate的周邊商品，從桌上數不清的fate海報以及手辦就可知道，少年是個宅男長的清秀頭髮因太久沒剪，反而長到脖子處。
四肢長年不出門而的變的雪白，身體瘦的像女孩子穿着寬鬆的衣物，身高165cm算長不高的悲催少年，經濟算還好四年前父母去中國蜜月旅行，再回國時搭乘的客機因爲渦輪引擎爆炸而墜海。
當時的罹難人數高達345全機500人只有155人存活，少年的父母便是那345的一員。
在讀書的少年因接到這個不幸消息，痛哭了許久。
在處理完父母的後事後，少年向學校申請休學，校方顧慮到少年失去父母，又沒有遠方親戚成爲孤兒！
便同意了，哪怕少年繼承父母龐大遺產......
還是先讓少年先靜一靜吧，過幾天少年時間一天天過去整整四年，在那期間少年都是窩在家裏打遊戲、看小說、或者彈吉他，整整收入都是幫人代打遊戲或者接cospiay外拍，來支撐生活！
在有一天他意外在賣場拍攝地點撿到一個綠色寶石，寶石呈現雙菱形看似水晶大小約一隻手就能握住，而少年沒有猶豫他將寶石收到口袋，等拍攝完再拿去寶石專賣店換錢，殊不知在他將寶石收入口袋後，寶石發出奇異的光芒，少年回到拍攝現場，現場的工作人員見到少年說「那個！cos衛宮的現在要拍動作視頻，快點就位！」
我應了一聲，腦中開始回憶衛宮士郎的能力、性格以及語氣，但少年不知到的是在他想像時那顆綠色寶石，已經融入他的體內。
過了一天！少年外拍結束去到洗手間換衣物時，發現放在cos服的寶石不見了！
少年快速將衣物換完就揹着小行李，原路尋找……
少年身穿印有艦隊收藏的Tshirt和一條牛仔褲，結果找了一圈卻什麼都沒找到，少年心想運氣怎麼這麼背，失望的走在大街上！
因爲在想寶石的事情結果，少年走入已經紅燈有一小會的馬路，結果不用想也知道，少年被即使的大貨車撞飛當場就殞命，在被撞飛後的少年腦海閃過好疼！好疼！疼到沒辦法呼吸，欸？爲什麼我眼皮這麼重？
少年萬般思緒因閉上了雙眼而中斷，在無邊無際的黑暗少年不知道已經過了多久了，也不知道要怎麼離開這無邊無際的黑暗，正在少年思索時原本漂浮的身軀忽然失重嚇到他醒了過來！
當他醒過來時自己在一個房間，房間雖然有一點亂但也算乾淨，牀旁的手機一直叫這讓少年有些迷茫！我是誰我在哪裏？因在黑暗空間呆的有些久，導致少年失憶。
忽然腦海浮現科技與自然力齊頭並進的時代，超自然力頂點則是由六大國各自掌握，而在人們眼中則是被稱爲『神蹟』
但倒是神蹟又稱是異質物，在異質物的研究日新月異，這些稱作神蹟的威懾力也變的空前強大……
我看了看時間……啊啊啊！要遲到了今天是研究中心的學員開放日，我的考察報告我的學分要泡湯了！
（提示：新洲市研究所講座！）
我快速穿上衣物拎着包包就飛奔出去，自一波波折後少年終於到了目的地，『叮！歡迎使用第五學園都市（埃葵斯）安保系統！正在檢索……』
『登入成功』
『您的ID：2519G1911、姓名：北斗、年齡：15歲、性別：男性』
『歡迎來到第五學園都市，斯蒂爾蒙特收容研究中心，同時是新奉州境內最大的（異質物）收入容與研究機構，（異質物）又稱（神蹟），是指在特定情況下能引發超長物理現象的道具和工具總稱。』
今天是研究中心的學園開放日，研究中心會向市民和其他學園都市的考察團開放，作爲公衆教育德一環！將會有部分（神蹟）和研究成果逕行展覽……』
看完這一常串的說明後，終於在閉館前趕到，我心想（Lucky！～總算在閉館之前趕到了！）
但我很快就發現！大廳的電梯居然全部的停運！好在我發現了還在運行的備用電梯，總之只要去聽幾個研究講座蓋章就能拿到學分了吧？雖然有些懷疑但是爲了學分只能拼了，我搭進其中一臺備用電梯來到第三層，聖盃研究成果講座，不過我下了電梯四處走走心裏感到怪異，這層怎麼也沒有一個人？這時我已經從第三層走到第二層了，我沿着二樓走廊邊走邊四處張望，心想雖說這種研究機構平時人不多就算了，但是今天是開放日居然連一個人影都看不到？
我一邊胡亂猜測着各種可能性，一邊憑着感覺漫無目的地閒逛，空氣中有一股淡淡的消毒水味道，讓人不禁聯想到閉館後進行掃除作業的清潔員，爲了找講座所在的會議廳，我拐到一個旋轉樓梯附近，左看看右看看苦着臉心想不會已經結束了吧？
慘了慘了，昨天果然不應該玩那個遊戲的，搞的我今天起牀時恍神了很久……
那個下一回合這種按鈕真毒……做夢也能夢到它，我抱着頭啊啊嗯嗯的煩惱，結果突然我的脖子被什麼東西勾住並被迅速向後拉，在身體馬上要失去平衡的時候，我感覺後腦勺靠在一個柔軟又堅實的物體上，等我回過神時，自己已經被拉進了樓梯拐角處的一條下載通道，周圍光線倒是暗上許多。
正當我要叫出聲時，我的嘴就被一隻手緊緊捂着，導致我只能發出小聲的嗚嗚聲，但我也從少許的光線中，只能勉強用餘光看到一個身穿白大褂的女人，此時的她背靠着牆，用一支手捂住我的嘴，而我的側臉頰被緊緊貼在她胸前……芬芳的香氣獨斷的環繞在鼻尖，每當吸入這些香氣就讓我心跳加速，心想（欸？好、好大！！整個頭都要埋進去了！！）（但是現在是什麼狀況！？這個白大褂女人又是誰？）
「噓一！別出聲！」
身穿白的大掛的女性雖然刻意壓低聲音，但言語中透露着不容質疑的威嚴感，在我腦子亂作一團，同時感覺自己快要窒息時，我微微點頭表示順從……
雖然嘴依然被捂着，但脖子上的壓力減小許多，我也趁脖子壓力險小的空檔將目光聚焦在盡處，隱約看到她胸前的白大褂上彆着性名牌，牌上有一行小字『首席科學家……莉琉・馮・布勞恩』
（欸！！等等！她不就是那個講座的主講人嗎？）
莉琉並沒有看我，而是把頭轉向另一側，專注地盯着走廊的方向，同時壓低聲音說道
「這裏已經被恐怖分子入侵了，不想死就老實點」
我聽着她的話心想（恐怖分子？他在說什麼啊？……）
反觀莉琉冷靜說道
「一會我會放開你，不要發出任何聲音，明白嗎？」
我順從的點點頭，她緩緩鬆開捂着我嘴的那隻手，並將另一支手上手槍的保險打開，這操作讓我一接蒙逼心想（大姐！妳不是這裏的研究員嗎？）
正當我心裏在吐槽名爲莉琉的研究員時，莉琉開口說
「我得去會議廳看看情況，你就在這裏不要亂走，乖乖等着防衛廳的人，就在這裏等待救援，知道了嗎！」
在我大腦一片空白不知該如何應對時，走廊遠處傳來了一陣急促的腳步聲……
這就是我記憶中與莉琉的第一次相遇的情景，現在想來我或許應該聽那名喚莉琉的女性的話，乖乖縮在原地躲好，而不是在幾分鐘後逞英雄的，隨手從展覽品裏拿出金屬球棒與恐怖分子近身肉搏……我真是一個笨蛋也說不定呢。
時間回到莉琉與少年分開前……
在與少年分別後幾分鐘莉琉悄悄濳入會議廳門口，在途中順手解決半路遇到的恐怖分子，躲在門旁用側臉餘光看向講座臺，講座臺上有幾名人質和全副武裝的傭兵，莉琉心想（看來這羣人是靠光學尾裝混進來的……）（而且裝備精良和訓練有素，這應該是專業人員！雖不清楚是什麼來頭，但也只能等機會行事了。）
恐怖分子首領和同夥看着將臺上的黃金盃開懷大笑「哼哼哼！哈哈哈哈！終於～終於～我們終於取回了！哈哈哈哈哈！」
在恐怖分子首領興奮大笑的時候，躲在暗處的莉琉看清檯上金色杯子的面貌，瞳孔一縮心中浮現那金色杯子的名稱（洛斯金盃！）這個金盃是在考察團，從突然出現在太平洋中部的，洛斯羣島島上找到的『異質物』，而在那個金盃外圍有着四塊寶石裝飾，而杯子內有紅色的液狀物質，但這些物質既無法倒出也無法觸碰，宛如幻影一般不存在實體……
雖說研究所的老頭子們用盡了個總辦法，但就是沒辦法搞明白那是什麼東西……再過一段時間後就將它的威嚇等級下降到了『Safe』允許進行公開研究。
莉琉在暗處看着這這些恐怖分子忍不住（嘁！）了一聲心裏吐嘲道（也就那幾顆寶石看起來還挺值錢的）但也很快想到（不過寶石與杯身在水平上融爲一體，是絕對不可能分離的）莉琉正當想到這！恐怖分子首領就有動作，邊說邊往洛斯金盃走去「就由我來分離，這不潔之物吧！」
聽到恐怖分子首領的話在暗處的莉琉有些疑惑（分離？怎麼做得到？我記得那羣老頭子們也有試着剝離這玩意兒，但是結果都失敗告終）
這時恐怖分子首領手上的東西，讓莉琉瞳孔一縮（這傢伙手裏難道是！）莉琉立即想起前不久華雲宮城大博物館失竊的『第四聖釘』！
這時莉琉心想（糟了！）
但是莉琉要出手已經晚了！
匡噹～一聲金盃外圍的紅色寶石已經被取下來了。
這時恐怖分子首領將紅色寶石放在手上觀賞驚歎道「這就是……先知的聖物嗎……」
在觀賞紅色寶石的恐怖分子首領，並沒有將注意力移開過洛斯金盃內的液體，很快他就注意到杯內液體的異狀開口道「嗯？杯里的液體……」正當他話未盡，在暗處的莉琉臉色難看暗罵「你這個白癡！」
紅色液體直接從金被底層流動到地上，這時從洛斯金盃爲起點世界受到未知風暴席捲。
而在與恐怖分子肉搏失敗反被打飛暈過去的少年「嗯……」
少年意識迴歸但也回想起生前記憶，（嗚……究竟是發生了什麼？撕！頭好暈…）
好痛…頭快要裂開一樣，想不到前世記憶居然和現在記憶融合，我開始將記憶重整以及，將暈過去時發生的事回憶，幾秒後我只終於想起！
我用棒球偷襲入侵者，結果被入侵者躲過反身一腳，然後我被踢飛跌落樓下，唯一萬幸的是當時我正好摔進展覽品後的陰影裏，不然會被那些傢伙當場射殺……
我擡頭看着周圍遮擋視線像是石板的東西，而上面名刻着奇怪的圖案和文字，我仔細看石板展覽品名牌上寫着Miskatonic……而後面還有字跡模糊的，欸！對喔！現在不是看這個的時候，雖然意識已經清醒了一些也同時找回前世的記憶，不過話說是不是……太安靜了？
然道那些傢伙已經到別處了嗎？
我思索一下後決定稍微，去看看情況吧！會議廳……莉琉小姐……我撿起掉落在一旁的金屬棒球棍，我起身將旁邊的石板推開，皆果映入眼簾的是一片廢墟以及片地的火海，空氣中充斥着硫磺刺鼻的味道，還夾着厚重的鹹味，讓人舌根發澀……
當我擡頭一看一個東西飄浮在半空中，發出刺眼懾人的光芒！
讓人無法看清楚它的輪廊……
而呈現在我眼前的，是一幅地獄般的景象，這讓我震驚到以爲自己在做夢，我嘴裏呢喃着「這究竟是，怎麼一回事？
在一片火海中，和彷佛是雕塑園一般的人們，每一個人動作鮮活、表情生動，但是他們已經失去人應有的顏色，變得一片慘白……。
我緩步走着嘴裏結結巴巴說着「這種、這種事情……怎麼可能……不要！大家……大家都怎麼了？莉琉小姐！莉琉小姐去了哪裏……」
我越走越驚恐，終於我忍不住大吼「倒是誰來……誰來告訴我啊啊啊！」
我走到一個白色雕像前，我伸手觸碰面前的女性雕像，那冰冷的臉龐時，她的脖子無言的斷裂，頭摔在在地上四分五裂，這時我才注意到（這是！鹽？）
想到這我內心崩潰，在前世自己只是普通人，兒現在自己依然是普通人，但卻要面對這地獄般的場景，我不禁的大叫「嗚～啊啊啊啊啊！」
這時我終於崩潰了我跪坐在地上！擡頭看着飄浮在半空上的東西說道「如果……如果真的有神存在的話，我希望……這一切都是夢……」
當我說完這些話後，一句神祕的話在我腦海閃過『那麼！成爲吾的容器吧......』同時伴隨着強烈的白光閃耀在天地之間……。