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2253年，全球步入了超科技时代，然而，在这个科技达到巅峰的时代，人们为了延长自身寿命开始研习武道，最后发现，在银河系中一颗名叫天源星的星球上充斥着大量的“灵力”，在其中修炼对人体有非常大的益处，不仅可以让人拥有开山碎石的力量，根据境界的提升更是可以延长寿命！
于是，为了前往争夺天源星的名额，各大世家开始了长久的征战，最终，国际联盟发布了新条规，能够前往天源星的人不限低位，只要能在二十五岁之前达到一阶武者的程度就有资格。没有这个实力的去了也是送死，因为天源星上的灵力实在是太浓，一阶以下的武者根本就承受不起。
这个条规一出，大家族之间的战争立马就熄火了，全部都开始着重培养家族里的天才。凌晗，属于北城凌家的分支之一，他的天赋并不是特别出众，今年已经十三岁才坎坎达到后天中期，离一阶武者的标准还相差甚远。
“继续努力，无论如何都不能轻易放弃，这可是我从他那里学来的。”凌晗平时很喜欢看动漫，他最喜欢的就是《宠物小精灵》的主人公小智，小智那种不服输的气势对他的影响特别大，除了情商和年龄方面会让人有很大怨念之外，其他的倒是无可挑剔。
“咦？大白天哪里的流星？等等，它朝着我这边来了……”凌晗看到天空中有一道白光，本来是斜线降落的，可谁知降落到一半时突然转换方向朝着凌晗的位置飞来。“我去，这是定位导弹吗？速度也忒快了吧……”凌晗话音刚落就被砸了个严严实实，等他恢复意识之后发现自己正站在一个石台前面，石台上有一座巨大的金门。
“欢迎你，新一代的时空旅行者，现在你什么也不需要说，看完这些就会明白了。”神秘的声音出现了不到三秒钟，这时候凌晗的脑海中也出现了一些信息。“我去，发达了！”凌晗大略的看了一下脑海中的信息，他所在的地方名叫通神空间，是一个链接诸天万界的地方，而石台上的门就是唯一的出入口。
这扇门每一次出现都会锁定一个世界，当他在那个世界的任务结束后才会再次出现，当然，中途也可以召唤它，以此回到自己的世界。当凌晗穿过大门时，就会被赋予通神兑换系统，然后代入异空间的某一个角色，实际上就是顶替某个人。
这扇大门当前链接的世界正是宠物小精灵的世界，那个世界也拥有着灵力的存在，而凌晗将要顶替的人物已经被系统锁定，他就是宠物小精灵的原主角小智！这让凌晗兴奋不已，要知道小智其他方面或许不咋样，但是他的异性缘可不是一般的强大！
这也正常，原作中小智一直无法成为冠军，所以上天才会安排那么多女孩子在他身边作为补偿，因为每次到了最后的联盟比赛小智的主角光环就会失效……“嘛，管他呢，既然我来了，那就让我改写一切吧。”凌晗迫不及待的推开了大门，与此同时，空间赠予的系统也融入了他的身体。
紧接着，他就失去了意识……当他醒来时，发现自己正躺在床上，外面已经是大亮，看了看钟表竟然已经八点。“遭了，还是没有避免迟到的命运么？”小智（暂时先用这个名字）急忙穿好衣服带上他的帽子，这时候花子刚好上来了。
“妈妈，我先去大木博士那里领取小精灵了。”小智说完就急匆匆的跑到了大木研究所，奇怪的是在大木研究所的门口并没有遇到小茂，这让小智有些迷糊了。“算了，管他的呢。”果不其然，当小智选择精灵的时候三只初始小精灵已经一个不剩。
最后，在小智的“祈求”下大木博士居然给了他一颗精灵蛋，喂，说好的皮卡丘呢，我的皮神哪去了！“这算什么？幸好我还有兑换系统，说不定可以兑换一只皮神呢。”小智也没有太纠结，然后他就在真新镇群众的欢送下开始了他的旅行……