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三千和尚大战一场。扶桑和尚虽然好战，却没有少林寺那般的高手。双方既不会罗汉拳，也不会伏魔掌，拿着木棒砖头之类的乱打。所以结局丝毫没有意外：人多的一方获胜。以仁王手下的武士们战力不凡，砍下了数十颗光头。堪增和尚身手重伤，依靠徒弟的拼死保护捡回一条性命，灰溜溜地逃回自己寺庙中去了。
自己打不过，那只好叫家长了。于是在源行家奔忙在扶桑四岛的同时，堪增和尚的信使也出发了。
堪增和尚的信很快送到了扶桑相国平清盛手中。平清盛却不知道以仁王举兵是受了源赖政的撺掇，派源赖政的次子源兼纲率大军讨伐。
源赖政立刻给以仁王写信，信中写道：“殿下谋划之事已经败露，平清盛已经举兵来伐。请殿下移驾三井寺，臣将尽快派兵来保护殿下。”
以仁王一时慌了神，不知如何是好。幸亏身边有一个叫做长兵卫尉信连的侍卫临危不乱，建议以仁王装扮成少女模样，逃往三井寺。以仁王无奈，披散头发、穿上斗篷，戴上女式的斗笠，在一名叫做鹤丸的僮仆的陪伴下顺小路一路北逃。
以仁王主仆慌不择路，沿小路走到尽头后又拐上大路向东，渡过贺茂川，来到了如意山。
以仁王虽然是闲王，但自小养尊处优，哪里受过这种苦楚？奔走了一夜，脚底磨破了皮，流出了血来。幸好小仆不断估计，经过一夜的奔波，总算成功抵达三井寺。众僧人接下，以仁王就暂时在三井寺住了下来。平清盛不知道以仁王的去向，以为已经逃远了，加上源兼纲的遮掩，本来暂时已经安全了。
然三井寺的和尚却多事，自认为本寺势单力薄，因此写信给延历寺、兴福寺求援。信中写道：“平清盛肆意横行，把持朝政，蔑视佛法，天下人无不愤恨。十六日一早，以仁王偷偷来到我寺，我寺势单力薄，恐怕难以护他周全。延历、兴福两寺庙，虽然和我三井寺并非同一门派，但却像鸟的双翼、车的两轮，缺一则不能完成这件大事。因此我三井寺希望得到贵寺协助，共襄盛举。”
兴福寺回信表示愿意协助，延历寺的和尚却较起真来，对于三井寺和尚将延历寺视为“羽翼、车轮”的口吻十分不满，认为轻视了延历寺，于是拒不发兵。
消息走漏，平清盛派四子平知盛亲自带兵讨伐，双方人马大战于宇治川。三井寺的和尚们如何能与职业军队相比？于是大败。率军来援的源赖政以七十高龄战死，以仁王继续逃往光明山，最后于鸟居前落马身亡。
此时的武十郎随松浦保昭大军昼夜兼程，全速赶往京都。得知以仁王的死讯之后，一时间彷徨不知何往。于是派出细作四处打探消息，得知各地的源氏势力已经在陆续起兵，招兵买马准备进攻平清盛。
而最重要的一个消息，来自伊豆国：源义朝第三子源赖朝，趁平清盛出兵征伐以仁王之机会，派遣其岳父北条四郎时政，夜袭山木馆。
讨平令旨陆陆续续到达在各地蛰伏的源氏，其中一人即为河内源氏的源赖朝。在伊豆蛰居的源赖朝与北条时政合谋，开始秘密纠结伊豆、相模、武藏的源氏势力，于8月17日袭杀平氏在伊豆的监管山木兼隆。之后源赖朝转往相模，于石桥山遭遇大庭景亲等平氏追讨大军的夹击，惨败而逃。石桥山之战初尝大败的源赖朝辗转逃往安房，途中在海上与三浦半岛豪族坂东平氏的三浦义澄等会合。抵达安房后，源赖朝除了得到官吏阶级（在庁官人）的支持外，上总的千叶常胤、武藏的足立远元、畠山重忠等平氏或藤原氏地方豪族，由于当时武士身份的领地不甚稳定，为了更进一步巩固武士阶级的权力与利益也陆续加入，源赖朝的势力迅速壮大。10月6日，源赖朝入驻过去也是河内源氏祖先经略之地的镰仓。此时，源赖朝已实质控有关东南部。在关东的另一方面，甲斐源氏的源信义（又称武田信义）亦在收到令旨后兴兵讨平。
关东乱起不久，平氏即派遣平维盛、平忠度、平知盛等前往征讨。平氏东征军兵发东海道，10月18日于骏河富士川和源赖朝、武田信义联军对峙。然而关东联军以逸待劳已久，平氏东征军则兵疲马困，武田军趁机发动夜袭，平氏军未战先败、望风而逃。平氏军退去后，源赖朝等决定以经营关东为优先，未加追击，退回镰仓。值得一提的是，富士川之战得胜后，源赖朝在黄濑川阵地与前来驰援的九弟源义经于失散多年后再次相会，此后的作战主要由源义经负责执行，源赖朝则在后方运筹。
在关东经略上，对内，为了有效统御庞大的武士集团，源赖朝创立了侍所，命和田义盛和梶原景时负责掌控。对外，源赖朝则积极收服、铲除关东地区同为源氏的志田义広、新田义重、佐竹氏与藤姓藤原氏的足利忠纲等反抗势力，并巩固己方武士集团的权益。
除了关东之外，各地接获令旨的源氏势力也一一兴兵响应。例如土佐的源希义、河内石川的源义基与源义兼父子、美浓的土岐氏、近江的佐佐木氏、山本义経、熊野的湛増、伊予的河野氏、肥后的菊池氏等，此外，在若狭、越前、加贺也有官吏集团起事。
1180年9月，信浓的源义仲（又称木曾义仲，源赖朝的堂弟）誓师，迅速席卷信浓、越后。之后曾一度进兵至上野，但由于和源赖朝家族间有杀父之雠的嫌隙，所以不选择与源赖朝会合，而是向北转进，并拥立以仁王之子北陆宫，平定北陆，俨然是和源赖朝竞争的一股强大势力。
在近畿方面，以寺庙、神社为中心的反平势力也如火焰般蔓延，平氏强力镇压。1180年12月，平重衡烧毁东大寺、兴福寺，更刺激了寺社的反抗。1181年1月，纪伊的熊野三山势力起事，在伊势、志摩等地和平氏交战。（熊野海贼菜切攻め）。
1181年闰2月，正在规划新体制及镇压作战的平清盛身染热病，于九条河原口的平盛国宅邸逝世，平氏骤失龙首。4月平重衡率领大军东征，于墨俣川大败源行家，史称墨俣川之战。之后平氏军一度追击到三河，之后因源氏援军抵达，攻势才因而中断。
(本章完)