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清军顾不得巨大伤亡，硬着头皮终于冲入明军阵营死命地挥舞着马刀，双方进入了最为惨烈的白刃战。
施琅见状也赶紧命令城中士兵冲出城外协助朱聿键的野战军从外围对清军形成合围。
双方近十万人的部队就这样混战在一起，白刀子进红刀子出的从清晨打到傍晚。
最终明军在人数和气势上逐渐占据了上风，清军骑兵越战越少，多尔衮情急之下连身边的卫队也派上了战场，但终究无力回天。
朱聿键和施琅是抱着玩命的决心与多尔衮决战的，就这样无论付出多大代价和牺牲都要和多尔衮死磕到底，不是你死就是我亡。
多尔衮可不是这么想，他不能把命扔在这里，北京城的好日子他还没享受几年，此次平叛如果出师不利那大不了就撤回去休整再战，于是，失望的他不得不下令退兵。
施琅见到清军有退兵之势立即下令全军追击，朱聿键则带着他的新军回到凤阳城休整，把追击清军的任务交给了施琅。
施琅率军一路追击到徐州，又斩杀无数清军士兵，并收回了被多尔衮攻占的安徽各州县。
多尔衮就好像他的弟弟多铎那样又是一路马不停蹄地逃到山东济南，才终于停下来喘口气。
在那里他遇到了从北京逃出来的云骑卫哈什屯，哈什屯见到多尔衮扑通一声跪倒在地，连哭带嚎地诉说着北京的噩耗。
多尔衮得知北京已被被豪格占据的消息后，当即气晕在地，加上战事新败一路逃亡的劳累和打击就这样病倒在床，一连几个月仍未见好转。
直到有一日，他的人从北京传来消息说阿济格的军队也被豪格打败，阿济格被押往北京大牢，性命堪忧的消息时，多尔衮终于支撑不住，一连吐了好几天血后彻底撒手人寰。
说起阿济格为什么会在形势并不恶劣的情况下被豪格打败除了他本身有勇无谋容易意气用事的缺点外，最主要的原因还是出在他的皇兄莽古尔泰身上。
莽古尔泰在平定了山西南方各处叛乱后率部回大同与阿济格会师，阿济格把北京发生的所有事情以及宋献策给出的下一步计划与莽古尔泰和盘托出，本想着能听听莽古尔泰的意见，没想到莽古尔泰比阿济格更加冲动，更加意气用事。
一想到自己曾经在进军途中与豪格相遇并相信了豪格支援其攻打山西的鬼话，莽古尔泰更加怒火中烧，他顾不得其他人的劝阻当即带领自己的部队往北京冲去。
阿济格被莽古尔泰的气势所感染也情绪高涨起来，把宋献策的话一股脑抛到九霄云外也率部去支援莽古尔泰，可怜兄弟俩就这样凭着一腔热血在没有做出周密军事部署的情况下率领大军匆匆跑去攻打北京。
这可让豪格乐开了花，本来还在与众臣苦思冥想着如何消灭北方各地忠于多尔衮的势力，这可倒好，这两个愣头青主动送上门来，于是二话不说，一面派吴三桂率部于北京城郊三十里处设伏，一面委派鳌拜为大将军总领京城各处防守事务。
就这样莽古尔泰在率先进入吴三桂伏击圈后被吴三桂迎头痛击令莽古尔泰损失惨重，损失了多员心腹大将，好在阿济格及时赶到没有全军覆没，吴三桂没有恋战，及时率军后撤。
阿济格为了集中兵力攻打北京没有命令大军追击吴三桂，继续向北京城行进，待到全军到达北京城下后，阿济格兄弟二人发现，北京城早已有所准备，防守密不透风固若金汤，本就已经遭遇了一次吴三桂打击的阿济格大军此时士气已经下降了一大半，宋献策多次劝阿济格收兵回大同再做打算，可是此时的阿济格和莽古尔泰已经听不得任何人的劝告仍然执意攻城。
宋献策见阿济格败局已定，不愿跟他一起受死于是他又找到杨振威，两人商计带兵趁夜突袭阿济格大营，与豪格里应外合一举击溃阿济格的军队。
结果阿济格在睡梦中听到外面喊杀震天心知不妙，连盔甲都来不及穿就拼命逃出营帐正好被几名敌军骑兵发现迅速冲过去将阿济格击伤活捉，莽古尔泰宁死不降，在与敌军大战多个回合后终因体力不支被敌军乱刀砍死。
在平定了阿济格这支军队后，豪格收编了阿济格的残军实力大增，北方各清廷占领区先后宣誓效忠豪格，并随即加封吴三桂为辽东总督带兵进驻辽东征讨一切多尔衮的反抗势力，多尔衮死后，其麾下诸将领迫于形势也只好向豪格俯首称臣，山东也不费吹灰之力的回到了豪格治下，豪格见北方诸地再也没有强力的多尔衮势力可以威胁到他的统治遂决定废掉顺治帝，把他和大玉儿两母子发配到哈尔滨，自己则正式称帝，改元天德，这个过程前后不过一年时间。
在豪格统一北方的这一年时间，朱聿键也没闲着，他乘胜再接再厉一举攻下湖北全境，消灭了以罗秀锦为首的一切湖北清军势力，终于为当年在攻打武汉三镇时牺牲的高一功部全体将士们报了仇。
在收复湖北后，朱聿键还得到了一个意外的收获，那就是失踪已久的朱慈焕终于被找到了，原来朱慈焕投奔的仙佛寺主持正是洪承畴当年麾下的承宣官--蔡九仪。
蔡九仪武功了得，人又非常有正义感又对明朝忠心耿耿，当年跟随洪承畴一起参加了著名的松锦大战，战败后由于不满洪承畴投降满清遂愤而出逃到河南嵩山少林寺拜一贯禅师为师，从此淡薄世事只专心研习佛法和武学，无奈没过几年，满清的战火就遍及神州大地，就连他们少林寺也未能幸免。
清廷以少林寺窝藏明朝亲王为由下令攻打少林寺，蔡九仪与一众师兄弟奋力抵抗，但终归敌我实力悬殊没能保住少林寺。一贯禅师也在战斗中被清兵杀死，蔡九仪好不容易带领几个幸存的师弟们逃出河南来到了湖北的这座名叫仙佛寺的寺庙里安顿了下来，这里的方丈常年身体不好，眼看时日无多，见蔡九仪聪慧过人遂在临死之前将方丈之位传给了他。
直到朱慈焕到来的那天，蔡九仪的想法也随之改变，他认出朱慈焕随身携带的皇家玉佩，并在其一再地追问之下终于得知了朱慈焕的真实身份。从此他把朱慈焕精心保护起来直到朱聿键收复湖北后，他知道时机已到随即把方丈之位传给师弟自己则带着朱慈焕去见朱聿键。
朱聿键见到朱慈焕后喜出望外，立即昭告天下，并协同文武百官劝谏朱慈焕登基称帝号令天下大明子民收复中原大地，朱慈焕本不想再染指权力中心，无奈面对如今的形势自己再难推脱，在一连推脱后最终勉为其难地同意即位称帝，但他提出了一个条件，那就是坚持不去中都凤阳和陪都应天即位而是选择西安为登基都城，其原因无非就是李自成害得他家破人亡，他一定要去李自成的老家陕西建都称帝，要世世代代把李自成的族人踩在脚下。
朱聿键心想，这小屁孩的虽然想法偏激幼稚，但建都西安其实也并不是没有好处，毕竟周，唐，汉这几个中国历史上最强大的中原王朝都曾建都在此，而且这里土地肥沃物产丰富，民风淳朴且善战，易于管理和用于战事，又处在中原腹地，面对北方游牧民族的侵略可以从容应对，进可攻退可守，何乐而不为？
可是新帝已定，那远在云南的永历帝又将如何自处？就在朱聿键的军队在中原对战多尔衮的军队打得如火如荼的时候，永历这边的日子也不好过，孔有德和耿仲明的军队在南方连战连捷，打得孙可望毫无招架之力，何腾蛟，张同敞，堵胤熙，刘文秀等这些永历帝的忠诚将领一个个都在抗击此二人的战斗中陆续牺牲，只剩下孙可望孤军抵抗，他为了减少损失，把贵州全境也拱手让给了孔耿二人，自己则带着永历帝一路逃到云南昆明。
孙可望不好好反思自己失败的原因反而把错误归结到李定国的头上，责怪李定国把广东防卫事务搞得太高，耿仲明屡攻不克这才与孔有德合兵一处攻打刘文秀的部队导致其兵败，而事后又支援不利致使自己孤军奋战寡不敌众，领地尽失。
李定国看了孙可望这封问责信也是非常火大，不是他不派援军，而是自己手下兵力本来就不多还要防守整个广东，万一尚可喜的军队趁机来袭（此时他还没有得知尚可喜兵败的消息），岂不是更加被动。
而孔有德，耿仲明的大军步步紧逼，很快就打到了昆明城下，随即展开攻城，孙可望眼看手下兵将越来越少，着实心疼不免产生了叛变的心思。