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大业十二年（616年）十一月，秦琼随张须陀征讨瓦岗军，李密佯败后诱至大寺林一带伏击。张须陀身陷围力竭战死，秦琼率隋军残部依附了守虎牢的裴仁。
大业十三年（617年）四月，裴仁与监军御史萧怀静不和，李密成功招抚，杀死了萧怀静，以虎牢城瓦岗请降。秦琼随裴仁归降后李密非高兴，用秦琼为帐内骠骑，与咬金等一起统领八千内军，待遇十分丰厚。
大业十四年（618年）三月，宇文化在江都发动兵变杀死了隋炀帝杨广，而后率十余万骁禁军返关中。李密为免腹背敌，以入东都辅政为条，同了皇泰主由瓦岗出兵攻宇文化的请。月，瓦岗军与宇文化军于黎阳大战，激战从晨一持续到黄昏。混战中李密矢射中坠马昏厥，部下都逃散而去，几乎落入追兵之手，幸得秦琼拼死捍卫才得以脱险。救出李密后，秦琼拢溃军与宇文化军力战，终于将其击退。
同年月，瓦岗军击败宇文化后，元气大伤。李密因为胜变得骄傲自负，不体恤将士使得部下纷纷离心，同时由于对王充的蔑视扎营时甚至不修筑壁垒工事。王充趁机突然发动袭击，在邙山脚下大破李密。李密战败后惧怕翟让旧部报复，仓惶逃长安投奔了李渊。秦琼俘后暂时投奔了王充，封为龙骧将军。
唐武德二年（619年）二月，秦琼因不耻王充奸诈的为人，与咬金等人乘唐郑两军于曲对阵之时投奔了李唐，唐高祖李渊安排到秦王李民府上职。李民对秦琼的英勇早有耳闻，对他十分礼遇，授予了他马军总的职，随自己一同镇守长春宫。
同年十一月，宋金刚后攻陷晋州、浍州，唐朝河东告急，李民调关中兵马率领秦琼等前往征讨。唐军经龙门踏坚冰渡过黄河，于柏壁扎营与宋金刚对峙。十二月，永安王李孝于夏县战败，唐俭、于筠等唐将均宋军大将尉迟恭俘虏。尉迟恭得胜后返浍州途中，李民派秦琼、殷开山于良川将其击破，斩首两千余级。
武德三年（620年）四月，宋金刚因粮尽败走，李民一追击至介休。宋金刚以残部精兵两万出城列阵与李民决战。李民派遣秦琼、咬金、李勣攻阵，翟长孙、秦武攻阵，与宋军战后假装后退。等宋金刚来追之时，李民亲率精骑冲杀其后军，结宋金刚大败而逃，尉迟恭等人献出介休、永安二城降唐。
良川击败尉迟敬德，秦琼立功多，李渊赐给秦琼金瓶，慰劳秦琼说：“不顾妻儿远而来投奔我，如今又立下这样的大功，我的肉都可以割下来给吃，何况是赏赐一些仆婢和财帛呢。”于是拜秦琼为秦王府右三统军。灭宋金刚后，又赏赐秦琼黄金斤、杂彩千段，加封上柱国。
同年月，李民率军进逼洛阳攻王充，每以秦琼为锋。征讨洛阳间，李民挑选了一千余人的精锐骑兵部队，其身穿黑衣玄甲，分为左右队，由秦琼、节、尉迟敬德、翟长孙四人分统领，每作战时亲自率领作为前锋使用，所披靡攻无不克，敌人十分畏惧。
武德四年（621年）三月，夏王窦德与王充结盟，率生力军十几万驰援洛阳。李民留下李元吉等人继续围困洛阳，亲率秦琼等将领分兵前往虎牢关抵御窦德。月初，李民留战马千余匹于黄河岸牧，让窦德以为唐军草将尽，诱其出击。日晨，窦德全军自板渚出牛口列阵，逼近汜水唐军挑战。李民按兵不出，暗中召战马，待到午窦军士兵疲惫阵型骚乱才率军东涉汜水冲击敌阵。恰逢窦德朝会群臣，军中一度慌乱，稍作退却后快发起击。诸军混战中，秦琼、咬金、史大奈、宇文歆等人随李民凿穿窦军大阵，来到敌阵后方开唐军旗帜，令窦军误以为己方已败，军心涣散下大败溃逃。终窦德俘，王充绝望之下也出城投降。破窦德之战，秦琼率数十名精锐骑兵率冲破窦军大阵，战后获封翼国，又获赏赐黄金斤、帛千段。
同年月，窦德斩首，其旧将惧怕唐朝报复，于是拥立刘黑闼为王起兵，半年之内复了窦德昔日所有领土。十二月，秦琼随李民前往河叛。武德年（622年）二月，在刘黑闼进军洺水途中，秦琼率军于列人将其击破。终刘黑闼失败后，秦琼又赏赐了许多物资。
武德年（626年），秦琼参与玄武门事变，随李民诛杀李成、李元吉，事后拜为左武卫大将军，食实封户。后来秦琼经生病，每逢病时就对人说：“我戎马一生，历经大小战斗二余阵，屡伤，前前后后的血能都有几斛多，怎会不生病呢！”
贞观十二年（638年），秦琼病死，追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李民下令在秦琼墓前石人马，用以彰显秦琼的战功。
贞观十三年（639年），秦琼封为胡国。十年（643年），李民阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。
让我们到现在的仁寿三年，杨鸿去到历城，他要抢在李民之前服这个与尉迟恭其名的大唐门神，当然，对于尉迟恭，杨鸿也是不会过的。
这时候的秦琼在干嘛呢？当然是缉捕盗匪，递送文书而已。
杨鸿早已派出斥候，探得秦琼去，这一时日，要前往历城县，忽然马銮铃响处，两个汉子冲了出来。杨鸿麾下带了张尧、黄舜，还有十骑卒，都是久经杀戮的猛士，立挺枪的挺枪，挥刀的挥刀，着两个“刺客”杀了过去。杨鸿大叫：“都给老子住手！们这些蠢货，们怎就他们是刺客？孤又无名声，他两个刺杀孤有何好处？还不退下。”
那两个骑士早已吓得面如土色，其中一个黄脸的汉子：“在下历城秦叔宝，蒙黄河以的上兄弟抬举，送了一个绰号‘赛孟尝’。今番与好友樊威前往泽州、潞州干，不如何冲撞了大人。”
杨鸿大喜，心：“孤要去寻，不竟自己送上门来。那可就让逃走了。”于是对秦琼作色：“孤乃是高祖义子，秦王杨鸿，二人不过是送信递简的差官，见到本王，竟然端坐马上，不下马叩拜？既不礼，我倒应当好好教训二人一番。也罢，本王也不欺，本王麾下有大将两人，可随挑一人对，要赢了，孤便赦二人无罪，如何？”
秦琼本来是性子寡淡之人，不惹事，架不住杨鸿不肯轻易过二人，秦琼无奈，得点了张尧，与其厮杀。列为，这张尧乃是杨鸿抽的三国虎将张飞张翼德，那武力之，若非经历过得人，又怎可能？杨鸿：“手下着点，这人我要作大将的，死了，他若死了，也不要了！”
张尧答应一声，把胯下马一催，挺着手中丈八蛇矛，朝着秦琼便冲了过去。秦琼不敢松，从身后宝囊中出一对金锏，便来战张尧。张尧力大矛沉，与秦琼战了约八十合，秦琼渐渐不敌。秦琼心中慌乱，暗：“去潞州途遥远，这差文又是有时限的，倘若在这里羁押迁延，怕老大人跟前不好罢。”
两人斗将，本来是不敢分心的额，是秦琼心中有事，又不开，结张尧一矛着腰间自己扫来，秦琼一惊，一个翻滚跌落马下，杨鸿身后一十八骑卒，一拥而上，把秦琼绳捆索绑，到杨鸿身前。杨鸿从马上跳下来，一边假骂：“们这些该死的丘八，怎可对秦爷如？”一边将秦琼的缚索去：“小的们莽撞，不识秦爷威名，节文素秦爷贤名，方才不过玩笑而已。若不嫌，不如到我营中小坐，我把酒言欢如何？”
秦琼得了自由，又见那杨鸿如说，倒也不能发火。于是：“奉太爷钧令，到潞州干，卑职不敢怠慢，这酒就免了罢。”说罢，对着杨鸿行了一礼，与樊威作，二人着不同方而去。杨鸿在身后叫：“这一行去，可有盘缠？到时候当锏卖马，那鼠目小人轻了。”
秦琼听了，身子在马上一顿，险些从马背上掉下来。不得已有转过马来，问杨鸿：“殿下到底要如何？”
杨鸿：“我不待如何，要肯陪孤吃酒罢了。若陪得好了，有金银赠，若陪得不好，少不得还要与我手下大将对。选一个吧？”秦琼无奈，得答应喝酒。
日，一行人往潞州行进，杨鸿有把秦琼往八里二贤庄引，秦琼不是计，又因对方是大隋秦王，不敢得罪，得紧紧跟随。方才到门前，杨鸿便叫：“单雄信，出来。躲在家里绣花呢？有山东的朋友来访，不见见？”
单雄信与王君可等人在吃酒，听见有人叫山东的朋友来访，王君可：“莫不是我叔宝哥哥来了？”说罢，把手中酒杯一推，径自出门去。单雄忠、了弟弟单雄信一眼，也走了出去。单无奈，也得跟着出去了。
杨鸿见到单，笑：“雄忠大哥，节文上一来，大哥好外出买卖，故未曾谋面。今日幸得一见，实在是三生有幸啊。”
张尧：“殿下，这等生的腌臜，怎能与殿下称兄弟？”
杨鸿：“一个屠户，不也是生人？我尚且与兄弟称，如何与他们便称呼不得？士农工商皆是大隋子民，何来三等？孤虽是秦王，也不过是大隋的子民，与他们又有区呢？”
单姗姗而来，远远见到杨鸿，：“我当是谁，来是鸿子。是方才说有山东的朋友来访，不那山东的朋友在何处呢？”
杨鸿扯过秦琼：“这兄弟的父亲是马鸣关守将，因阻杨林寇边，为陈不为恶人所夺，竟与之大战，经久不绝。后战死沙场，留下他孤儿寡母。待到他长大成年，在历城县当了一个捕头，今本要到潞州投书，小弟抓来，献于兄长门下，也好把酒言欢，不枉哥哥念之苦。”
单：“阁下莫非说他是马鸣关总兵秦彝秦子厚的孤子秦琼秦叔宝？”
杨鸿：“如假包换。”
秦琼：“殿下是杨氏宗亲，又是大隋秦王，我等不过是绿林草莽而已，小人怎敢和殿下坐吃酒？”
杨鸿：“既然不愿和我坐吃酒，不如来一架吧。我赢了，和我乖乖的坐下吃酒，我输了，随去哪，如何？”
单：“比？”
杨鸿单雄信：“这里可有钢鞭？”
单雄信：“有是有，怕轻些，用得不称手。”
杨鸿：“无妨，来便是。”
不一会，单单雄忠过双鞭，到杨鸿手中，杨鸿亲自下场，在后花园对阵秦琼。二人战约三十余合，杨鸿卖了一个破绽，一手夹住秦琼武，一手抵在秦琼顶门，那武倘若寸进半步，秦琼便死了。单：“节文不是用枪的？不到双鞭也如出色？”
杨鸿没有答，是着黄舜说：“我这手下见孤与叔宝战，心痒难耐，是叔宝已然了两场，身体已然疲惫，如，便是胜了也是不武。君可哥哥和伯当哥哥，二人与他一战，而后他与叔宝一战，若叔宝依旧输了，就请叔宝到我灵州职，如何？”。
单雄信自然无不允许。黄舜与王伯当比过射箭，赢了。与王君可比刀，又赢了，后与秦琼比拳脚，又是险胜。秦琼无奈，得答应杨鸿。
杨鸿：“列为都是响当当的好汉，如这般，岂不是埋没了的才能？不如到我手下，将来争夺天下时，也是一分助力？”