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军队主要由四部分构成：蒙古军，由蒙古人包括部分色目人组成的部队;探马赤军,初指从蒙古诸部抽取精锐组成的前锋、重役或远戍部队，后来也有色目人、汉人等加入；汉军，即由原金朝地区的汉人和部分女真人、契丹人组成的部队，还包括早期改编的南宋降军；新附军,即灭南宋前后改编的原宋军。此外,侍卫亲军中还有不少按族属组编的色目人部队。军队按十进制编制，分为万户府(统兵3000～7000人)、千户所（统兵300～700人）、百户所、牌子(10户)等4级,分由万户、千户、百户、牌子头统领。非蒙古军的万户府、千户所又置“达鲁花赤”，是为监军官，专由蒙古或色目贵族担任。万户府上设都万户府、大都督府等，侍卫亲军在千户所上设指挥使司。
蒙古军（包括色目人部队）主要是骑兵。汉军、新附军大多为步军，也配有部分骑兵。水军编有水军万户府、水军千户所等。炮军由炮手和制炮工匠组成，编有炮手万户府、炮手千户所，设有炮手总管等。一部分侍卫亲军中，还专置弩军千户所，管领禁卫军中的弓箭手。
军队依承担任务的不同，区分为宿卫和镇戍两大系统。宿卫又分为皇帝直辖的“怯薛”军和由枢密院统领的侍卫亲军，平时主要护卫宫廷，守卫京畿，战时也出京征伐;镇戍诸军,屯戍于全国冲要地区。北方是蒙古军、探马赤军的重点戍防地区；淮河以南主要由汉军、新附军屯戍，并配置部分蒙古军和探马赤军。边境地区由分封或出镇其地的蒙古宗王所部和土著部族军配合镇守。各级军官一般实行世袭制，但朝廷能调动和另行任命。
被划为出军当役的人户称军户，父子相继，世代相袭，不准脱籍。蒙古军、探马赤军和汉军军户，占田地4顷以内的可免交地税，一般可免除科差杂役。对上述3种军户,分别设立专门的管领机构，称为“奥鲁”（见图），负责监督军户出丁当役，保证战时有充足的兵源，并要向军户征发其当役亲属所需的钱物。蒙古军、探马赤军的家属多随军迁徙，与屯驻地点相隔不远，其“奥鲁”隶属于当役军人所在的万户府、千户所之下。汉军出征,家在乡里,其“奥鲁”由所在州县管民官兼领。新附军多未设置“奥鲁”，军户由所在地区管民官与本军协同治理。