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在传说中，世界是一只很强大的生物创造的，它被人类学者称之为——阿尔宙斯。在这个世界上人类是和一种具有特殊能力的动物们生活的，它们可以帮助人类做一些人类做不到的事，这些动物被称之为——神奇宝贝。
在它们之上还有更为强大的生物，它们被人类成为——神兽。然而，在人类之中，也有一些野心勃勃的人存在，他们利用神奇宝贝干尽了坏事，从而导致神兽们的愤怒，它们联合起来将人类赶到了一块陆地上，然后再用自己的能力将他们与神奇宝贝们分了开来。从此，人类就在这个大陆上开始了自己的发展......
后来，在人类世界中神奇宝贝的身影再次出现了人们的生活中，它们再次和人类一起生活。因为，在人类之中出现了一个得到了神兽们认可的人，他用自己的行动，阐述了他热爱小精灵的赤子之心，从而得到了神兽们的认可。神兽们看到了这个人是怎么爱护神奇宝贝的，就和他达成协议，只要人类中还有一个和他一样爱护神奇宝贝，不用它们干坏事，不欺负它们，不虐待它们。就不再和人类开战。而且它们还会派出一些神兽监督人类，如果再出现不爱护神奇宝贝，利用它们做坏事的人，它们会毫不留情的给予打击。就这样在人类的生活中逐渐有了神奇宝贝的存在，一起生活，一起劳作。神奇宝贝在和人类的相处中逐渐产生羁绊，它们在人类的逐渐成为了不可以或缺的一部分，渐渐地它们开始听从人类的命令，相互之间产生对战。和人类有了不可分离的感情羁绊，开始产生进化，从这以后人们之中就有了神奇宝贝训练家的称呼，而得到神兽认可的那个人被人们称作——神奇宝贝至尊。之后人类就进入了快速发展的阶段，各种高科技产品应接不穷。