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收服小火龙之后，小智才想起来，自己似乎错过了收服妙蛙种子的机会呢，因为之前的乱走竟然阴差阳错的与神奇宝贝之乡擦肩而过。“罢了，或许是我和妙蛙种子无缘。”小智也没有太过纠结这些，接下来还是以枯叶市道馆为目标持续特训吧，如果没记错的话那里有一只雷丘来的。
就这样，小智三人一路走一路训练，皮卡丘已经彻底掌握了钢铁尾巴和电光石火两个绝招，铁甲蛹已经进化成巴大蝴而且找到了自己的另一边，它的另一边被小遥收服，小霞还是有点怕。
比比鸟也进化了，另外，小智还收服了恶作剧的杰尼龟和偷他们食物的穿山甲。第三天，他们终于抵达了枯叶市，只是有些奇怪的是，枯叶市的大街上一个人都没有，所有的民居和店铺都关着门，到了精灵中心问了一下乔伊小姐才知道，最近几天枯叶市附近的宝可梦也不知道是怎么了，经常出现暴动，尤其是野生宝可梦最为常见，那些有训练师的宝可梦也只有呆在精灵球里面才不会出现意外。
然而就在今天，情况突然加重，就连那些呆在精灵球里面的宝可梦也开始变得暴躁不已，现在枯叶市道馆的馆主马志士正在调查原因，在这之前所有人都暂时迁离枯叶市了。
小智离开精灵中心来到了道馆，小霞她们留在了精灵中心。这时候马志士刚好从道馆走出来。“小家伙，枯叶市现在很危险，你还是赶紧离开比较好。马志士只是看了一眼小智就开始赶人了，虽然他很自傲，但他还是知道轻重的。“不必了，我是来帮忙的，不要看我年龄小就看不起我哦。”小智可不管这些，他只想早点解决这件事然后挑战道馆。
“哈哈，有胆气，跟我来吧，正好我已经找到了一些线索。”马志士也不知道自己为什么会答应这个年轻人的请求，管他那么多呢。
于是，在马志士的带领下他们来到了一个洞穴，站在洞穴口，小智问到了一股奇怪的异香，他肩膀上的皮卡丘突然从他的肩膀上跳了下来，然后跑进了洞穴。“皮卡丘！”小智急忙追上去，马志士虽然有些无奈但也只能跟上。
洞穴里面很黑，地面上很多水，皮卡丘已经不见踪影，小智只能根据波导之力寻找皮卡丘，好在这个洞穴不算太大，只有里外两层，皮卡丘就在里面的洞穴，不只是皮卡丘，在那里还有很多其他的宝可梦，它们围在一起，似乎是守着什么。
里面的洞穴并没有外面那么黑，反而很亮，靠近一看才发现这里的墙壁上镶嵌着大量发光的白色石头，正是这些石头的存在让里面的洞穴和外面没两样。
“皮卡丘！”小智慢慢靠近皮卡丘，皮卡丘完全没有发现靠近的小智。小智好奇的看了一眼皮卡丘它们围着的东西，这是一块紫黑色的晶石，小智问到的异香也是从这块晶石上散发出来的。
“这个是……奇异晶石？怎么可能，这种晶石应该已经停产了才对啊。”跟上来的马志士显然是认识这种晶石，突然间马志士想到了什么。“不好，要赶快毁掉这个东西，要不然后果不堪设想！”马志士不敢放出宝可梦，因为他用的是高级球才使得他的宝可梦没有受到影响，没有宝可梦的力量帮助，想要摧毁奇异晶石实在是太难。
“你们是什么人？为什么会在我们暗影团的临时基地里？”突然间，几个穿着紫色火焰纹路制服的人冲了出来，仔细看就会发现在他们的衣角上还有达克莱伊的图案。
“暗影团？就是伤害了小遥的神秘组织吗，那么这个所谓的奇异晶石就是他们的杰作了。”小智虽然不知道奇异晶石会带来什么样的影响，但是一看马志士的表情就知道这绝不是什么好东西。
“什么暗影团，我没听说过，小家伙快点想办法毁掉奇异晶石，要不然我们今天怕是走不出这个洞穴！”小智听出来了，于是他开始沟通皮卡丘，可是始终无法成功。
“哈哈，你们想要毁掉奇异晶石？别做梦了，把他们绑起来交给老大处理！”暗影团的一个成员说着拿出精灵球，这时候皮卡丘终于是有了回应。“皮卡？（刚刚那是怎么回事？差点就陷在里面出不来了。）”
“上吧，皮卡丘，十万伏特！”皮卡丘高高跃起，十万伏特蓄势待发，就在这时一颗黑色的影子球从皮卡丘侧边袭击而来。“皮卡（什么，居然搞偷袭！）”皮卡丘躲闪不及被正面击中。
“哈哈，你们两个有点本事啊，居然能找到这里，既然发现了我们的据点，那么为了计划能够顺利进行就必须除掉你们，动手！”一个中年男子也来到了洞穴中，在他的身后跟着一只月精灵，看样子他就是那几个人嘴里说的老大了。
“皮卡，皮卡，皮卡卡！（居然敢小看我，偷袭还偷袭出优越感了？看我不电死你们！）”小智见皮卡丘如此兴致高昂，自然是不会放过这个机会。
“咪……咪咪（小智，我来帮你了！）”就在这时，从洞穴上方飘下一只粉红色的宝可梦，它飞到小智旁边围着小智飞了好几圈。“梦幻你为什么会在这里？”小智没想到梦幻会突然出现，暗影团的人也是很意外。
“哈哈，没想到传说中的梦幻居然会自己送上门来，既然如此我就不客气了！”中年人抛出五个精灵球，加上月精灵就是六只宝可梦，他是打算群攻啊！
“群攻？怕你不成，馆主先生，其他人拜托你了！”小智和皮卡丘也做好了准备，就这样，小智+马志士vs暗影团的混战就此展开……