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1364年，张无忌认为自己已经准备充分，在八月十五中秋节的时候，发布《谕中原檄》，宣布将消灭元朝，但是如果蒙古人肯投降，他会如同汉人一样平等对待。
九月，明教的军队兵分三路出发北上。张无忌亲自率领十万大军，沿着大运河北上，一路攻克徐州、山东，直抵大都。左路由杨逍统帅，常遇春担任先锋，相继攻克河南、山西，围堵元朝西逃之路。右路则有元朝降将、蒙古人王保保统帅水军北上，在辽东半岛登陆，从北面包围大都，阻止元朝皇帝逃回蒙古。
十二月，张无忌攻克大都。元朝皇帝无路可退，绝望地在皇宫自焚身亡。熊熊的大火引燃了整个大都，燃烧了三天，整个大都如同火狱一般。大火熄灭以后，天空下了一场黑色的大雨，预示着一个时代的终结。
张无忌在大都的废墟上，正式称帝，国号大明。这个新朝代的国号，一眼就可以看出是从明教而来，但是为了笼络非明教徒，张无忌对外宣传，“大明”来自一本中国古典书籍《易经》。因为元朝的国号“大元”也来自《易经》中的一句话“大哉乾元”。但是后面有一句是“大明始终”，意味着大明终将成为永远的王朝，或者说，最后的王朝[全文为：《彖》曰:大哉乾元，万物资始，乃统天。云行雨施，品物流形。大明始终，六位时成，时乘六龙以御天。乾道变化，各正性命，保合大和，乃利贞。首出庶物，万国咸宁。]。
张无忌无意在破坏殆尽的大都建立首都，他返回了应天，进行了一系列新王朝建立的章程。他宣布年代的称号改为洪武，意思是洪水一般的勇武，并会在第二年的第一天正式启用。同时，张无忌宣布周芷若成为了他的皇后，他和周芷若的儿子张标，则成为了他的正式继承人。赵敏也获得了相当的地位，被封为皇贵妃，仅次于皇后的后宫之主。
张无忌创建的新王朝，开创了无数历史。
明朝，是中国历史上第一个由门派创建的朝代，迎来了门派的巅峰时代。
而明教的宗教属性，也意味着明朝是中国历史上第一个宗教朝代。
张无忌以平民的身份登基成为皇帝，是近两千年以来的第二位，是近一千年以来的第一位。而他以明教教主的身份登基，更是中国几千年历史以来的第一位。
当张无忌消灭元朝，登基称帝建立明朝之后，他基本上控制了传统的中国统治区域，逃窜的元朝残余势力不足为患。于是张无忌决定暂停向外扩张的步伐，首先整顿内部，构建属于明朝的权力体系，以维持朝代的延续。
后世很多人会疑虑，一个纯粹的武人怎么能够建立起一套全新的权力体系呢？因为在他们的印象中，张无忌就只是一个武术家。但实际上，张无忌接受过非常严格的中国传统文学教育，是个文武双全的人物
张无忌的启幕老师是自己的父亲张翠山和教父谢逊，后两者都不单单是武术家，也是掌握丰富中国传统知识的学者。张翠山擅长书法，以至于书法的名声更胜于武术，人们称呼他为银钩铁画，意思是写出的文字宛如铁器凿出来一般。而书法通常是衡量一个中国传统学者水平的标准之一，著名的中国学者大都擅长书法。谢逊则参加过元朝朝廷组织的官方学术考试，获得了秀才的头衔，等同于现代一流大学的硕士学位。
张无忌从小就受到两位学者的悉心教导，在他返回大陆以后，已经掌握了充分的文化知识。后来进入武当派，直接由著名的武术大师张三丰教导。张三丰除了教导张无忌武术以外，同时还传授有关于中国传统宗教道教的理念。
之后，因为张三丰与五散人合作协议的缘故，张无忌跟随五散人学习。五散人都是闻名一时的学者，各有所长。彭和尚彭莹玉和布袋和尚说不得都是擅长禅学的学者，铁冠道人张中擅长传统文学，冷面先生冷谦擅长音乐，周颠擅长书画。张无忌在这五位学者身边耳濡目染，凭借他的聪明才智融会贯通，传统文学造诣非常精深。只是他的武术成就太高，以至于遮掩了文化方面的成就。
张无忌深谙中国的传统文化精髓：中庸，极力建立一套平衡的权力体系。
当前，张无忌的权力体系中，主要划分为文、武两套。
文，是官僚体系。从朱元璋时代开始，陆续就有众多的文化人士投靠朱元璋，充当他的行政官僚。在明教总部迁移到中国东部以后，出于对异教徒的怀疑，并没有多少文化人士向张无忌表示忠臣。
但是在周芷若诛杀朱元璋以后，张无忌基本继承了朱元璋的官僚体系。他体现出了自己是一个中国君主的角色，而非明教教主的角色，吸引了大量文化人士投靠，主要有刘基、李善长等。
在张无忌的权力体系中，这些充当官僚的文化人士的定位是公务员，执行具体的行政措施，对整体的权力保持中立。这理所当然，在建立明朝的过程中，官僚起到的作用并不大，没有付出就没有收获，他们最终只能充当明朝的基石。
张无忌继续采用从唐朝开始的科举制度，用考试的方式选拔人才充当公务员。在考试内容上，张无忌非常厌恶宋朝式的诗歌、散文，亲自制定了考试内容的标准，后称八股文。
张无忌设计的官僚体系非常成功，终明朝覆灭，他们始终对朝廷保持着中立和忠诚。
在武的方面，张无忌不得不小心谨慎。他依赖武术家建立了新朝，同时意味着武术家们有能力推翻他的统治。
武的话，可以分为内外两块。
在外，主要是参与明朝建立的各大门派，他们收获了不同的果实。明教毫无疑问，是最大的获胜者，从门派成为了王朝，中高层成为了新朝代的贵族。
武当派和峨嵋派，这两个建成不到一百年的年轻门面，亦是获得了巨大的利益。武当派的张三丰受封于新王朝，并且获得了武当派所在的武当县所有土地。峨嵋派获得的利益则更大，为了感谢峨嵋派在斩杀叛徒朱元璋以及消灭陈友谅过程中的功绩，张无忌宣布，以后皇室的后妃均出自峨嵋派。当然，为此峨嵋派也付出了一定的代价，从此以后将不再招收男门人，并且摈弃了佛教的宗旨，成为了一个纯粹的女性门派。
最令人出乎意料的是少林派，在张无忌崛起的过程中，少林派扮演了一系列不光彩的角色，甚至成为了张无忌最大敌人的总后台。这样一个门派理应受到张无忌的严厉打击，但是少林派太幸运了，他们遇到了一个贵人。张无忌的教父谢逊由于曾经不小心杀死过少林派的高僧，内心愧疚，在战胜少林派以后，主动承担起重建少林派的职责。由于谢逊的存在，少林派反而受到了张无忌的信任，成为了继武当派、峨嵋派之后的第三个获得允许存在的门派。
从中庸的角度而言，明教、武当派、峨嵋派和少林派，也是维持门派平衡的四个支柱。
毫无建树的华山派、昆仑派和崆峒派，受到了新王朝的无视。尽管目前还没有遭到处罚，但是很快他们将遭受悲惨的命运。
在内，有大量的武术家参与了明朝的建立，毫无疑问，他们获得了应有的奖赏，成为了新朝的贵族。但是和传统的朝代不同，贵族们的背后还有门派的存在，他们结成了强大的势力集团，令张无忌非常忧心。
张无忌极力促进勋贵与门派的脱离，首先向张无忌表达忠心的是明教光明左使杨逍，他停止参加任何明教的宗教活动，并且停止了与明教其他人员的往来，还将女儿嫁给了武当派的殷梨亭。张无忌非常欣赏杨逍的识相，作为奖赏，杨逍一直担任朝廷的第二号人物丞相，直到生命终结。
其他人员也识相地断绝了与门派的联系，只代表自身，而不是代表门派参与朝廷的权力瓜分。
张无忌并没有完全断绝与门派的交流，他继续从门派中挑选人才，充当军队的领袖和皇室的护卫，以此成为惯例。
除此之外，作为一个皇帝，张无忌同样考虑过自己王朝的延续，他目睹了元朝皇帝继承人之间的丑恶厮杀，为了避免自己的子孙重蹈覆辙，制定了极为严格的继承制度。
他规定，皇室执行严格的嫡长子继承制度。有嫡立嫡，无嫡立长。只要嫡长子没有明显的智力缺陷、精神病和残疾，能够正常履行身为皇帝的职责，那么他就一定能够当上皇帝。
而嫡长子的其他兄弟们，只是作为嫡长子的备份，一旦嫡长子即位以后，其他兄弟们就丧失了皇子的身份，被封为公爵，接受朝廷的俸禄。但是这个公爵并非永远可以继承下去，按照张无忌制定的代降制度，从公爵降级到侯爵，侯爵降级到伯爵，伯爵降级到男爵，男爵降级到子爵，子爵降级到骑士，最多五代，皇子的后代就成为了一个普通的贵族。
但是皇子们并非没有出路，他们虽然无法继承皇位，但是可以自由地选择职业，只要能力足够强大，可以加入军队或者担任公务员，甚至前去门派当中，充当门派的中高层。
张无忌对后宫也有严格限定，他本人只有皇后和皇贵妃两位妻子，为了避免子孙后代陷入温柔窝，他规定皇帝最多只能迎娶六位妻子，其他皇子、贵族不能超过四位。皇室成员的所有正妻都必须来自峨嵋派，而峨嵋派的所有门人，都必须是低级贵族或者平民出身。