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在成为了南方的实际统治者以后，张无忌就积极准备北伐。在中国的历史上，任何分裂时代，都是北方统一南方，从来没有南方统一北方，但是显然张无忌将创造这个奇迹。
1364年，张无忌认为自己已经准备充分，在八月十五中秋节的时候，发布《谕中原檄》，宣布将消灭元朝，但是如果蒙古人肯投降，他会如同汉人一样平等对待。
九月，明教的军队兵分三路出发北上。张无忌亲自率领十万大军，沿着大运河北上，一路攻克徐州、山东，直抵大都。左路由杨逍统帅，常遇春担任先锋，相继攻克河南、山西，围堵元朝西逃之路。右路则有元朝降将、蒙古人王保保统帅水军北上，在辽东半岛登陆，从北面包围大都，阻止元朝皇帝逃回蒙古。
十二月，张无忌攻克大都。元朝皇帝无路可退，绝望地在皇宫自焚身亡。熊熊的大火引燃了整个大都，燃烧了三天，整个大都如同火狱一般。大火熄灭以后，天空下了一场黑色的大雨，预示着一个时代的终结。
张无忌在大都的废墟上，正式称帝，国号大明。这个新朝代的国号，一眼就可以看出是从明教而来，但是为了笼络非明教徒，张无忌对外宣传，“大明”来自一本中国古典书籍《易经》。因为元朝的国号“大元”也来自《易经》中的一句话“大哉乾元”。但是后面有一句是“大明始终”，意味着大明终将成为永远的王朝，或者说，最后的王朝。
张无忌无意在破坏殆尽的大都建立首都，他返回了应天，进行了一系列新王朝建立的章程。他宣布年代的称号改为洪武，意思是洪水一般的勇武，并会在第二年的第一天正式启用。同时，张无忌宣布周芷若成为了他的皇后，他和周芷若的儿子张标，则成为了他的正式继承人。赵敏也获得了相当的地位，被封为皇贵妃，仅次于皇后的后宫之主。
张无忌创建的新王朝，开创了无数历史。
明朝，是中国历史上第一个由门派创建的朝代，迎来了门派的巅峰时代。
而明教的宗教属性，也意味着明朝是中国历史上第一个宗教朝代。
张无忌以平民的身份登基成为皇帝，是近两千年以来的第二位，是近一千年以来的第一位。而他以明教教主的身份登基，更是中国几千年历史以来的第一位。
参与明朝建立的各大门派，也收获了不同的果实。明教毫无疑问，是最大的获胜者，从门派成为了王朝，中高层成为了新朝代的贵族。
武当派和峨嵋派，这两个建成不到一百年的年轻门面，亦是获得了巨大的利益。武当派的张三丰受封于新王朝，并且获得了武当派所在的武当县所有土地。峨嵋派获得的利益则更大，为了感谢峨嵋派在斩杀叛徒朱元璋以及消灭陈友谅过程中的功绩，张无忌宣布，以后皇室的后妃均出自峨嵋派。当然，为此峨嵋派也付出了一定的代价，从此以后将不再招收男门人，并且摈弃了佛教的宗旨，成为了一个纯粹的女性门派。
最令人出乎意料的是少林派，在张无忌崛起的过程中，少林派扮演了一系列不光彩的角色，甚至成为了张无忌最大敌人的总后台。这样一个门派理应受到张无忌的严厉打击，但是少林派太幸运了，他们遇到了一个贵人。张无忌的教父谢逊由于曾经不小心杀死过少林派的高僧，内心愧疚，在战胜少林派以后，主动承担起重建少林派的职责。由于谢逊的存在，少林派反而受到了张无忌的信任，成为了继武当派、峨嵋派之后的第三个获得允许存在的门派。
毫无建树的华山派、昆仑派和崆峒派，受到了新王朝的无视。尽管目前还没有遭到处罚，但是很快他们将遭受悲惨的命运。
1365年（洪武元年），张无忌基于自己成长的经历，担忧以后再有门派借助和他一样的手段推翻自己的王朝，成为新的主宰者，于是下达了一个旨在消灭门派的可怕命令《禁武令》，宣布除了武当派、峨嵋派和少林派以外，所有一切的门派都是非法的，必须解散。
这个命令遭到了武术家们的强烈抵制，他们用武力进行反抗，无数刺客潜入应天的皇宫，试图刺杀下达这个可恶命令的皇帝。张无忌尽管武艺高超，举世无敌，然而屡屡遭袭的生活也令他不言胜烦。
在内部，这个命令也遭到了很多反对意见。张三丰闻讯以后，亲自前来应天，但是没有劝解张无忌，而是讲了一个故事。古代中国发生了大洪水，鲧用堵的方式治水失败了，他的儿子禹用疏的方式却成功了。
张无忌若有所思，很快改变了措施，他取消了《禁武令》，改为了《效武令》，宣布武术家可以投靠明朝的军队，通过战争来获得功勋。这是一个很阴险的计划，一方面可以充分利用武术家的人力资源，另外一方面战争毫无疑问会死人的，死去的武术家才是好的武术家，更何况他们在死掉之前还消灭了张无忌的敌人。而张无忌只需要付出一点土地、粮食和白银而已。
这是一个阳谋，每个人都知道张无忌的目的，然而每一个武术家别无选择，被杀和杀死别人之间进行选择，大部分人都会选择前者。武术家们纷纷踊跃投靠官方。张无忌将他们编制成精锐的前锋部队，参与侦查、搜索、护卫和刺杀等战争。
如今，张无忌的敌人依旧很多。在北面，还有大批未臣服的蒙古人；在西面，蒙古诸国蠢蠢欲动；在南面，云南的蒙古人还没有被消灭。
张无忌采取了刀与面包的双重手段，刀，他通过战争不断地消灭蒙古人；面包，通过赵敏制定的策略，不断招募蒙古人。毕竟有王保保珠玉在前，蒙古人并不认为张无忌是个一定要消灭所有蒙古人的残暴君主。