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因为教派是以天神派的理论为基础，发展而来的群体，所以，在经过一代又一代的发展后，它逐渐成为天神派的集中群体。即便有些细菌并非教派的信众，但因为是天神派的追随者，因此也会偏向教派一边。
而自然派，在这种时候就越来越往社会体系集中，也许是因为它们觉得，自然派也需要一个像样的群体吧。
但不管怎样，思想的差距逐渐分化了细菌的族群，原有的求同存异的局面越发的消失，从而使整个族群逐渐演变成两大群体组合起来的联盟。
于是，社会体系与教派分别成为了自然派与天神派的实体代表。多个世代下来，这两大学派都彼此和睦的现象一去不回。换之而来的是彼此的对立和竞争。
为什么说竞争呢？因为很明显，如果社会体系再不努力的话，它们的体系的细菌数量将会越来越少，整个体系的运作也会越发的举步维艰。
在教派逐渐壮大的过程中，社会体系明显地感受到了其存在的空间被对方所挤压与侵蚀。
这就不可避免地激起社会体系一方的生存恐慌感。为了维护自己的生存空间，社会体系则必然会做出相应的反制措施。
这种事情如果放在以前，它们祖先的那个时候则必然不会出现这样的社会矛盾，毕竟当时的社会环境是一个求同存异、有容乃大的社会环境。这样的矛盾在没有利益、生存等因素联系在一起的环境下，是不可能发展成社会矛盾的。毕竟当时的矛盾，不过是单纯学术观点上的矛盾罢了。
然而现在的情况却不一样了，因为教派的出现，学术上的矛盾逐渐与利益、生存等因素联系在了一起，再也不是单纯的学术上的矛盾，那么它们彼此之间的竞争、甚至斗争，就成为一个不可避免的存在。
因此，社会体系与教派之间的矛盾，已然成为了鞭毛细菌族群之内的最大的矛盾。双方都在努力争取新生代细菌的加入，从而壮大自己一方。
生存啊生存！过去要和其他品种的生物竞争，现在？却要和自己同源同族的细菌竞争。也许大自然本来就是如此，只是我们并不容易察觉而已。