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忍者的世界，因为几大忍村的几次大战而破败不堪，曾经的几大忍村因为内战而受到重创，突然，暗影忍连的出现，让整个忍界收到了改变，忍界未来的希望被托付给了那些可以使用遁术的忍者们，甚至有些忍村进行了合并，于是各大忍村为了培养人才，忍者修行，被加入了人们的义务教育中，世间变得安宁起来。但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神----神乐月坂，他身穿着紫色战甲与暗影忍连激战数年，最后到死也没有铲除暗影忍连。
忍者之神去世后的一千年后，几大忍村已经发展了起来，恢复了曾经的辉煌，而暗影忍连也安静了好久，然后慢慢开始做善事，组建吸引一些其他的忍者加入，慢慢地组成了一个忍村，名曰：暗忍村，与其他几大忍村共存在这个忍界中。
虽然暗影忍连在其他人们的眼里已经开始改邪归正，但是，这些短暂的安宁，都是暗影忍连的头目·虹蛇的阴谋，与企图掌握世界，而暗中活跃的暗影忍连所战斗的，便是传说中的忍者之神的继承者，假面骑士忍者。
走了一上午，终于到达了一个较大的忍村，然后他们一起租了一辆马车和一匹马，莲太郎纵身一跃，跃到马背上，然后拉着缰绳，慢慢地继续前行。而沐子他们则坐上了马车，慢慢地向前走去。
走了一整天后，终于，终于到达了传说中的最高学府，火忍村的忍者学院，一个巨大的牌子映入莲太郎的眼帘，“哇....这就是忍者学院吗？”，沐子他们刚从马车上下来，然后和莲太郎会合。
“好了....我们到了....那就要分别了.....”沐子低下头说道，“莲太郎，一直以来...谢谢你的护送.......谢谢你.....”
莲太郎摆了摆手，说道：“小事小事...我也是顺路.....”
一旁的理子和佳子各自怼了一下沐子，理子说道：“快去表白啊....一见钟情.....缘分散了就没了.......”
“对啊对啊....不然以后就见不到了......”佳子说道。
沐子鞠了一个躬，说道：“谢谢你....以后有缘再见了.....”，沐子摆了摆手，先走进了忍者学院中方。
而理子和佳子一脸懵逼的看着，“哎....她怎么不表白......”理子说道。
“哎....这缘分断了啊.....”佳子叹了一口气，扶着头说道，于是他们也跟了上去，莲太郎假装自己离开了，其实也偷偷地进去了。
他先来到了教务处，整个教务处几乎无人，但只有一个老师在自己的办公桌前工作，他走到那个老师的身边，说道：“额....请问.....我是刚来的新生....我是来报道的.....我叫神藏莲太郎.......”
那个老师转过身来，看了看莲太郎，站了起来，说道：“哦...你好...我是黑桐卫.....你也可以叫我黑桐老师.....神藏莲太郎.....是嘛....”。
他开始翻越资料，终于找到了莲太郎的资料，然后说道：“你是.....西区的625房间.....这个是你的钥匙.....然后这个是备用钥匙....你直接先去自己的寝室...明天听通知开开学典礼....”
莲太郎收下钥匙，说道：“谢谢你，黑桐老师....”，然后他转身离开了教务处，沿着路线走到了学生寝室，然后走了几分钟，来到了西区。
一个豪华的寝室楼映入了自己的眼帘，“哇....这么豪华的吗......”他走到寝室的大门前，然后先跟寝室的宿管大爷打了声招呼，“大爷...您好....”。
宿管大爷走到他的身边，拍了拍他的肩膀，说道：“你好啊...小伙子...你是新生吧....”
莲太郎点点头，说道：“是的....我是今年来的新生....准备区625寝室.....”
“625.....”宿管大爷给他指路道，“你先上那边的那个楼梯到6楼就行了....然后顺着标语找就行了......”
莲太郎向宿管大爷鞠了一躬，说道：“谢谢您，宿管大爷....”，然后他顺着楼梯来到了六楼，走到625寝室门前，“哇...我的学习生活....就要开始了吗？”
他推开门，房间内的设备齐全，有两张床，但是都没有床垫，有两个柜子，一人一个，他先打开了一个柜子，将柜子中的床垫和棉絮拿了出来，然后铺在床上，然后拿着被套套被子，搞完后将被子和枕头都丢在了自己的床上。
他关上柜子，然后将自己身上的东西都放了起来，直接躺在自己的床上，沉沉的睡去，睡了一上午，中午的时候，他醒了过来，他从床上坐起来，看见一个人正在清理另一个床铺，莲太郎跳下床。
然后拍了拍那个人的肩膀，问道：“你就是我的室友吗？”
那个人见莲太郎拍了拍自己，转过身来，说道：“你好，我是今生勇道...以后我们就是室友了...”，他向莲太郎伸出手。
“你好，我叫神藏莲太郎。”，莲太郎握住他的手说道，“你清理完了吗，咱们一起去吃饭吧.....”。
“OK，我已经清理完了....”今生勇道说道，“走吧...咱们第一次见面，第一顿饭我请了....”
“那让你破费了...谢啦....”莲太郎拍了拍他的肩膀说道，然后一起向西区食堂走去。