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司马伦加九锡之后紧接着就开始了篡位的步伐，先是由头号狗腿孙秀让人散布谣言，说梦见了宣帝司马懿（司马炎追封的），宣帝梦里说这天下应该由司马伦来坐；然后又安排人假借司马衷的名义写了份禅位诏书。然后就是司马伦故意辞让，再找几个狗腿上书，老百姓请命之类的传统老把戏。最终在公元301年司马衷逊位给司马伦，司马衷称太上皇，迁居金镛城。此前曾有人假司马衷的名义下旨把他的后母杨芷、儿子司马遹、老婆贾南风等诸多至亲之人囚禁在这金镛城内，而这些人后来基本上都没能活着走出去，不知司马衷来到这里后会不会触景伤情，感慨自己的无能和帝王家的残酷。
司马伦坐上皇位后立马就开始大肆的给官员们加官晋爵以拉拢人心，亲信党羽都鸡犬升天成为了国家重臣，甚至一些亲信家里的奴仆都有了爵位。此前朝堂上高级官员的官帽上都挂着貂尾，但是司马伦的高级官员封的太多了，一时间没有那么多的貂尾，于是就有了成语狗尾续貂的故事。同时他还给所有的在任县长级以上官员封侯，导致中央政府根本来不及制作印信，于是就开一张空头的诏书，让官员自己回家填。司马伦对待国家机构如此儿戏，可想而知，他的皇位必然不能长久。
齐王一直以来都是西晋王朝一个非常特殊的藩王，原因主要在于齐王承继的是司马师的香火。司马师是司马懿的长子，司马懿死后先是由他继承了司马家的权势，但是他一生无子，所以后来过继了司马昭的次子也就是司马炎的同母弟司马攸。司马昭主政之后曾经说过，他的地位权势都应该是哥哥司马师的，所以等他百年之后就由司马攸来继承。但是此事被诸大臣所阻，因为一方面司马炎此时已经长成，并且显示出了很强的能力，另一方面，在外人看来无论司马炎还是司马攸都是司马昭的儿子，既然都是你的儿子那就要遵循嫡长子继承制。后来司马炎当了皇帝，司马攸就被封为了齐王。而当司马炎遇到立储危机的时候，居然有大臣冒出来说要立司马攸为皇太弟做储君。这把司马炎气得半死，也因为这两件事司马攸一生都被自己的哥哥猜忌防备，最后落得郁郁而终。后来司马炎良心发现，没有为难侄子司马冏，让他顺利的继承了齐王的爵位，并且还给了很大的权力。而这权力现在为司马伦所忌惮了，他就安排了亲信党羽给司马冏当助理，实际上就是想架空司马冏。但是司马冏也不傻，知道司马伦要对付自己，于是就先下手为强，干掉了司马伦派来的人，并且发檄文传告天下要为司马伦清君侧。类似清君侧的口号历来都是藩王臣子们造反的首选旗帜，第一次著名的“清君侧”运动就是西汉吴王刘濞要为汉景帝“诛晁错”；后来唐朝安禄山的叛乱开始也是要为唐玄宗“清君侧”；明朝朱棣的靖难之役口号也是“诛齐黄，清君侧”。所以口号喊着不针对司马伦，但其实目标就是要把司马伦赶下台。成都王司马颖、河间王司马颙、常山王司马乂等藩王宗室纷纷响应。
三大藩王一齐起兵，这下把司马伦和孙秀吓得不轻，一方面组织兵力抵抗，另一方面竟然天天扎小人、烧香、祷告，意图把司马冏等人咒死。这边外地藩王不断的在往京城进攻，另一边京城里的文臣武将和一些宗室也看不下司马伦和孙秀的狼狈为奸，就有左卫将军王與和广陵公司马漼带兵杀了孙秀等一干司马伦的狗腿党羽，并且逼迫司马伦下诏退位，迎回太上皇司马衷。司马衷复位之后司马伦父子被逼自杀，同时司马衷还特意下旨杀了义阳王司马威，因为就是这个人当初从他手里抢走了玉玺，还把他手指给弄伤了（您老的后妈、老婆、儿子、孙子都被杀了您都没想着报仇，怎么今天记着给自己的手指报仇了？是真愚蠢还是惑人的大智慧？）。
诛灭司马伦与之前除掉司马亮、司马玮等人不同，之前都只是在京城内部引发的动乱，被杀的也只是他们的家人和亲信党羽。而这次是实实在在的挑起了战争，史书记载，诛灭司马伦的战争前后历经两个月，士兵死伤近十万人。司马衷复位之后，司马冏等人的大军也顺利开到了洛阳，数十万大军在京城搞了一次盛大的阅兵，一时间司马冏等人又掌握了国家大权。此次迎回惠帝司马冏和司马颖功劳都差不多，因此就有幕僚劝司马颖要避开齐王的锋芒：一山难容二虎，如果一直留在京城，齐王迟早要对我们下手，不如离开京城，让齐王一个人瞎折腾。司马颖此人长的风流倜傥，但是却胸无点墨，眼光和魄力都不高，可他此时却没有那么大的野心，而且还能虚心接受幕僚们的建议，于是拒绝了惠帝和司马冏的挽留，带人离开了洛阳去了邺城。司马颖离开洛阳之后齐王就更加肆无忌惮了，为了巩固自己的地位，他给惠帝找了一个八岁的侄子当太子，因为在之前的动乱中惠帝的直系子孙全部都被杀光了。稳定好朝廷的局面之后，齐王有准备对河间王司马颙动手，因为司马颙起初是跟着赵王司马伦的，后来司马颙见赵王犯了众怒就倒向了齐王这边。但是双方冲突还没正式开始就被手底下的人给利用了，司马颙手下有个叫李含的人，之前和齐王的亲信皇甫商和夏侯奭不和，现在二人靠着齐王得势，李含担心他们报复，于是就逃到了司马颙的府上，骗司马颙说是惠帝叫他来请司马颙和长沙王司马乂一起讨伐齐王。司马颙一口就答应下来，立刻集结十万大军，并且上书惠帝罢黜齐王。
司马颙的部队推进途中传檄给身在洛阳的长沙王司马乂，要他在京城配合讨伐齐王，但是被齐王先发制人。于是司马乂就躲进皇宫，挟持惠帝，以惠帝的名义昭告齐王谋反。于是双方在洛阳城内展开巷战，最终司马乂有惠帝在手赢得了这场争斗，司马冏被擒，后被斩首。
当初司马颙反齐王时是计划齐王能杀了司马乂，然后他再联合司马颖进攻洛阳废掉惠帝，扶司马颖当皇帝自己当宰相。但是没想到齐王却被司马乂干掉了，权力都被司马乂接手了。司马颙觉得自己竹篮打水一场空，所以又琢磨着怎样除掉司马乂。司马乂虽然掌握了国家大权，但是他却主动将权力让给身在邺城的成都王司马颖。司马颖得权之后觉得司马乂碍手碍脚，一直想除掉他。他先是打算派人暗杀掉司马乂，但是暗杀的人被司马乂反杀了，于是不得不起兵进攻。此时司马颖上书南下平乱，动乱平定后回师途中与司马颙汇合，共同上书惠帝讨伐司马乂。于是双方又掀起了一场大战。因为司马乂一方有惠帝在，所以占着大义，并且司马乂一直对惠帝礼敬有加，惠帝数次到前线给司马乂军增加士气，所以战事一时非常有利于司马乂方。但是此时后方却有人起了异心，叛军虽然围困洛阳数日，城内士气却依旧高涨，叛军准备放弃围困。但是正准备撤军的时候传来了洛阳城内政变的消息。原来是东海王司马越担心洛阳陷落之后自己会被一起清算，所以就发动了政变抓了长沙王司马乂准备开城门投降。可是当士兵们城门打开后发现叛军已经是强弩之末了，还不如放了长沙王跟着他对抗到底。司马越却没有这么想，因为如果放了司马乂，他出来后第一个要杀的就是自己，所以他先行派人把司马乂杀了，断了军队的指望。
长沙王司马乂死后国家大权掌握在了司马颖和司马颙手里，二人先是废了齐王，为惠帝立的太子司马覃，然后又司马颙上书立司马颖为皇太弟做储君，对于这样的事惠帝早已轻车熟路，完全按照两位的意思下了圣旨。
东海王司马越在诛杀司马乂的事情上起了一锤定音的作用，但是最后论功行赏时却没有他什么事，于是他又开始琢磨除掉司马颖等人。司马颖等人虽然控制了朝廷，但是他人一直待在邺城，于是惠帝就很容易被司马越等人控制了。司马越带着惠帝御驾亲征司马颖，并传檄天下讨伐他。但是司马越兵力不足，手段也不及司马颖，出师没多久就全军溃败，连皇帝都丢给了司马颖。。
话说司马衷在乱军之中被射中了三箭，身边的文武百官和卫兵全部都趁乱逃走了，只留下了侍中嵇绍一人。司马颖军的士兵要来抓惠帝，嵇绍就用身体为惠帝挡着。士兵们把嵇绍抓起准备要杀他，惠帝急忙大喊：“不要杀他！他是忠臣！”但是士兵们根本不听这个废物皇帝的话，还是让嵇绍血溅帝服。后来司马颖把惠帝接到邺城，派人给惠帝洗衣服，惠帝却含着泪说：“不要洗，上面有嵇侍中血。”
嵇绍正是大名鼎鼎的魏晋风流人士的代表人物嵇康的儿子。