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1899年10月义和拳在山东兴起，各路官军镇压。12月袁世凯就任山东巡抚后，严格限制义和团活动，并与次年6月开始血腥镇压团民。1900年春在山东发展不利地义和团开始向直隶等地转移。各路官军虽持续镇压，但直隶地区已呈现出‘诛不胜诛’的局面。5月28日列强提出派兵进京，清政府于31日被迫接受。6月初列强派兵入京，清政府亦加强京防。6月10日列强不顾清政府阻拦，由级别最高的英国军官西摩尔为统帅，美国军官麦卡加拉为副统帅，率军由天津向北京进发。联军乘坐的火车在廊坊附近遭遇清军和义和团联合伏击，统帅西摩尔被射杀，联军被击溃。6月10日起在清廷默许下，义和团开始大量进京。在慈禧暗中支持下，进京的各路义和团都归在各个王公大臣府下听命，称之为官团。12日东华门外教堂起火。14日德国公使向在沙地训练的义和团民开枪，当场打死二十多人。此后进京的使馆卫队开始主动攻击义和团民，开展‘猎取拳民活动’。义和团也开始焚烧教堂攻击教民。17日列强的军舰向大沽开炮，守军力战不敌，大沽失守。20日柯林德去总理衙门交涉时与神机营章京相遇，并被后者射杀。21日清政府发上谕，向列强宣战。7月14日天津陷落。8月15日慈禧太后挟持光绪帝出逃，次日北京陷落。在这次灾难中，普遍发生针对外国人甚至中国基督教民的大规模屠杀事件，主要是直隶山西内蒙东北等省。9月初八国联军增至十万，在德国陆军元帅瓦德西的统帅下，向保定山西张家口和山海关进犯，所到之处大规模屠杀抢劫强奸，并再次劫掠焚烧圆明园。10月革命党人在获得日本暗中承诺支持后发动惠州起义，不久日本政局变化不再支持，革命军失败。12月列强提出议和大纲十二条，24日清政府被迫同意。
1901年2月，因列强强烈要求，清政府开始惩治义和团罪首，端亲王辅国公发配新疆。庄亲王右都御史刑部尚书等人自尽。山西巡抚礼部尚书等人处斩。4月，醇亲王载沣任头等专使大臣，赴德英等国谢罪，改总理各国事务衙门为外务部。清政府此后开始‘新政’。8月俄国人攻占黑龙江省城齐齐哈尔和营口，9月攻占吉林省城吉林。9月7日清廷与列强签订辛丑条约，随后列强开始撤军。10月俄国人占领沈阳，6日其南北两路军会师，东北全境沦陷。
1902年在其它列强反对下，俄国沙皇政府与清政府签订了交收东三省条约，被迫同意撤兵，一年半撤完。
1903年8月俄国人成立以旅顺为中心的远东总督区，随后又攻占了奉天。10月英国人再次侵略西藏，次年8月攻陷拉萨，十三世达赖喇嘛出逃至外蒙库伦。1904年2月8日日本在中国东北对俄不宣而战，日俄战争爆发。2月12日清廷宣布‘局外中立’，划热河以东为日俄交战区。1905年7月同盟会在日本东京成立，公推孙中山为总理。8月俄国在与日本的大战中失败，9月5日俄日签订和约，将在华东三省所得土地及权益全部交给日本。同年9月慈禧太后颁布试行宪政的谕旨。10月清政府派五大臣出洋考察宪政