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说下剩下剧情吧。
主角在宝可梦塔里会遇到正在吞噬鬼斯一族成长的超梦，然后展开调查。
在黄金市会发生与火箭队的冲突，超能道馆暂时关闭，格斗道馆成为官方道馆。
解决了这一事件，得到徽章后往新城市出发。
主角一路来到浅红市，和捉虫少年汇合。
捉虫少年和主角一起进入沙湖乐园。
捉虫少年捕获了飞天螳螂。
主角使用在12号道路得到的厉害钓竿钓起了迷你龙，快要抓住的时候迷你龙进化成哈克龙逃走了。
主角食用了哈克龙蜕下来的皮。
在沙湖乐园终点主角得到了奖励秘传机冲浪术。
挑战了浅红道馆，获得了粉色徽章。
主角前去拜访沙湖乐园的园长，园长的假牙又丢了，主角前往19号水路寻找，在捉虫少年的暴鲤龙帮助下找回。
园长给予秘传机怪力术和碎岩术作为答谢。
在浅红市餐厅品尝了一系列美食，吉利蛋的蛋价格昂贵，几乎让主角倾家荡产。
主角在19号水路钓上一只海刺龙作为交通工具。
捉虫少年表示自己要回去挑战之前的道馆，成为一个专业的宝可梦大师。
完全偏离了捉虫少年的道路。
主角经过20号水路来到双子岛，遇上传说宝可梦急冻鸟，在属性劣势下放弃捕获。
在红莲镇品尝了美食。
刚想挑战红莲道馆，却得到了火箭队要绑架大木博士的消息。
主角和红莲道馆馆主夏伯一起通过21号水路，其间发现幻之宝可梦梦幻。
来到真新镇，发现整个镇子被发狂的宝可梦袭击。
主角和夏伯平定了这场动乱，却发现大木博士已经被绑架了。
在21号水路发现的梦幻给主角指明去火箭队的道路。
通过28号道路，来到白银山。火箭队在这里修建了基地。
夏伯交给主角秘传机闪光术。
在白银山深处主角和夏伯发现了火焰鸟，坂木试图用火焰鸟吸引闪电鸟和急冻鸟前来，方便他融合出一种全新的宝可梦来牟利。
一番争斗中夏伯捕获了虚弱的火焰鸟，从双子岛被吸引而来的急冻鸟被主角捕获。
闪电鸟根本懒得来。
坂木想让大木博士为其服务，大木博士拒绝了。但夏伯看到研究内容时略有心动。
夏伯说自己留下殿后，主角带着大木博士走了。
没多久夏伯回到了红莲道馆，主角挑战夏伯，发现夏伯没有使用火焰鸟。
夏伯说火焰鸟现在在红莲岛的上方，他并没有去驱使火焰鸟的意思。
主角击败夏伯，获得红莲徽章。发现梦幻也来了，但梦幻有些讨厌夏伯。
主角前往常磐市挑战道馆。
宝可梦学校已经建好了，许多孩子去上学。
在常磐道馆发现坂木在挑战馆主，坂木说自己已经金盆洗手了。
坂木成了一家公司的老板。宝可梦联盟在知道坂木是火箭队老大后依然给予默许。
坂木击败馆主，说自己现在就是新的常磐道馆馆主了。馆主告诉主角坂木的手续合法，现在想拿到徽章只能挑战坂木了。
主角使用急冻鸟对抗坂木，坂木使用一只改造过的百变怪，百变怪在战斗中能变成关东地区的任意一种宝可梦。
主角陷入劣势。
梦幻出现对战那只百变怪，梦幻的战斗技巧碾压百变怪。
主角用剩下的宝可梦对抗坂木的宝可梦，击败了坂木，获得了常磐徽章。
梦幻离开了主角，心电感应告诉主角它要去一个很远的地方。
原常磐道馆馆主告诉主角自己要离开关东地区。
主角攒齐了8个徽章，前往各地“品尝”那些他还没有吃过的宝可梦。
在10号道路，主角发现有一个无人发电厂被一只大型的鸟类宝可梦占领了。在大木博士的告知下主角知道那是传说宝可梦闪电鸟，主角进入发电厂找到闪电鸟。
主角想捕获闪电鸟，却发现闪电鸟十分的懒惰，直接避开主角。
大木博士告诉主角闪电鸟有很强的领地意识，主角便开始指挥宝可梦用水淹没发电厂的设施，闪电鸟因为供电设施被破坏愤怒。
主角用急冻鸟对战闪电鸟，捕获了闪电鸟，得到了闪电鸟的血液。
闪电鸟表示自己懒得和主角一起旅行，就让它待着吧。
来到红莲岛，发现建立了宝可梦研究所和宝可梦小屋。
坂木在宝可梦研究所用化石复活出了化石翼龙，直接问主角要不要购买。
主角没钱，自己用之前在月见山得到的化石复活了一只宝可梦。
宝可梦小屋锁着，不让人进入。
主角前往红莲火山，向火焰鸟要了几滴血。
夏伯询问几滴血有什么用，主角开玩笑的告诉他火焰鸟的血喝了能长生不老。
接下来主角前往冠军之路，经过千辛万苦，来到了石英高原。
击败了四天王，最后面对冠军。
冠军居然是捉虫少年!
捉虫少年使用飞天螳螂，暴鲤龙，风速狗，末入蛾，镰刀盔，三地鼠。
主角被击败。
二周目后是主角食用了关东所有宝可梦+一只美丽花的成分，成为新的一只宝可梦。
在华蓝洞窟击败成长期的超梦，梦幻出现带走超梦。
宝可梦进化系统开始扩散子系统，所有人类都开始食用宝可梦的成分进化。
此时，不可思议的迷宫出现了。。
世界上的人类越来越少，最后未成为宝可梦的人类被主角放置在了一个亚空间中和原世界隔绝。
全书完。