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毛文龙在东江的胡作非为早已激起中外义愤，有识者都预感他如此怙恶不逡，必定没有好下场。
如朝鲜人李景稷因为毛文龙屡屡欺罔朝廷，“常言毛必不得其死”。
毛文龙帐下中军陈继盛每每劝谏毛文龙的不法行为，每每感慨道：“总爷左右之人，多行不义，为总爷之累，诚可痛心”。（《续杂录》）
崇祯初弹章累累，却始终无法动摇毛文龙，这主要是因为毛文龙“握重兵居海岛中，莫能制也”。
由于明廷的势力根本无法深入东江镇，面对着国家安全潜在的威胁，明廷君臣无不深以为忧，却一时奈何毛文龙不得，所以明廷始终抱以忍耐、包容而又略带责求的态度，想要逐渐地控驭这不受节制的海外军镇。
崇祯元年四月，崇祯诏旨起用袁崇焕为蓟辽督师。
崇祯元年七月，袁崇焕进京面圣，当时“朝议忧毛文龙难驭”（《崇祯实录》卷1）
辅臣九卿科道无不以为虑，袁崇焕说“徐图之”。
平台召对，袁崇焕提出五年复辽的构想，内阁辅臣钱龙锡亲自来到袁崇焕寓所洽谈方略。
钱龙锡问：“子方略宜何如”。
袁崇焕答：“不外东江、宁两路进兵尔”。
钱龙锡又问：“舍宁实地而问海道，何也？”
袁崇焕对曰：“譬如弈然，局有四子，东江其一也。可，则用之；不可，则有以处之”。（《曝书亭集》卷64）
谈及如何处置毛文龙，“屏去左右，低徊再四”
袁崇焕说“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也”。（《蓟辽督师袁崇焕题本》）
可以说，入军斩帅的计谋己经在袁崇焕心中形成。
袁崇焕出关后，致力于大规模地清理整顿关宁兵马，实现他对崇祯缩兵就饷的承诺，并无暇整治毛文龙。
他把清核东江军饷的重任暂且放由兵、户部和登莱抚院去处置。
九月，登莱巡抚孙国桢因包庇毛文龙擅自拥兵入登莱事，被言官劾罢，袁崇焕疏请停推登莱巡抚，登莱军镇改为协镇，以为东江应援，这是袁崇焕统一陆地战场和海上战场事权的开端。
到崇祯元年底，关宁兵马基本清理完成，他开始将整治东江镇的计划付诸实施，用斩帅后他的话说“自去年十二月臣计已定，文龙有死无生矣”。
崇祯元年十二月底，袁崇焕上东江策画一疏，请改东江运道从山海关起运，在觉华岛换舟运，海船需经督师衙门挂号方许出海，严登莱海禁，并置东江饷司以核查钱粮：
“东江所以设镇者，为奴贼也，辽土也。为文龙者，宜日远登，日近宁，两军及蚤相见，则牵制而犄角俱成。
以臣愚见，不若仍登莱之海禁，令登协严查，而东江钱粮器用俱从关门起运，至觉华岛登舟。臣岂不知登莱近于觉华，然臣不日复右屯，将渐以东。
今水兵口面，络择海面，直顶及旅顺，以尽舟师之用，文龙何不就辽岸为基，镇江一带尽可生活，老营既定，舟师挨次，而前与觉华之舟师接信，则辽地未复，而辽海全通，樯帆如织，夷必骇目惊心，即未必全神以注宁，得不分力而防，牵制情形，离此便假。
一镇之钱粮，向听文龙自便，而不设文官稽査，非祖制文职钱粮、武职兵马之意。他日销算时，甚为镇臣不便。仍为东江设一饷司，每岁数十万之出入，不少，俟东平，另议存撤，即运粮料俱由静海、滦乐以及觉华，必经臣衙门挂号，始许往东。
自兹一禁，不许一船私自往来，即往东官船，不许泊近南岸，登莱自协营水兵之外，不许一舟出海，违者不拘官船、民船，俱以贼论。
如此，海之北虽兵戈未偃，而南岸已觉其肃清，东江之师昔无用而今有用，昔远用而今近用，昔虚用而今实用，昔为关宁作牵制，今则与关宁合力，于是海若不惊，而东人休息，大功以成，一举而诸利备。
臣葛荛之忠，未卜有当于大计否？伏乞睿览，敕下该部议覆。
如果臣言不谬，申严海禁，为东江置一饷司，以便稽查转运，可咛毛文龙来与臣酌定官职、兵马、钱粮及进取事宜，臣俱未敢擅便”。（《度支奏议》新饷司卷4《题覆东江改运道设饷司疏》）
崇祯的旨意是“毛文龙孤军海外，向苦接济不前，卿既悉心筹画，励志灭奴，从此料理步步向东，文龙照应步步向西，进取方规，面加商议，果确有胜着，朕何靳百万之饷。文龙但矢图实效，勿顾浮言。
卿亦宜推诚共济，务收成绩。登莱申严海禁及设饷司转运，该部速行酌妥具覆”。
兵部题覆海禁事，奉圣旨“着山东抚臣行登莱道臣严加禁约，除旧日开洋者验明放回，以后一切市贩船只不许私通，违者按法治罪”。
改运道之事，户部咨山东抚院、天津部院后题覆“合如督师议将津运粮料俱由静海、滦乐以及觉华，俟督师与新设东江饷司面酌，如何挂号，如何转运，以为定规。
目下运价姑照题定数目给发，津门将粮料径解觉华，听督师酌定，交卸远近，仍将运价增减之数，咨會臣部以便销算可也”。
袁崇焕建议让户部陕西司主事宋献加升户部山东清吏司署郎中事，专管东江饷司事务，暂且驻扎觉华岛。
崇祯一一依允。
东江海运原由天津、登莱候风发送，较为便利。改运道于觉华岛之后，东江的钱粮、器械俱由山海关运至觉华岛转舟运，天津的粮米也由静海、滦乐运至觉华岛。
在觉华岛登舟后，沿着辽东半岛海岸线，经过南信口、北信口、双岛，到达中转站旅顺，再沿着登莱运道驶向皮岛诸岛。
这条北岸的觉华运道比南岸的登莱运道费力得多，并不是理想的运道，问题主要出在觉华至旅顺这一运道西段。
与从登莱到旅顺相比，从觉华岛到旅顺运途迂远，因而所需运价更多。而且海路更加艰险，据朝鲜使臣称，从旅顺口绕过铁山嘴，向北行至觉华、宁远，“所经水路，风涛倍险，利涉难期”，“所经铁山嘴一带，巨浪接天，绝无岛屿，多藏暗礁，险恶无比”，“自石多山至宁远卫，海路四千余也，由海路而往，有往无还十常二三也”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷20）
此外，风势难候，容易愆期，且沿途没有可泊船的岛屿，因而运期也要更长。
毫无疑问，觉华岛运道对于东江的海运接济是很不利的。
因而，对于改运道一事，朝廷上下多以迂阻为疑虑。
为了配合这个供饷运道，袁崇焕又主张将朝鲜的贡路改由经觉华、宁远登陆，从山海关进京，而不是天启年间的从登州登陆，经过山东平原入京。
东江商业既是军民日常生活所必藉，也是毛文龙等上层将官的利源，登莱申严海禁之后，商船畏法不来，召买不行，物货难通，军民嗷嗷待哺，供应一断，东江真成绝岛，可以说是栏喉一刀。
袁崇焕采取这种非常凶狠的铁腕手段，其目的一方面是要将东沿海的航运权和海防事权掌握于手，另一方面就是通过垄断登津粮米，禁除东江商业，切断东江的经济来源，来迫使毛文龙就范，服从节制。
如他所言“设文臣以监之，然不以道臣，以饷司者，使其将若兵有所利无所疑也；又严海禁以窘之，文龙以张继善横绝旅顺，外人不得入其军，臣改贡道于宁远者，欲籍此为间，所以图之也”。
然而，生性悖傲的毛文龙已经割据一方，他如何会轻易屈从受制，何况又是以如此狠戾的制裁手段？
他咬牙切齿，愤愤不平，因而于三月十三上兵变难弭一疏：
“然各岛兵丁正月早已绝粒，赊借客粮，寻挑野菜度日。
不意三月初七日，见督师尚书策画东江事宜一疏，欲以东江钱粮器用俱从关门起运，至觉华岛登舟，由旅顺以至臣处，而津运粮料亦由靖海以及觉华岛，俱经督师衙门挂号，方许出海。
臣读毕，愁烦慷慨，计无所出，忽闻哭声四起，合岛鼎沸，诸将拥进臣署，言兵丁嗷嗷，以至今日，望粮饷到，客商来，有复辽之日，各还故土。
谁知袁督师将登州严禁，不许一船出海，以致客船畏法不来，且山东布政司钱粮及青登莱三府官粮竟无影响，故尔各兵慌忙，云是‘栏喉切我一刀，必定立死，况兼饥饿无飧，不得不苦，不得不哭’。
臣急谕以有粮饷有，毋得轻听谣言，多方慰抚，哭声始得稍息。
至初八，纷纷群聚，竟续宁远揭竿之状。臣怒发上指，请旗责谕各营将官，不能禁约兵哗者，将官立斩。
是日虽得不哗，而人心不一，从此变矣。
至初九日，家丁急报兵聚海边抢船杀人，臣即亲带数十骑，驰至海边，而降丁与辽兵争船，已先血刃相杀，幸得潮来长满。
臣至厉声，而人俱下船，慰以前岛移米分给，复诱之以官粮米随来，男妇万余，跪哭震天，云非我等不忠不义，实是各要逃活性命’。
臣亦怜泣，抚之，独恨降丁无状，立刻查出，为首二名枭示，军中方得稍定。
臣还署自悲，不知几时得米。臣思绝粮兵变亦死，死而不得其法，人犹笑臣无用，臣敢题明海上必不可禁，然后就死于一军之前，庶可代十余万生灵也。
臣观督臣疏中语意，似乎疑臣不受节制，故欲申海禁而通辽海方为合力、为有用，臣感督臣爱国之忠，而画东江之事未妥也，节制东镇之法固善，而接济饥军之着未便也。
夫臣为辽官，分为督臣下属，不待督臣之图谋也，而关宁、东江原是一家一事，督臣与臣安是一身一心，指示自然追逐，法令自然遵行，何在粮饷、船只经由挂号为合力也？
船从关门至觉华岛，由旅顺，督臣言似容易，独不知登州至旅顺，止用西南风，或西风半日，便可早到。
数年往来如织，臣犹以为迟。
若关门至旅顺，道路湾曲，候风不等。关门必得正西风，两日从牛头河、大沙河至长山等，又要西南风，半日方至觉华岛。
复进宁远挂号，又得西北风一日，可至籍连岛。又要正南风，半日方抵旅顺。风至宜东、宜西、宜南、宜北，可计日而待乎？
藉得勤劳运官忙忙催趱，一年仅得一运，欲求再运，必不能矣。
运十万，所至止满六七万，余俱报以漂没，臣欲回其来年之运，不得不出实收与之。
若又从宁远挂号，路愈远，漂没愈多，津运儿为乌有矣。
皇上详察登州至旅顺便乎，抑关门至旅顺便乎？
督臣策画舍近就远，弃易图难，臣竟不知其故。
今事实难做矣，臣之热肠冷矣，性命危于朝夕矣，每自譬于林畔一日七战时，又多活数年，即死亦瞑目矣。
只不愿如抚臣故事，又有非议于其后耳。
督臣为臣上司，臣辨驳其疏，臣亦自觉非体非理，听皇上或撤或留，臣随亲抱敕印，竟进登州，候旨逮臣进京，悉从公议，治臣以罪，完臣一生名节，免误封疆大事矣”（《崇祯长编》卷20）
三月二十五日，毛文龙又塘报敌人欲乘机犯抢，各岛降夷作乱：
“据副将王崇尧报称：奴贼奸细回称，天朝关上宁远米粮至贵，三个月缺饷，兵俱饿死。又说禁止登州海路运船，东江少粮，饿死多命。
目今二王子已统精兵三万余，各带乾粮出门，沿边一带牧马，要来犯抢，等情。
本日又据都司毛永良等报称：奴酋听得东江各岛绝粮，地上又无野菜，兵丁饿死，趁此发兵，正好攻抢。
今达贼三四百余骑，已先到沿海攢营喂马，等情到职。不期本岛降夷，因知里边禁海，信息难通，遂有十八余名，于本月二十二日夜二更时分，乘天昏黑，于陆家湾劫船脱走，要勾沿达贼里应外合，攻克皮岛。
守边官兵放炮传烽，警报到职。职随即传令，差副将毛有禄、刘兴祚、陈继盛、王子登、毛有功、林茂春、刘应魁、刘兴贤等，星赴各处海面追赶。
幸得天转逆风，至獐子岛，各夷拼命战射，乱箭如雨，比常凶狠万倍，我兵奋勇砍杀，方得就擒活夷，绑拿上船。
北边尘起，来到接应达子三四百骑，副将毛有禄、刘兴祚等向前厮杀，枪炮打死虽多，不及割级。
毛有杰等半擒半降牛鹿三名，部贼三名，各绑解到职。即将擒回逃夷俱枭示辕门外讫，后擒活夷牛鹿在岛”。（《东江疏揭塘报节抄》卷8《崇祯二年二月二十五日塘报》）
毛文龙的强硬回击让袁崇焕极为“不悦”。
毛文龙纵然贵为总兵官，但是在制度里身为督师的袁崇焕还是毛文龙的上司，这种弹劾如毛文龙自言“非体非理”，一方面表明毛文龙根本没把袁崇焕放在眼里，所谓“凌厉咆哮，其心目中岂直无崇焕哉”、另一方面也侵犯了袁崇焕的自尊。（《明史》卷259）
这无疑使袁崇焕对毛文龙的不满加深。
先前，刘兴祚忠顺归降，毛文龙谎报当阵抓获，又慌称刘兴祚带来四百骑，刘兴祚托人让袁崇焕代为表白，袁崇焕对毛文龙的这种欺罔冒功极为不满。
崇祯元年夏明廷裁减东江兵马，毛文龙为掩盖自己的虚兵冒饷，对裁兵愤愤不平，屡屡发疏谩骂朝廷当事者，袁崇焕对毛文龙悖傲、撒泼的行为极为愤恨，崇祯二年二月，在上疏言沙汰东江兵马的疏中已明显有不满：
“东江兵二万八千，此道臣王廷试之言也。约数十万，此镇臣毛文龙之言也。
臣屡令人察之，无数十万，然亦未必止二万八千。今只计应用兵若干，与能养兵干，亦安能尽辽人而兵之，而养之，则二万八千之外，例如关外随便安插，任其自为屯种，可也”。（《崇祯长编》卷18）
三月，袁崇焕曾差官徐琏，送火炮、器械于毛文龙，并解释为何禁海、改贡道饷道，并约毛文龙会晤于三岔河、旅顺之间，“以揆地度形，规画进止”。
当徐琏到皮岛之先，毛文龙已发兵变难弥一疏，接到徐琏所持袁崇焕公移和手书之后，流露悔意，身边的将领皆劝毛文龙前来参谒袁崇焕，毛文龙于是差都司熊万祥同徐琏回来与袁崇焕商定约会之期，议定毛文龙前来宁远督师衙署与袁崇焕会晤。
袁崇焕本以为控制毛文龙的军需来源，可以让毛文龙乖乖受制，然出乎他意料的是毛文龙竟然再次拥兵登州索饷。
毛文龙离开皮岛在崇祯二年四月下旬，据《朝鲜李朝实录》卷20仁祖七年四月壬子载，“毛文龙领兵船四十艘，向登州。是时，中国疑文龙居外，久必作乱，议塞登州之路，文龙称以当与袁军门面议军务，遂行”。
毛文龙这次擅自拥兵登州索饷一事，据《山中闻见录》卷5《建州》记载“崇祯二年春，文龙拥舟师掩至登莱，旌旗蔽海上，登人以为建兵至，皆大惊，文龙犠舟天妃庙，焚香而去，廷论益沸”。
《罪惟录》列传卷12下《张可大传》载“二年总兵毛文龙挟降彝三千索饷，抵登州，可大单航说却之”。
《明史》卷381《张可大传》载“二年春，毛文龙忽拥众至登州，声言索饷，可大单舸往迎，责以大义，文龙乃返”。
《东江遗事》卷上《援辽功绩》则载登州人江西道御史毛九华疏称：“其再至登州，则尤可异焉！舳舮相望，精甲耀目，非王濬之平江南，戈船下濑；岂吕蒙之袭荆州，白衣摇橹！一时各州县城门日闭，人心皇皇。
道臣王廷试婉言逊谢，令兵卒登岸杀夺之，寻端逐隙，不曰受我参貂若干，则曰受我商人领状若干，不发一文。
复邀至庙岛，厉目相视，五部内不知所置。幸而小船遁归，直至臣乡，抚按急为设处，始饱欲而去，稍拂其意。
即不谓文龙此时遂破历下以开基，攻祝阿以发迹，又放兵四掠，啸聚芒砀，驰骤淄墨，纪顾登莱一带，首遭其屠戮矣。追论及此，文龙之心可诛，而肉足食乎！”
袁崇焕在斩帅题本中说毛文龙“逼登索饷，便欲肆行劫掠”，可以与之相验证。
当时袁崇焕正在镇江巡视，阅劳东江，航船回至双岛，闻知毛文龙诣登州索饷，袁崇焕“闻报驰还”宁远。
登莱道王廷试向袁崇焕申报毛文龙拥兵登州索饷，且毛文龙本人口出“牧马登州，取南京如反掌”等语。
验之前引朝鲜人说毛文龙“悖语乃其本性”，且毛文龙屡屡扬言征服朝鲜，毛文龙说出这话似乎是可信的。
毛文龙的差人也随之来到，辩驳王廷试的奏报，声张于庭说：“文官不肯体恤武官，稍有不合，便思相中，成何事体。既乏饷，何不详来”。
这句话让袁崇焕耿耿于怀。
但是袁崇焕隐忍不发，假装善意地为毛文龙措置军需，“臣即将运来津粮拨给十船饷之，且手书相慰。粮米之外，犒其夷丁千金，猪羊酒面称之”。
这些做法据袁崇焕称都只是愚弄毛文龙的手段罢了。
毛文龙觉得袁崇焕不能拿自己如何，放心地前来宁远，与袁崇焕相会。
相会之事，据袁崇焕称“文龙馆于宁远，请臣还镇相会，臣即还。文龙不过修谒见故事，一二语而别”。
袁崇焕接待毛文龙以宾客之礼，但是“文龙又不让”，这让他很不高兴，斩杀毛文龙之谋“益决”。
袁崇焕这时曾有戮之于宁远城下的想法，但考虑到“倘不受节制，戮诸宁远，而其下不共闻，且恐有负故窟为梗者”，所以他决定放毛文龙回去，与之相约于北信口，商酌地势，考察海道情形，借以执行他预设的入军斩帅计划。
在乘船离开宁远之际，即闰四月上旬，袁崇焕上疏称出海与毛文龙会晤，并为毛文龙请发饷银十万：
“职切惟五年平敌之事，早夜图维，既殚独虑，又集众谋，规势于四镇拥要东藩。按国初马云、叶旺之古迹，则恢复有必乘之势，必由之路。
但百闻不如一见，久欲亲往详阅，适东藩总兵毛文龙禀来，于北汛口候职面授方略。
夫文龙悬军海外，不经督抚节制者八年。文龙自负男子，岂不欲灭此朝食，或以应手无人，逡巡海上……职惟督属相临之体，则文龙宜就职面商进止。
然饷道之改，外议多以迂阻为疑，但从敌觅会萃哨于东口，往返甚速，即今徐琏往返止二十余日，如是其坦且速也。
职欲借此亲涉北讯，一以观复辽之形势，一以验海道之难易，且既与文龙约，不可爽也。
职得晤文龙，披数载之肝膈，出生平之意见，相与极论细陈，以成东西合进之局。
计北汛口离宁远海面不过四五百里，风便则一帆可到，往还不过十日。职一行而关、岛之血脉全通，进取之规模已定，五年全局指顾了然。职前疏所云，辽土未复，辽海全通，端在于此。
至于军中事宜，分属镇通料理，敕书印剑俱留本衙门，以中军何可刚看战守之事。职已区画停当，万无虞也。
惟乞上亟催东江司饷郎中宋献速來到任，并敕户部将应给东江月饷，不拘何项，先凑发十万与宋献带来，通给东江，俾东江将卒知皇上维新之政，锐意恢复，膏泽沛如，兼知饷速道夷，从此按月给发，人人实惠，人人感奋，激励向前，东西并力，则荡平之功，刻期可奏。
此则呈上之威灵，而微臣之至愿，无非为上封疆之计也”（《崇祯长编》卷21）
袁崇焕又上户部揭帖，为毛文龙请饷：“东江官兵望饷如岁，饷司宋献带仅四万，职不得已借带马价六万，共成十万，以给东江。舟之通行，惟此时为便。应给东江饷银，伏乞敕部急发”（《度支奏议》新饷司卷5《覆袁督师请给岛饷疏》）
当时巡关御史方大任到宁远视察军务，谈及毛文龙事，劝诫袁崇焕勿出与毛文龙会晤，“职谓之尤悍戾如此，不宜轻往就之。如必欲行，使其欣然相从则已，不然，反觉损伤威重，必有以算可以致其命，然后无患”。
袁崇焕答：“凡人不可先存一机心，惟至诚可行”。
两人相谈累日，最后袁崇焕对方大说：“吾崇焕有言，大丈夫不可有杀人心，不可无杀人手。是行已，吾必去善其事，汝其勿厄我”。
方大任之所以苦苦让袁崇焕三思，是有他的理由的：“夫崇焕轻身海上，风涛之险阻可虞也；将士无主，壞处之降敌可虑也；文龙虚声来，负险不至，则进退维谷也；或来而拥兵自雄，不相上下，则情形测也；即单骑诣营，数罪不服，则五步之内，不得恃其众也。职故抱杞人之忧，疏请止其勿往，令文龙来会。盖以崇焕所负者众，不宜试不测之渊耳”。（《东江遗事》卷上《援辽功绩》）
袁崇焕当然考虑过方大任提出的问题，但是他执意东行深入其地，一劳永逸地解决东江问题。