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东京的某家医院
一位金发有些胡渣的男子——御坂旅挂在手术室门口踱步，他的妻子御坂美玲正在里面进行破腹产。
妻子怀孕，男子是知道的。为此，男子也推掉所有要外出的业务，全心全意在家里照顾妻子。前些日子因为妻子说腹部有些难受，所以将妻子安排进了这家医院，报告上解释说是妻子精神压力过大导致的。所以就留院在多观察几天，以防万一。
之前因为妻子肚子饿了，所以到边上的便利店里买了些合适的食物。可没想到就短短几分钟的时间里，美玲就出事了。
医院里打来电话里说是早产，再加上本人已昏迷过去，需要马上进行破腹产。
现在手术已经进行数个小时了，御坂旅挂很是自责，如果自己之前没有下去的话，或许……尽管这样的想法也改变不了结果，但是在这为难关头他自己也想为里面的妻子分担一下。
而现在的御坂旅挂全然不知外面的异象。
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“现在紧急插播一条新闻……由学园都市紧急预警，大约十分钟后东京将发生里氏十级的超大地震，请听到此报道的人员赶紧去避难。”
东京的大街小巷的广播、各个家中的电视节目，都开始了类似的报道，以及所有警方都紧锣密鼓地进行着避难工作。富士山也像是回应这类传言，开始躁动起来，厚重的火山灰开始飘入空中，遮天蔽日。
而此时的日本气象局接到了来自学园都市卫星的气象云图，日本沿海附近突然生成了数个超级台风，都在向日本快速靠近。
动物园内，所有的动物都开始朝着同一个方向乱吠，街道上，平时少见的流浪猫狗都从漆黑的巷陌中飞奔出来，甚至是下水道中老鼠也都窜了出来。所有动物都朝着同一个方向走去
……
霎时间，围绕着日本东京发生的怪事太多太多了，以至于牛鬼蛇神之类的东西都开始传播出来。虽然这样的解释不太靠谱，可是人们都确信发生了什么他们不知晓的大事。或许日本就此灭亡。
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学园都市
一个没有门窗的大楼
这房间里没有窗户。
没有门，没有楼梯，没有电梯，也没有走道。
就建筑物而言，这完全是不合格的。
除了使用空间能力，是无法进入这个房间的。
这里的空间若称之为室内实在太过宽广，
完全没有照明设备，但房间内却充满了星星点点的亮光，
因为房间四周墙壁上设置了无数的荧幕和按钮正在发光。
多达数万台的缆线与管道在地面延伸，然后全部集中在房间中央。
那个巨大的试管。
直径四公尺，全长超过十公尺，以强化玻璃的圆筒形容器，里面灌满了红色的液体。
试管中有个身着绿色病服的人类，头下脚上地悬浮着。
这个有着银色头发的人类，
像男人，又像女人；
像大人，又像小孩；
像圣人，又像囚徒。
无论哪种样子，唯一可以确信的是，只有人类这个词能够用来形容他。
沉在试管中的人类说话了。
可是……
能用机器代劳的事，又何必要他自己来执行呢？
这就是眼前这个人类的存在方式了。
或许该这么说，
只有这样才让自己像个人类吧
“这个世界的结晶诞生了。”
声音在此处回荡，像是在等在什么。
一处阴影中走出一个类似人类外型的光亮
“神降临了。”
“看来计划要改变了。”
光影伴随着声音再度消逝，只留下试管中的人。
对了，
他笑了，做出了等同于微笑的表情。
“轰隆隆”
巨大的轰鸣声伴随着大地的震动预示着地震的发生，
手术室外的御坂旅挂马上缩进墙角处躲避，虽然很想离开，这种时候也必须离开避难，但是她的妻子还在里头，他不能抛弃他们不管。
轰鸣声再度响起，并随之将医院劈成了两半，还好没有伤到手术室。
手术室中似乎没有收到什么影响，
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没有震动，没有惨叫，甚至连仪器都在正常运行。
这里仿佛与世隔绝，就像是传说中的仙境阿瓦隆一般。
主刀医生从孕妇腹中取出了两个婴儿，
他们紧紧的抱在一起。
边上的护士接过婴儿，然后将脐带剪断。
所有人都叹了口气，是的，他们拯救了三个生命。
“啊！”安静的手术室里突然想起一声尖叫。
“怎么了。”医生走上前去看，也呆住了。
一名男婴的眼睛里在发光，
然后突然哇哇大哭了起来。
医生也开始感叹，原来是正常人。
可是手术室中的人们似乎没有察觉到外面的动荡。
不知何时，一切都停止了。
大地停止了咆哮，重归于平静。
天空停止了尖啸，重归于空旷。
动物停止了朝圣，重归故里。
一切都结束了，
5月2日，这是奇迹。