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政府将东京西区开发较慢的区域一次全部收购后，建立起这座“学园都市”[1]，面积约东京都的三分之一[2]。这个“学校之城”包含了数十所大学与数百所小学、初中及高中[1]，总共有一千个以上的大小“研究机构”[3]。人口将近230万，八成的居民（超过一百八十万）都是学生。“学园都市”拥有世界上最尖端的科技，比外界先进二三十年，是科学世界的领导者。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔·克劳利花了超过五十年打造[4]，由“统括理事会”全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
学园都市基本上是采取排外政策，不仅被围墙所包围，而且还有专门阻挡入侵者的警卫部队。学园都市的内外周围随时有人造卫星在监视着。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level0）、低能力者（Level1）、异能力者（Level2）、强能力者（Level3）、大能力者（Level4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为Level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
第一学区
司法、行政机关四处林立的学区，经济、司法相关大学也位于这个区域，感受不到其他一般学区所拥有的生活气息。
第二学区
爆炸物或是武器的试验场、警备员和风纪委员的训练所所在的学区。第二学区是机密最多的学区。这个学区里四处林立着研究关于轿车和炸药等，能发出巨大噪音的研究机构。学区周围环绕着高耸的隔音墙，而且这地方还拥有能发射逆相位音波来消除噪音的设备。
第三学区
第三学区内有许多对外设施，有好几间国际展示场，饭店的档次在学园都市内也是数一数二。基于不让机场噪音影响住宿设施的考虑，学园都市特地将迎宾设施安排在距离机场集中的第二十三学区很远的第三学区，作为对外门户的第二十三学区里有铁道直通第三学区。
第四学区
第四学区集食品相关设施很多的学区，是学园都市内餐厅最多的场所，全世界的美食都可以在这里找到。
第五学区
第五学区有很多一般大学跟短期大学。服饰店跟餐厅等的品位跟其他学区相比，有种比较成熟的气息。
第六学区
第六学区是娱乐设施集中的学区。有世界级的游乐园。
第七学区
第七学区是高中生和国中生为主的学区，上条的学校和宿舍，常盘台中学和栅川中学都在这个学区，亚雷斯塔的官邸也在这个学区。
第八学区
第八学区是由老旧商店街和新型大厦群相结合的教职员居住区。
第九学区
第九学区是由美术工艺相关学校的集中学区。
第十学区
第十学区在学园都市中，以地价最便宜，治安也最糟糕而闻名。因为这里地价便宜，所以充满各种“其他学区敬而远之”的设施，是个核能、细菌先关研究设施以及实验动物焚化场林立的学区。学园都市唯一的墓地和少年感化院就坐落在这个学区。
第十一学区
第十一学区面对学园都市东侧外墙，其位置是陆路最大的进出口，担任陆路的物流基地。一天有进出七千多吨物资的第十一学区，仓库街相当广阔。这个以物流最佳化、高速化为目标的学区，除了几名工程师以外全部自动化[19]。
第十二学区
第十二学区是一个神学系学校集中并且有各国风情的街道并存的学区。
第十三学区
第十三学区是学院都市中，最多幼儿园与小学集中的学区[20]。
第十四学区
第十四学区是留学生最集中的区域。
第十五学区
第十五学区既是学园都市最繁华的学区，也是各种流行元素的发源地[21]。电视台和各种媒体机构林立在这个学区，也是整个学园都市地价最昂贵的地方。
第十六学区
第十六学区是有很多提供高薪打工机会的设施所在的商业规划区。
第十七学区
第十七学区位于学园都市的西部郊区，是片宽广的工业地带，大多是无人控制的自动工厂，人口极端的稀少。
学园都市有自己的工业地带，可以将自己所研发的实验品加以“商品化”。但是这里的工业地带，跟一般街上那种看起来像出租仓库一样的小工厂不同。这里只有一栋栋高耸但没有窗户的工业大楼，规划得异常整齐，一点生活感都没有。虽然工厂是二十四小时运转，但由于隔音设备太好，完全听不到任何声音。
上条当麻跟一方通行战斗的电车编组场，和三泽塾补习班就在这个学区。
第十八学区
第十八学区是能力开发相关学校集中的学区，也是“学舍之园”的最大竞争对手。
第十九学区
第十九学区是由于再开发失败而沉寂了大半年的学区，该学区商店比较老旧，是前时代的风格。
第二十学区
第二十学区是学园都市中体育工学学校集中的学区。
第二十一学区
学园都市水源地所在的学区，也是学园都市中唯一的山岳地带。这个学区的水源和动植物研究相当知名，同时在天文学研究方面也是广为人知。
第二十二学区
长达四平方公里，所有学区中最小的一区，开发达地下数百公尺，是这个原本科幻气息就很浓厚的学园都市中，最具未来气息的场所。第二十二学区的地面部分，与其他学区大相径庭，那里并不存在一般的房屋或大楼，只有一整排风力发电机螺旋叶片。而且不是普通学区里的“替代用电线杆”，而是像大楼的钢骨结构般将柱子纵横排列，再将大量螺旋叶片立体设置成三十楼的高度
第二十二学区的地下呈巨大的圆筒形，全区分成十个地下楼层[29]。
在地下展开的第二十二学区，并不像其他学区一样仰赖风力或太阳能发电。再加上地下街需要大量电力，所以学区的每个地方都实施了发电对策。水是地下街重要的发电源，只要顺着每层楼流下，就能在各层间形成水力发电。第二十二学区的电力消费，有四成以上都是用来让用于从地面收集氧气、排出二氧化碳及排水的巨大泵组运作。
第二十三学区是以航空、宇宙开发产业为主的特殊学区，该学区只有机场、发射台及相关设施，学园都市的机场都在这个学区，以航空及宇宙开发事业为目的，一般学生禁止进入的学区。这里除了民用机之外，还进行着守卫学园都市制空权的战斗机及无人直升机等方面的开发。警卫体制即便是在大霸星祭期间中，也属于顶级。除了以外国人观光客为目标开放的国际机场外，其他部分在地图上只用空白表示。
除了一般国际机场可见的防恐对策外，也考虑到了对人体有害的火箭燃料外泄等情况，在各地准备了高气密性的地下避难所。
第二十三学区跟其他学区不同，只有一个车站（连接学区全部路线的车站中，地下铁有五条路线、高速单轨电车有两条路线，公车巴士有四条路线），那是学区的入口也是出口。除了连接国际机场跟终点站的道路意外，全部是一般人禁止进入的区域。